| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4321833 = | NA (NA) | 3 (0.010) | 3/94 | NT | NA | noncoding (3/32 nt) | REP326 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP326 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4321864 = | NA (NA) | intergenic (+43/‑69) | proP/pmrR | proline/glycine betaine transporter/putative membrane‑bound BasS regulator | |||||
Only 100 of 600 total aligned reads displayed.
TTTGCAGGCGAAACGTACCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGC > CP009273/4321767‑4321899 | actctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTg < 1:1004408‑M1/2‑1 (MQ=255)actctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTg < 1:23799789‑M1/2‑1 (MQ=255)actctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTg < 1:33340999‑M1/2‑1 (MQ=255)actctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTg < 1:20581665‑M1/2‑1 (MQ=255)actctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTg < 1:26880717‑M1/2‑1 (MQ=255)actctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTg < 1:29997150‑M1/2‑1 (MQ=255)actctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcggcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTg < 1:4662899‑M1/2‑1 (MQ=255) ttGCAGGCGAAACGTACCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATgg < 1:20847517/68‑1 (MQ=255) ttGCAGGCGAAACGTACCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATgg < 1:4366147/68‑1 (MQ=255) ctctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTgg > 1:15881505‑M1/66‑68 (MQ=255) ctctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTgg > 1:33851957‑M1/66‑68 (MQ=255) ctctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTgg > 1:7143048‑M1/66‑68 (MQ=255) ctctcctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTgg > 1:2203578‑M1/66‑68 (MQ=255) tGCAGGCGAAACGTACCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGc < 1:16867784/68‑1 (MQ=255) tGCAGGCGAAACGTACCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGc < 1:31677164/68‑1 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg < 1:19286234‑M1/7‑1 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:18814218‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:29366842‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:24194906‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:23452308‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:31552849‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:9575185‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:1090536‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:34676796‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:13835643‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:3945779‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:12976040‑M1/62‑68 (MQ=255) cctccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTg > 1:9116261‑M1/62‑68 (MQ=255) tccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTGAt < 1:28931700‑M1/9‑1 (MQ=255) tccgttaacctggaggagagtatgcgcgtcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTGAt < 1:24421464‑M1/9‑1 (MQ=255) tccgttaacctggaggagagtatgcgcggcagagattaagtgaaccttaagagttcaatTGGCCTGAt > 1:8641109‑M1/60‑68 (MQ=255) cGAAACGTACCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGAt < 1:29664634/67‑1 (MQ=255) cGAAACGTACCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGAt < 1:7802557/67‑1 (MQ=255) aCGTACCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGAc < 1:17384985/68‑1 (MQ=255) aCCGGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTg < 1:24022457/68‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTg < 1:10441197/68‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTg < 1:7539144/68‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTg < 1:30273379/68‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTg < 1:32722213/68‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTg < 1:31160042/68‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTg < 1:18077583/68‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTg < 1:23064469/68‑1 (MQ=255) cccGCCTGGTGCTGCAACATCCGCGTATTGTTTAATAAGCTGAAACGGTTGGCCTGATGTGACGCTGt < 1:22382232/68‑1 (MQ=255) cccGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGAc > 1:14085017/1‑63 (MQ=255) cccGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGAc > 1:27766466/1‑63 (MQ=255) cccGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGAc > 1:24733111/1‑63 (MQ=255) cccGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGAc > 1:26181967/1‑63 (MQ=255) cccGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGt < 1:31427447/68‑1 (MQ=255) cccGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGt < 1:29843987/68‑1 (MQ=255) ccTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTa > 1:14751073/1‑68 (MQ=255) ccTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTa > 1:17799150/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTa > 1:13147187/1‑67 (MQ=255) cTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTa < 1:27460606/67‑1 (MQ=255) cTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTa > 1:21129706/1‑67 (MQ=255) tGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAg > 1:6321143/1‑67 (MQ=255) gcagcaACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAgg > 1:26434992/1‑67 (MQ=255) gcagcaACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAgg < 1:821692/67‑1 (MQ=255) cagcaACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGcc > 1:6714080/1‑68 (MQ=255) caACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAt > 1:30424747/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCa < 1:2736301/65‑1 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCa < 1:22808591/65‑1 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:33070653/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:15003897/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:15594594/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:3560743/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:16168847/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:574713/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:26634252/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:28080106/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAtt > 1:18305611/1‑68 (MQ=255) aaCATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAAt < 1:13453401/67‑1 (MQ=255) cATCCGCGAATTGATGAATAAGCGGAAACGGATGGCCGGATGGGACGCGGTCTTATCAGGCCAATTGa < 1:7422403/68‑1 (MQ=255) ccGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAAct < 1:30878344/68‑1 (MQ=255) ccGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAAct < 1:11732247/68‑1 (MQ=255) ccGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAAct < 1:17083844/68‑1 (MQ=255) gAAATGATTAATAAGCAGAAACTGATGGCCTGATGTTACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCtt < 1:21448508/67‑1 (MQ=255) aTTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTaa < 1:32431532/67‑1 (MQ=255) tgatgaATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGt < 1:1263244/68‑1 (MQ=255) gtgaaccttaagagttcaatTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGt < 1:5557218‑M1/47‑1 (MQ=255) tgaaccttaagagttcaatTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTGAAGGTTc < 1:16469908‑M1/49‑1 (MQ=255) gaATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTc > 1:1954758/1‑66 (MQ=255) aTAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACtt > 1:32148419/1‑68 (MQ=255) aTAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACt < 1:17532220/67‑1 (MQ=255) aaGCTGAATCGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTaa < 1:33631308/68‑1 (MQ=255) aaGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTaa > 1:33697616/1‑68 (MQ=255) cTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAAtc > 1:12057664/1‑67 (MQ=255) tGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAAtct < 1:15503840/67‑1 (MQ=255) aCGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAc > 1:11602292/1‑68 (MQ=255) ctgATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcg < 1:5278508/66‑1 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcg < 1:6253662/68‑1 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcg < 1:1999819/68‑1 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcg < 1:34031517/68‑1 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcg < 1:28485683/68‑1 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcg < 1:11283027/68‑1 (MQ=255) cGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAc > 1:11094140/1‑67 (MQ=255) aTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcgcg < 1:25633974/67‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcgcg < 1:25240000/67‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcgcg < 1:28653820/67‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGAcgcg < 1:10650707/67‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACgcgc > 1:32901700/1‑68 (MQ=255) | TTTGCAGGCGAAACGTACCCGCCTGGTGCAGCAACATCCGCGAATTGATGAATAAGCTGAAACGGATGGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGC > CP009273/4321767‑4321899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |