| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2749471 | 396 (0.950) | 25 (0.070) | 6/90 | NT | 6.8% | intergenic (+734/‑47) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase |
| ? | CP009273 | = 2749488 | 364 (1.090) | intergenic (+751/‑30) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase | |||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GTGCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749394‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:16263229/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:23176923/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:10577397/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:11402001/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:20396875/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:13677206/1‑68 CCTCAATTTGTCCCGTGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:23445964/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTGCGTAGAGTACTAATTAAATCCGAACCTTTTTGGCCCTTCGATAGGg < 1:23748052/68‑2 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:2499480/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:5259777/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:30965143/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:4436935/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:31148861/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:18671610/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:32824269/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:33674026/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:10259643/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:2086057/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:2138222/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:22859619/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:5850030/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:10500132/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:29305805/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:8845637/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:1257435/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:28750505/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:158197/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:32606898/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG > 1:30324225/1‑67 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:14036955/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:26953974/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:9446781/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:34530739/67‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:13192950/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:12235871/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:6119312/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:21451914/68‑1 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:18403825/1‑68 TCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:17224907/58‑1 GAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTTAACAATAGCGGTTTTCGT > 1:29316263/1‑68 TTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTAT > 1:3345721/1‑68 TCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGGCTATCAATG > 1:2265102/1‑68 TCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGGCTATCAATG > 1:4315558/1‑68 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGCGCTTTTCGTTGGGCCTATAAATGGGCCTAAAAGGT > 1:14746038/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCGGAAAAGGTT > 1:16728941/1‑68 GCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGCGCTTTTCGTTGGGCCGATCAATGGGCCGAAAAGGTTC > 1:7236808/1‑68 GCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTC > 1:8088840/1‑68 GCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTC > 1:29780955/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTGGTTGGGGCTATCAATGGGCCTAAATGGTTCG > 1:29657333/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:3466479/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:33754877/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:20140364/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCGAAAAGGTTCG > 1:19291257/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCGATCAATGGGCCGAAAAGGTTCG > 1:18828031/1‑68 ATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAA > 1:11758883/1‑68 AGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATT > 1:18544998/1‑68 AGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATT < 1:24452090/68‑1 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:30383034/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:3772337/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:9689770/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:15579306/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:25604665/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:30140884/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:27349927/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:26263447/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:6025763/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:9048706/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:21780317/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:8604899/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:7937898/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:11806441/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:6522750/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:16526366/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:17617437/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:3642592/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:26046669/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:25460065/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:26789470/1‑68 CCCAACATAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:104018/1‑68 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:29482327/67‑1 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:3552176/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:21020949/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:6665863/1‑67 ACGTCAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:29873175/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:32269280/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:12984592/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:27384585/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:1422377/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:15817137/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:464245/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:32561338/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:18234115/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:24996966/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGCGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:26396310/68‑1 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTat > 1:23027673/1‑66 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:28599588/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:7677275/1‑68 GTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:26178888/1‑67 GTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:31249780/1‑67 GTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:10027522/1‑67 GTGCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749394‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |