| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3054026 | NA (NA) | 4 (0.010) | 3/96 | NT | NA | noncoding (8/21 nt) | REP212 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP212 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3054031 | NA (NA) | noncoding (13/21 nt) | REP212 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP212 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 660 total aligned reads displayed.
TGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAGACAAATC > CP009273/3053960‑3054093 | gATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGc < 1:8940785/68‑1 (MQ=255) gATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGc < 1:28283238/68‑1 (MQ=255) gATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGc < 1:19536060/68‑1 (MQ=255) gATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGc < 1:6076878/68‑1 (MQ=255) gATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGc < 1:34303556/68‑1 (MQ=255) aTGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGc > 1:30738150/1‑67 (MQ=255) aTGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGc > 1:21859216/1‑67 (MQ=255) tGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGca < 1:15560934/67‑1 (MQ=255) gCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGcaca < 1:29355671/68‑1 (MQ=255) gCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGcaca < 1:31570338/68‑1 (MQ=255) gTTACTCGATTATGGTCACAATGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAta > 1:23382548‑M2/1‑66 (MQ=255) gTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAta > 1:31312661‑M2/1‑66 (MQ=255) gTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAta > 1:5686966‑M2/1‑66 (MQ=255) gTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAta > 1:5796803‑M2/1‑66 (MQ=255) gTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAta > 1:5473288‑M2/1‑66 (MQ=255) gTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAta > 1:6227447‑M2/1‑66 (MQ=255) gTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAta < 1:27829573‑M2/68‑3 (MQ=255) gTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAta > 1:2728306‑M2/1‑66 (MQ=255) cTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAtatcag < 1:34549009‑M2/68‑7 (MQ=255) tCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAtatcagg > 1:24979838‑M2/1‑61 (MQ=255) cGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAtatcaggc > 1:9575694‑M2/1‑60 (MQ=255) cGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAtatcaggc > 1:10732341‑M2/1‑60 (MQ=255) gATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCg > 1:13130643/1‑68 (MQ=255) aTTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAtatcaggagt < 1:2962843‑M2/68‑11 (MQ=255) tATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACAtat < 1:14793985‑M2/59‑4 (MQ=255) tATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTg > 1:18604063/1‑68 (MQ=255) ctGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGt < 1:25622230/67‑1 (MQ=255) aTGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGt < 1:8364083/68‑1 (MQ=255) ggTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTcc > 1:13663065/1‑68 (MQ=255) gTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTcc > 1:15102603/1‑67 (MQ=255) tCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTc > 1:16630670/1‑68 (MQ=255) tCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTc > 1:24709536/1‑68 (MQ=255) cacaAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCa < 1:12581055/68‑1 (MQ=255) caAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCAct < 1:32899309/68‑1 (MQ=255) caAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCAct < 1:32634573/68‑1 (MQ=255) aaaGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCActt < 1:6600441/68‑1 (MQ=255) aaaGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCActt < 1:2094241/68‑1 (MQ=255) aGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCActtct > 1:13984871/1‑68 (MQ=255) aGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCActtct > 1:7489073/1‑68 (MQ=255) aGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCActtct > 1:28932747/1‑68 (MQ=255) aGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCActtct > 1:11330529/1‑68 (MQ=255) ccTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCActtctt < 1:5005760/66‑1 (MQ=255) ccTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCtttt < 1:27575378/68‑1 (MQ=255) ccTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAAAGCCTGATAGCACAtatcaggcattatttgatggattaa > 1:3765824‑M2/1‑42 (MQ=255) cTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCttttt < 1:22215974/68‑1 (MQ=255) tCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGt > 1:33677632/1‑68 (MQ=255) gTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTAt > 1:31939664/1‑68 (MQ=255) gTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTAt > 1:4624148/1‑68 (MQ=255) aTTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTcc < 1:518537/65‑1 (MQ=255) aTTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTcc < 1:26420060/65‑1 (MQ=255) aTTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTcc < 1:224355/65‑1 (MQ=255) aTTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTcc < 1:20269642/65‑1 (MQ=255) aTTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTg > 1:17029451/1‑68 (MQ=255) aTTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTg > 1:16297585/1‑68 (MQ=255) aTTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTg > 1:24051393/1‑68 (MQ=255) aTTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTg > 1:9066061/1‑68 (MQ=255) tCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatc > 1:15208523/1‑67 (MQ=255) tCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatc > 1:14636508/1‑67 (MQ=255) tCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatc > 1:20411587/1‑67 (MQ=255) tCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatc > 1:29995733/1‑67 (MQ=255) tCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatc > 1:7218477/1‑67 (MQ=255) tCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatc > 1:18947746/1‑67 (MQ=255) tCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatc > 1:18122236/1‑67 (MQ=255) ccATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatcac > 1:31107389/1‑68 (MQ=255) cATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatcaca < 1:21359735/68‑1 (MQ=255) tCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatcacatc < 1:23077043/68‑1 (MQ=255) tCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatcacatc < 1:16145794/68‑1 (MQ=255) tCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatcacatc < 1:21460129/68‑1 (MQ=255) tCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAatcacatc < 1:3225737/68‑1 (MQ=255) ataatGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACaa > 1:15995594/1‑68 (MQ=255) ataatGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACaa > 1:4331739/1‑68 (MQ=255) taatGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACaaa < 1:26774892/68‑1 (MQ=255) aatGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACaaaa > 1:70251/1‑68 (MQ=255) aatGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACaaaa > 1:28528490/1‑68 (MQ=255) gCCTGATAtgtgctatcaggcattatttgatggattaatcctgacgaaggactttgtgaccataatcg > 1:26015212‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCTGATAtgtgctatcaggcattatttgatggattaatcctgacgaaggactttgtgaccataatcg > 1:9263706‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAg > 1:24389313/1‑68 (MQ=255) gCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAg < 1:25294037/68‑1 (MQ=255) gCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAg > 1:17358009/1‑68 (MQ=255) ccTGATAtgtgctatcaggcattatttgatggattaatcctgacgaaggactttgtgaccataatcga > 1:7859674‑M1/1‑7 (MQ=255) ccTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAg > 1:34073950/1‑67 (MQ=255) ccTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAg > 1:17605465/1‑67 (MQ=255) ccTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAg > 1:27046922/1‑67 (MQ=255) ccTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAg > 1:33051105/1‑67 (MQ=255) ccTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAg > 1:23865411/1‑67 (MQ=255) cTGATAtgtgctatcaggcattatttgatggattaatcctgacgaaggactttgtgaccataatcga < 1:8552284‑M1/67‑62 (MQ=255) cTGATAtgtgctatcaggcattatttgatggattaatcctgacgaaggactttgtgaccataatcga < 1:12081686‑M1/67‑62 (MQ=255) cTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAGa < 1:14354002/67‑1 (MQ=255) aTAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAGACaaa > 1:19257544/1‑68 (MQ=255) 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aGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAGACaaa > 1:4164025/1‑66 (MQ=255) | TGATGCGTTACTCGATTATGGTCACAAAGTCCTTCGTCAGGATTAATCCATCAAATAATGCCTGATAGCACATATCAGGCGTTGTCCTCACTTCTTTTTGTATTCCTTGAATCACATCACAAAATAGACAAATC > CP009273/3053960‑3054093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |