| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4321833 = | NA (NA) | 3 (0.010) | 3/94 | NT | NA | noncoding (3/32 nt) | REP326 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP326 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4321864 = | NA (NA) | intergenic (+43/‑69) | proP/pmrR | proline/glycine betaine transporter/putative membrane‑bound BasS regulator | |||||
Only 100 of 599 total aligned reads displayed.
GCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGTGC > CP009273/4321797‑4321931 | aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGGCGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:17449077/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGGCAAtt > 1:22700812/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:26634252/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:24709265/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:31050276/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:1349320/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:11158513/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:11419663/1‑68 (MQ=255) ccGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAAct < 1:5867384/68‑1 (MQ=255) ccGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAAct < 1:21018021/68‑1 (MQ=255) cgcgAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAActc < 1:23789195/68‑1 (MQ=255) gcgAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAActct > 1:6263420/1‑68 (MQ=255) gcgAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAActct < 1:8489180/68‑1 (MQ=255) cgAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCtt > 1:13842225/1‑68 (MQ=255) gAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCtt < 1:23038796/67‑1 (MQ=255) gAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCtt < 1:29083495/67‑1 (MQ=255) aTTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTaa < 1:32431532/67‑1 (MQ=255) ttGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAgg < 1:15510308/68‑1 (MQ=255) ttGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAgg < 1:26786616/68‑1 (MQ=255) gtgaaccttaagagttcaatTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGt < 1:5557218‑M1/47‑1 (MQ=255) tgaATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCa < 1:32752846/68‑1 (MQ=255) gaaccttcagagttcaattggcctgataagacagcgtcacatcaggccaATTGAACTCTTAAGGTTCa < 1:16469908‑M2/19‑1 (MQ=255) gaATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTc > 1:1954758/1‑66 (MQ=255) aaGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTaa > 1:33697616/1‑68 (MQ=255) tGAATCGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAAtc > 1:18380106/1‑66 (MQ=255) tGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCGGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAAtc < 1:13226872/66‑1 (MQ=255) aaCGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTg > 1:29601693/1‑67 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcg < 1:17130497/68‑1 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcg < 1:1999819/68‑1 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAc > 1:20735257/1‑67 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGACTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcg < 1:18786899/68‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcgcg < 1:27928861/67‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcgcg < 1:24078149/67‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcgcg < 1:18055632/67‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAGgcgc > 1:31809938/1‑68 (MQ=255) CCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCAt < 1:4480012‑M1/66‑1 (MQ=255) CCTGATGTGACGCTGTCTTATAAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCAt < 1:12642237‑M1/66‑1 (MQ=255) CTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATAc > 1:15107089‑M1/1‑67 (MQ=255) CTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATAc > 1:14165331‑M1/1‑67 (MQ=255) TGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGATCTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTcc > 1:9238371‑M1/1‑68 (MQ=255) TGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATActct < 1:560532‑M1/66‑1 (MQ=255) TGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACtctc > 1:9001069‑M1/1‑67 (MQ=255) TGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTcc > 1:5289811‑M1/1‑68 (MQ=255) gtgACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTctcc > 1:30122650/1‑67 (MQ=255) cGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCa > 1:2735102/1‑67 (MQ=255) cGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAg > 1:9703937/1‑68 (MQ=255) cGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAg > 1:32968921/1‑68 (MQ=255) cGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAg > 1:20298803/1‑68 (MQ=255) cGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAg > 1:16752595/1‑68 (MQ=255) gCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAgg > 1:34538800/1‑68 (MQ=255) gCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAgg < 1:10509794/68‑1 (MQ=255) gCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAgg > 1:10917528/1‑68 (MQ=255) gCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAgg < 1:1623558/68‑1 (MQ=255) gCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAgg < 1:12914974/68‑1 (MQ=255) gTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTa < 1:24271165/68‑1 (MQ=255) gTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTa < 1:15740906/68‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAAc < 1:8262672/68‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAAc < 1:33601986/68‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAAc < 1:19058941/68‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAAc < 1:3127222/68‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAAc < 1:30582767/68‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAAc < 1:11968419/68‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAAc < 1:7605422/68‑1 (MQ=255) tATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACgg < 1:25656976/68‑1 (MQ=255) tATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACgg < 1:2350007/68‑1 (MQ=255) tATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACgg < 1:21465502/68‑1 (MQ=255) atcaggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACgga < 1:2996329‑M2/59‑1 (MQ=255) atcaggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACgga > 1:10678814‑M2/10‑68 (MQ=255) atcaggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACgga > 1:7323288‑M2/10‑68 (MQ=255) atcaggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACgga < 1:6672‑M2/59‑1 (MQ=255) atcaggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCAGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACgga < 1:34176093‑M2/59‑1 (MQ=255) atcagcccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGCTAACgga < 1:25218099‑M2/59‑1 (MQ=255) caggccaATTGAGCTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:12133293‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:6903159‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:14812591‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:4022985‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:3604168‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:17798248‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg < 1:22033841‑M2/61‑1 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:26227527‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:26401260‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:28814673‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:29903436‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:30337445‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:31552849‑M2/8‑68 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg < 1:19286234‑M2/61‑1 (MQ=255) caggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACggagg > 1:33125512‑M2/8‑68 (MQ=255) ggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGgaggag > 1:22192419‑M2/6‑68 (MQ=255) ggccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGgaggag > 1:23933573‑M2/6‑68 (MQ=255) ccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGgaga < 1:15967347‑M2/64‑1 (MQ=255) ccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGagag > 1:34784455‑M2/4‑68 (MQ=255) ccaATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGagag > 1:28570307‑M2/4‑68 (MQ=255) caATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGCCGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGt < 1:4662899‑M2/66‑1 (MQ=255) caATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGagag < 1:16972005‑M2/65‑1 (MQ=255) caATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGt < 1:11664258‑M2/66‑1 (MQ=255) caATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGt < 1:1004408‑M2/66‑1 (MQ=255) caATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGt < 1:33937597‑M2/66‑1 (MQ=255) caATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGt < 1:33350450‑M2/66‑1 (MQ=255) caATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGt < 1:32177746‑M2/66‑1 (MQ=255) caATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGt < 1:28266093‑M2/66‑1 (MQ=255) | GCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGTGC > CP009273/4321797‑4321931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |