| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1242300 = | 559 (1.340) | 1604 (4.060) | 80/106 | NT | 76.4% | coding (533/1698 nt) | treA | periplasmic trehalase |
| ? | CP009273 | = 1292972 | 460 (1.170) | coding (606/2676 nt) | adhE | fused acetaldehyde‑CoA dehydrogenase/iron‑dependent alcohol dehydrogenase/pyruvate‑formate lyase deactivase | |||||
Only 100 of 2822 total aligned reads displayed.
CTGCGGTTGCCGTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCAGTAATATA > CP009273/1242234‑1242366 | ttcatcgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCg < 1:370650‑M1/3‑1 (MQ=255) ttcatcgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGa > 1:15284427‑M1/65‑68 (MQ=255) tcatcgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGAc > 1:19974596‑M1/64‑68 (MQ=255) tcatcgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGAc > 1:27396436‑M1/64‑68 (MQ=255) tcatcgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGAc > 1:28174960‑M1/64‑68 (MQ=255) tcaccgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGAc > 1:23818159‑M1/64‑68 (MQ=255) ggTTGCCGTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGAc < 1:27893602/67‑1 (MQ=255) ggTTGCCGTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt < 1:19089107/68‑1 (MQ=255) catcgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACt > 1:8215112‑M1/63‑68 (MQ=255) atcgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctgctttaccggcgctgtatGCGACtt < 1:33831411‑M1/7‑1 (MQ=255) tcgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACttt > 1:9705664‑M1/61‑68 (MQ=255) tcgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACttt > 1:11613889‑M1/61‑68 (MQ=255) cgataacaactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTa < 1:25201088‑M1/9‑1 (MQ=255) caactggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAg > 1:21806149‑M1/54‑68 (MQ=255) actggagtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGt < 1:17132700‑M1/16‑1 (MQ=255) agtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATc < 1:7934928‑M1/11‑1 (MQ=255) agtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGAcc < 1:14959135‑M1/20‑1 (MQ=255) agtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGAcc < 1:16243769‑M1/20‑1 (MQ=255) agtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGAcc < 1:891027‑M1/20‑1 (MQ=255) agtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTAACCCAGTGAcc < 1:24970817‑M1/20‑1 (MQ=255) gtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGc > 1:3085190‑M1/46‑67 (MQ=255) gtgttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGc > 1:15864666‑M1/46‑67 (MQ=255) gttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCtt < 1:24650659‑M1/24‑1 (MQ=255) gttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCtt < 1:10249747‑M1/24‑1 (MQ=255) gttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCt > 1:4318364‑M1/44‑66 (MQ=255) gttgcccgcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCt > 1:14099345‑M1/44‑66 (MQ=255) tgcccgcgcctacaccgatagctggtttaacggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCg < 1:258133‑M1/27‑1 (MQ=255) gcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAg > 1:14664303‑M1/37‑68 (MQ=255) gcgcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAg > 1:24407291‑M1/37‑68 (MQ=255) gtCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt < 1:32733868/67‑1 (MQ=255) gtCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt < 1:34732680/67‑1 (MQ=255) gtCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt < 1:12005301/67‑1 (MQ=255) gtCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt < 1:30191612/67‑1 (MQ=255) gtCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt < 1:27653850/67‑1 (MQ=255) gtCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt < 1:1115415/67‑1 (MQ=255) gtCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt < 1:10885057/67‑1 (MQ=255) gtCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt < 1:17459920/67‑1 (MQ=255) gcgtacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:7332165‑M1/35‑67 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:8615366‑M1/35‑67 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:1808011‑M1/35‑67 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:22950699‑M1/35‑67 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:29882052‑M1/35‑67 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:3988268‑M1/35‑67 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:13116485‑M1/35‑67 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:6195435‑M1/35‑67 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:26071087‑M1/35‑67 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTc > 1:27105964‑M1/35‑68 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTc > 1:31179264‑M1/35‑68 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTc > 1:30469199‑M1/35‑68 (MQ=255) gcctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTc > 1:23314701‑M1/35‑68 (MQ=255) tCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt > 1:23607638/1‑66 (MQ=255) cctacaccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGt < 1:2105580‑M1/33‑1 (MQ=255) caccgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAAc > 1:20687129‑M1/30‑68 (MQ=255) accgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACa < 1:21426950‑M1/40‑1 (MQ=255) accgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACa < 1:2018890‑M1/40‑1 (MQ=255) accgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACa < 1:5770442‑M1/40‑1 (MQ=255) tCATGAGCAAAATTGGCCCCCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACAt > 1:7575710/1‑68 (MQ=255) tCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACAt > 1:34100203/1‑68 (MQ=255) tCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACAt > 1:24026273/1‑68 (MQ=255) cgatagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATg > 1:26861974‑M1/27‑68 (MQ=255) tagctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTg > 1:12717162‑M1/24‑68 (MQ=255) gAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTg < 1:9230514/68‑1 (MQ=255) gAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTg < 1:18439640/68‑1 (MQ=255) ctggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAg < 1:18649534‑M1/48‑1 (MQ=255) tggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGaa > 1:20426518‑M1/20‑66 (MQ=255) tggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGaa > 1:29113405‑M1/20‑66 (MQ=255) tggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGaa > 1:33311263‑M1/20‑66 (MQ=255) tggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGt > 1:19743392‑M1/20‑68 (MQ=255) ggtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTa > 1:2556285‑M1/19‑68 (MQ=255) gtttaccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGACAAGTCCTAACATGGTGAAGTa < 1:17824011‑M1/50‑1 (MQ=255) aTTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTa > 1:7057399/1‑66 (MQ=255) aTTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTAACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTa > 1:22297797/1‑66 (MQ=255) accggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGt > 1:10004827‑M1/14‑68 (MQ=255) accggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGt > 1:29507285‑M1/14‑68 (MQ=255) ccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTc > 1:14381961‑M1/13‑68 (MQ=255) ccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTc > 1:13723062‑M1/13‑68 (MQ=255) ccggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTc > 1:6802893‑M1/13‑68 (MQ=255) cggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTcc > 1:1058425‑M1/12‑68 (MQ=255) cggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTcc > 1:6478267‑M1/12‑68 (MQ=255) cggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTc < 1:13397228‑M1/56‑1 (MQ=255) ggagctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTccc < 1:9478813‑M1/58‑1 (MQ=255) caccaTATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTcc < 1:3242776/67‑1 (MQ=255) agctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCa > 1:28552918‑M1/9‑67 (MQ=255) agctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCa > 1:3356895‑M1/9‑67 (MQ=255) agctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCa > 1:31765853‑M1/9‑67 (MQ=255) gctgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCAGt > 1:22607645‑M1/8‑68 (MQ=255) caTATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCAGt < 1:26419820/68‑1 (MQ=255) caTATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCAGt < 1:19405923/68‑1 (MQ=255) 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tgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCAGTaa > 1:5381236‑M1/6‑68 (MQ=255) tgtatGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCAGTa > 1:31482893‑M1/6‑67 (MQ=255) | CTGCGGTTGCCGTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACTTTATCCCAGTGACCGCTTTCGGCAAGTCCTAACATGGTGAAGTAACTGTCCCAGTAATATA > CP009273/1242234‑1242366 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |