| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4321833 = | NA (NA) | 3 (0.010) | 3/94 | NT | NA | noncoding (3/32 nt) | REP326 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP326 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4321864 = | NA (NA) | intergenic (+43/‑69) | proP/pmrR | proline/glycine betaine transporter/putative membrane‑bound BasS regulator | |||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GGAGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATCAGGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/4321908‑4321833‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcaggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT > CP009273/4321864‑4321929 GGAGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACA > 1:29503850/1‑68GGAGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACA > 1:31154057/1‑68GGAGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGATCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACA > 1:9238371/1‑68 GAGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACA > 1:27172322/1‑67 GAGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACA > 1:5591946/1‑67 AGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATC > 1:13608832/1‑68 AGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACAT < 1:8521357/67‑1 AGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACA < 1:16852721/66‑1 AGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACA < 1:6069964/66‑1 AGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATCAG > 1:3625955/1‑68 AGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATCAG > 1:19221828/1‑68 AGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATCAG > 1:15777577/1‑68 GTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATCAG > 1:32158271/1‑67 GTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATCAG > 1:14165331/1‑67 GTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATCAG < 1:2038860/67‑1 ATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTTATAAGACAGCGTCACATCAGG < 1:12642237/66‑1 ATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATCAGG < 1:4443571/66‑1 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGA > 1:7323288/1‑68 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGA < 1:2996329/68‑1 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGA < 1:28931700/68‑1 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGA < 1:10922527/68‑1 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGA < 1:24421464/68‑1 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGA < 1:28288406/68‑1 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGA > 1:881931/1‑68 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGA < 1:6672/68‑1 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGCTAACGGA > 1:33387783/1‑68 ATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCAGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGA < 1:34176093/68‑1 ATCAGCCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGCTAACGGA < 1:25218099/68‑1 TCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAG > 1:105108/1‑68 CAGGCCAATTGAGCTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:12133293/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:28548037/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:28814673/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:28227656/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:27710578/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:29903436/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:9820600/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:30213518/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:9116261/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:31552849/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:32622653/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:32791986/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:33125512/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:33678535/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:10277881/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:3945779/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:4617647/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:7511326/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG < 1:5668823/68‑1 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:6503231/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:21746627/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:15399289/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:14812591/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:13835643/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:16119928/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:1303039/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:17248027/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:17523937/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:17798248/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:12739978/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:18706714/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:18814218/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG < 1:20697904/68‑1 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:22173188/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:11451878/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG < 1:23999265/68‑1 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:26473152/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:26252749/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:26227527/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:25710644/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:24860733/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:24530739/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:24194906/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:10699547/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:23452308/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG > 1:11248242/1‑68 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGG < 1:22553453/68‑1 CAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTACACTTAATCTCTGACCCGCATACTCTCCTCCAGGTTTACGGAcg > 1:26779031/1‑66 GGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAG > 1:3031125/1‑68 GGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAG > 1:30907610/1‑68 GCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGA > 1:19897508/1‑68 CCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAG > 1:7143048/1‑68 CCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAG > 1:34784455/1‑68 CCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAG > 1:16238166/1‑68 CCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGA < 1:10890440/67‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:11664258/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:8365041/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:1004408/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:15910673/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:5125183/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:33937597/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:33574083/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:33350450/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:19352480/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:30406953/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:29997150/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:22849346/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:23799789/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT < 1:26724599/68‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAG < 1:16972005/67‑1 CAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAG < 1:6810515/67‑1 GGAGAGTATGCGCGTCAGAGATTAAGTGAACCTTAAGAGTTCAATTGGCCTGATAAGACAGCGTCACATCAGGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/4321908‑4321833‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcaggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGT > CP009273/4321864‑4321929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |