| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2279605 = | 339 (0.710) | 21 (0.060) | 9/86 | NT | 8.7% | coding (1751/1761 nt) | yejM | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor |
| ? | CP009273 | 2279638 = | 179 (0.490) | intergenic (+23/‑52) | yejM/proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro | |||||
Only 100 of 566 total aligned reads displayed.
AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 | agagtgaaagaTGAAACACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:12534329/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:31030326/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:33029717/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:27982962/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:20060091/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:37097995/68‑1 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattt > 1:15000652‑M1/67‑67 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTc < 1:32391100‑M1/2‑1 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTc < 1:38344226‑M1/2‑1 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:34654048/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTAAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:5159234/1‑67 (MQ=255) gtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc < 1:599614/66‑1 (MQ=255) gtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCg < 1:38683874/67‑1 (MQ=255) gtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCg < 1:20760107/67‑1 (MQ=255) gctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCt < 1:4500461‑M1/5‑1 (MQ=255) gctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCt < 1:12200484‑M1/5‑1 (MQ=255) tacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTa < 1:9409021‑M1/6‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTa > 1:19870269/1‑65 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTa > 1:23962387/1‑65 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:10133664/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:35228693/68‑1 (MQ=255) gtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTg < 1:34080529‑M1/10‑1 (MQ=255) gtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTg < 1:22228613‑M1/10‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTg < 1:16653836/66‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTg < 1:33662966/66‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:32651407/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:2990844/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:10403193/67‑1 (MQ=255) gccgactcgtggcttctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:34894558‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGGTAACTGat < 1:26997921‑M1/12‑1 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGat > 1:17607536‑M1/57‑68 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGat > 1:13979401‑M1/57‑68 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:33805794‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:19661799‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:37619352‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:25081294‑M1/57‑67 (MQ=255) cgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGatt > 1:10760080‑M1/55‑67 (MQ=255) aaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaat < 1:39040332/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:15949840/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:15736442/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:31939466/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:30827095/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:8671009/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:7335127/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:11098092/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:6604828/68‑1 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat < 1:24739036/68‑1 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat < 1:19245162/68‑1 (MQ=255) acaGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATaa > 1:36859850/1‑68 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:30647966/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:26776862/68‑1 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:31608886/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:6668187/68‑1 (MQ=255) tGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCg < 1:9041866/68‑1 (MQ=255) tGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCg < 1:37445251/68‑1 (MQ=255) ctaccgttttccacaccgattgcaagtaagattttTCGCTTACTGTTTAATTATAAATCAGttaggga < 1:18902819‑M1/33‑4 (MQ=255) tATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGaaa > 1:29160721/1‑68 (MQ=255) tATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGaa < 1:11447823/67‑1 (MQ=255) tATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGaa < 1:4117606/67‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTCTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:541799/68‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:29588561/68‑1 (MQ=255) ttGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAata < 1:34374700/68‑1 (MQ=255) aGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTa < 1:25566905/68‑1 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTAc < 1:27860852/66‑1 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACtt > 1:23201659/1‑68 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACt < 1:8130083/67‑1 (MQ=255) tGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTg < 1:13376406/67‑1 (MQ=255) accgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGc < 1:18318259‑M1/47‑1 (MQ=255) 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TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:28780310‑M1/1‑68 (MQ=255) TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:20454639‑M1/1‑68 (MQ=255) | AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |