| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3054026 | NA (NA) | 4 (0.010) | 3/96 | NT | NA | noncoding (8/21 nt) | REP212 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP212 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3054031 | NA (NA) | noncoding (13/21 nt) | REP212 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP212 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3053953‑3054026‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcctgataTGTGCTATCAGGCATTATTTGATGGATTAATCCTGACGAAGGACTTTGTGACCATAATCGAGTAACG < CP009273/3054031‑3053965 AAGTCACTGATGCTTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGC < 1:4072843/68‑1AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGC < 1:17473500/68‑1AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGC < 1:24584321/68‑1AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGC < 1:4868732/68‑1AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGC < 1:30925391/68‑1AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGC < 1:25619886/68‑1AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGC < 1:1241375/68‑1AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGC < 1:13407201/68‑1AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:18078520/1‑67AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:2397261/1‑67AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:18938812/1‑67AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:25975816/1‑67AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:33129655/1‑67AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:28335346/1‑67AAGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATCAATCCATCAAATAATGC < 1:20451441/68‑1 AGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCC < 1:32209478/68‑1 AGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCC < 1:30700717/68‑1 AGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:19351763/1‑66 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1:28410759/1‑66 AGTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTAACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAAGCCATCAAATAATG > 1:33218646/1‑66 GTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTACTCCATCAAATAATG > 1:21862235/1‑65 GTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATTATG > 1:31214752/1‑65 GTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:31662763/1‑65 GTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:26093353/1‑65 GTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:20309762/1‑65 GTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:7925692/1‑65 GTCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATG > 1:10386056/1‑65 TCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAATGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTG < 1:21017624/68‑1 TCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTG > 1:20188830/1‑68 TCACTGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCATTCGTCAGGATTAATCGATCAAATAATGCCTG > 1:16272553/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |