| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 521461 | NA (NA) | 5 (0.010) | 4/102 | NT | 100% | coding (2745/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | = 521483 | 0 (0.000) | coding (2767/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
CACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGTACACTCACAGTGTGGCCGGATAACCGCATCGCGGAGGATGCGCA > CP009273/521416‑521550 | cACCCTCGCACCAGCCCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:19231719‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCCCCCCGTATGCCCCGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:24990299‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCCCGGTCCCGGCGGTCAACCGGCTTCCGG < 1:17936369‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGCCCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:11518990‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGTGCAACCGGCTGCCGG < 1:31407145‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:30692458‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:29986395‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:34331786‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:29556718‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:29216980‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:28743900‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:35205680‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:35670874‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:31995940‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:36966615‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:32517400‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:24351678‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:23780538‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:23172695‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:7632701‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:20002819‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:39203146‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:39199200‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:6666256‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:11181876‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:17956144‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:5950495‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:15395656‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:14329220‑M2/68‑1 (MQ=255)cACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTAAGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:24334806‑M2/68‑1 (MQ=255) aCCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG > 1:23003861‑M2/1‑67 (MQ=255) aCCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:4029082‑M2/67‑1 (MQ=255) aCCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:31620846‑M2/67‑1 (MQ=255) aCCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG > 1:38535131‑M2/1‑67 (MQ=255) aCCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:35947508‑M2/67‑1 (MQ=255) aCCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG > 1:1948080‑M2/1‑67 (MQ=255) aCCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:8392400‑M2/67‑1 (MQ=255) aCCCTCGCACAAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGG < 1:24094853‑M2/67‑1 (MQ=255) cccTCGCACCAGACCTGGGCATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGGc < 1:33478368‑M2/67‑2 (MQ=255) cccTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGGc < 1:7565012‑M2/67‑2 (MQ=255) cccTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGGc < 1:33328761‑M2/67‑2 (MQ=255) aCCAGACCTGGACATCGCCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGGgtccgtggc > 1:29621601‑M2/1‑59 (MQ=255) ccAGCCCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGGgtccgtggca > 1:25286218‑M2/1‑58 (MQ=255) ccTGGACATCCCCACCCCGAAGCCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGGgtccgtggcatacg > 1:27521627‑M2/1‑53 (MQ=255) cTGGACACCCGCAGCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGCCAACCGGCTGCCGGgtccgtggcatacggg > 1:34535309‑M2/1‑52 (MQ=255) cTGCACACCCCCACCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGGgtccgtggcatacggg > 1:34583364‑M2/1‑52 (MQ=255) gCCGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggttcgagggtgcgcacactctccag < 1:32389719‑M2/65‑61 (MQ=255) gCCGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccag < 1:31788393‑M2/65‑61 (MQ=255) gCCGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccag < 1:6969208‑M2/65‑61 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:26039708‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:25995192‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:30439197‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:3762982‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:17110282‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:14838102‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:14328786‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:14044776‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:3952705‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:4296467‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:4946504‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctg < 1:35903264‑M2/67‑65 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctg > 1:961825‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctg < 1:12052588‑M2/67‑65 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctg < 1:5786339‑M2/67‑65 (MQ=255) cGGgtccgtggcatacgggaggcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:9890772‑M2/1‑3 (MQ=255) cGGgtccgcggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc > 1:23021249‑M2/1‑3 (MQ=255) gggtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgcc > 1:18361217‑M2/1‑2 (MQ=255) gggtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc < 1:38147276‑M2/67‑66 (MQ=255) gggtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc < 1:707557‑M2/67‑66 (MQ=255) gggtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgc < 1:31483936‑M2/67‑66 (MQ=255) ggtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgccc < 1:37308204‑M2/68‑68 (MQ=255) ggtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgccc < 1:37187856‑M2/68‑68 (MQ=255) ggtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgccc < 1:19958202‑M2/68‑68 (MQ=255) ggtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctccagcctgccc < 1:18670825‑M2/68‑68 (MQ=255) ggtccgtggcatacgggatgcggatgtccaggtctggtgcgagggtgcgcacactctcaagcctgccc < 1:6302033‑M2/68‑68 (MQ=255) | CACCCTCGCACCAGACCTGGACATCCGCATCCCGTATGCCACGGACCCGGCGGGCAACCGGCTGCCGGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGTACACTCACAGTGTGGCCGGATAACCGCATCGCGGAGGATGCGCA > CP009273/521416‑521550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |