| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2145164 | NA (NA) | 10 (0.030) | 7/90 | NT | NA | noncoding (10/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2145172 | NA (NA) | noncoding (18/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2145088‑2145164‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcggttgaaGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTCTT < CP009273/2145172‑2145106 AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:33079705/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:20758333/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:20800310/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:18882890/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:32102878/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:4297101/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:5949912/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:12295413/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG < 1:8732886/68‑1AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCGAATCCGCCGTTATATTTATTGTTTAAACT > 1:6416225/1‑67AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTAGCTAATCAGCAGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:11829070/1‑68 GAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:2087115/1‑67 AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC < 1:6063062/67‑1 AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC < 1:22153980/67‑1 AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC < 1:11315661/67‑1 GAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGG > 1:30113753/1‑68 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:7073338/67‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:11536905/67‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:7376541/67‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:26119828/67‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:25728381/67‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:2090484/67‑1 GCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTG > 1:8089398/1‑68 GCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTG > 1:13606392/1‑68 CCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA > 1:28529001/1‑68 CCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA > 1:27026513/1‑68 CCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA > 1:4231807/1‑68 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:21392223/67‑1 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:13099740/67‑1 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GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:18685393/68‑1 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:17760968/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:11669272/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:20283403/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:2022370/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:22728816/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:28947032/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:14427154/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:26238761/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:17619248/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:28422565/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |