| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4622539 | 670 (1.410) | 5 (0.010) | 3/98 | NT | 0.77% | intergenic (+52/‑38) | slt/trpR | lytic murein transglycosylase, soluble/transcriptional repressor, tryptophan‑binding |
| ? | CP009273 | = 4622550 | 701 (1.690) | intergenic (+63/‑27) | slt/trpR | lytic murein transglycosylase, soluble/transcriptional repressor, tryptophan‑binding | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 859 total aligned reads displayed.
ACTGATCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGCAGAACA > CP009273/4622483‑4622617 | aCTGATCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCt > 1:2094914/1‑68 (MQ=255) tGATCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtc > 1:35437422‑M2/1‑66 (MQ=255) tGATCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTt < 1:23873190‑M2/67‑2 (MQ=255) tGATCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTt < 1:22915698‑M2/67‑2 (MQ=255) tGATCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTt < 1:38338563‑M2/67‑2 (MQ=255) tCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtccc < 1:6592767‑M2/67‑5 (MQ=255) tCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtccc < 1:32573495‑M2/67‑5 (MQ=255) tCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtccc < 1:32035207‑M2/67‑5 (MQ=255) tCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtccc < 1:31069937‑M2/67‑5 (MQ=255) tCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtccc < 1:30454090‑M2/67‑5 (MQ=255) tCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtccc < 1:23519978‑M2/67‑5 (MQ=255) tCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtccc < 1:14708194‑M2/67‑5 (MQ=255) tCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCACTTTGCTtccc < 1:2311213‑M2/67‑5 (MQ=255) ccGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtccccc > 1:25184008‑M2/1‑62 (MQ=255) ccGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtccccc > 1:13248974‑M2/1‑62 (MQ=255) cGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTtcccccg > 1:10016663‑M2/1‑61 (MQ=255) aCGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTa > 1:29865652/1‑68 (MQ=255) aCGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTa > 1:19699670/1‑68 (MQ=255) cGTTTATGATATGCTAACGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTaa < 1:18522156/68‑1 (MQ=255) ttATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACa < 1:34075345/67‑1 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:30710669/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:37072823/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:24561193/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:25752967/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:27451586/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:11078212/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:16322465/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:19394004/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:5489638/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:33443352/1‑68 (MQ=255) gATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGc > 1:33736333/1‑68 (MQ=255) tatGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCg > 1:31739087/1‑67 (MQ=255) tatGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCg > 1:13639120/1‑67 (MQ=255) tatGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCg > 1:24165149/1‑67 (MQ=255) tatGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCg > 1:6311375/1‑67 (MQ=255) atGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGAc < 1:11995138/68‑1 (MQ=255) atGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGAc < 1:37795163/68‑1 (MQ=255) gCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACat < 1:5241560/68‑1 (MQ=255) gCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACat < 1:2795785/68‑1 (MQ=255) tATCGTACTCTTTAGCGAGTACATCCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACatat < 1:36804910/68‑1 (MQ=255) tATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACatat < 1:1721117/68‑1 (MQ=255) tATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACatat < 1:13420492/68‑1 (MQ=255) tATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACata < 1:1765979/67‑1 (MQ=255) aTCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACAtatt > 1:9063035/1‑68 (MQ=255) aTCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACAtatt > 1:22465760/1‑68 (MQ=255) aTCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACAtatt < 1:20508764/68‑1 (MQ=255) cGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACAtattat > 1:14183620/1‑68 (MQ=255) cGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACAtattat > 1:3328524/1‑68 (MQ=255) cGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACAtattat > 1:15925202/1‑68 (MQ=255) cGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACAtattat > 1:28855448/1‑68 (MQ=255) tACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATg > 1:8444747/1‑67 (MQ=255) aCTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATgg > 1:31296681/1‑67 (MQ=255) aCTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATgg > 1:21290844/1‑67 (MQ=255) aCTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATgg > 1:12259370/1‑67 (MQ=255) aCTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGc < 1:22159456/68‑1 (MQ=255) aCTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGc < 1:32823379/68‑1 (MQ=255) aCTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGc < 1:36603327/68‑1 (MQ=255) tctTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGccc > 1:35142996/1‑68 (MQ=255) tctTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGccc > 1:17838178/1‑68 (MQ=255) tctTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGccc > 1:756379/1‑68 (MQ=255) tctTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGccc > 1:29319892/1‑68 (MQ=255) tctTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGccc > 1:1256566/1‑68 (MQ=255) tctTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTGGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGccc > 1:26633035/1‑68 (MQ=255) ttAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCcaac > 1:2706872/1‑68 (MQ=255) tAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCcaaca < 1:18206178/68‑1 (MQ=255) gAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACTATGGCGACATATTATGGCCCCACAATc > 1:30196555/1‑67 (MQ=255) gAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATc > 1:9299189/1‑67 (MQ=255) gAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATc > 1:7887136/1‑67 (MQ=255) gAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATc > 1:9541218/1‑67 (MQ=255) gAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATc > 1:18768917/1‑67 (MQ=255) gAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATc > 1:21600739/1‑67 (MQ=255) gTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCAc < 1:39511788/67‑1 (MQ=255) gTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCAc < 1:16613187/67‑1 (MQ=255) gTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCAc < 1:35651063/67‑1 (MQ=255) gTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCAc < 1:17336840/67‑1 (MQ=255) aCAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCt < 1:10954793/68‑1 (MQ=255) aaCCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTAt < 1:37566018/68‑1 (MQ=255) aaCCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTAt < 1:36097831/68‑1 (MQ=255) aaCCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTAt < 1:39191766/68‑1 (MQ=255) aaCCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTAt < 1:4885315/68‑1 (MQ=255) aCCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTAt > 1:26051970/1‑67 (MQ=255) aCCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTAt > 1:32221111/1‑67 (MQ=255) aCCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCGAt > 1:19180731/1‑67 (MQ=255) cGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATAACCCTATTca > 1:26460564/1‑68 (MQ=255) gggAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTcagca > 1:6188794/1‑68 (MQ=255) gggAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTcagca > 1:38544729/1‑68 (MQ=255) gggAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTcagca > 1:15172154/1‑68 (MQ=255) gggAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTcagca > 1:24827771/1‑68 (MQ=255) gAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCagcagc > 1:2272527/1‑68 (MQ=255) gAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCagcagc > 1:15577644/1‑68 (MQ=255) aTTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATg < 1:4585707/67‑1 (MQ=255) aTTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATg < 1:436076/67‑1 (MQ=255) ttttGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGc < 1:34864850/68‑1 (MQ=255) ttttGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGc < 1:12792474/68‑1 (MQ=255) ttttGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGc < 1:39824/68‑1 (MQ=255) ttttGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGc < 1:28281065/68‑1 (MQ=255) ttGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGCAg < 1:34311736/68‑1 (MQ=255) tGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGCAGa > 1:11584339/1‑68 (MQ=255) tGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGCAGa < 1:10254544/68‑1 (MQ=255) gCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGCAGa > 1:7006898/1‑67 (MQ=255) | ACTGATCCGCACGTTTATGATATGCTATCGTACTCTTTAGCGAGTACAACCGGGGGAGGCATTTTGCTTCCCCCGCTAACAATGGCGACATATTATGGCCCAACAATCACCCTATTCAGCAGCGATGGCAGAACA > CP009273/4622483‑4622617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |