| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 399208 = | 205 (0.490) | 10 (0.030) | 6/94 | NT | 5.7% | coding (50/1116 nt) | yaiC | diguanylate cyclase, cellulose regualtor |
| ? | CP009273 | 399297 = | 161 (0.460) | coding (139/1116 nt) | yaiC | diguanylate cyclase, cellulose regualtor | |||||
Only 100 of 438 total aligned reads displayed.
AACTCCTCAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACCCGCCGCCGGGCTGGT > CP009273/399230‑399363 | aCTCCTCAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGt > 1:33099877/1‑68 (MQ=255) aCTCCTCAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGt > 1:2674736/1‑68 (MQ=255) aCTCCTCAAAACGAACATCAGCGGACCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGt > 1:22704860/1‑68 (MQ=255) ctcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGtt > 1:3856773/1‑68 (MQ=255) ctcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGtt > 1:4227038/1‑68 (MQ=255) ctcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGtt > 1:31852658/1‑68 (MQ=255) ctcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGtt > 1:30271405/1‑68 (MQ=255) ctcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGtt < 1:5227901/68‑1 (MQ=255) ctcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGtt > 1:2198951/1‑68 (MQ=255) ctcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGtt > 1:17844979/1‑68 (MQ=255) ctcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGtt > 1:14367884/1‑68 (MQ=255) tcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGTCTACGCCGTGCGGTTg > 1:23593064/1‑68 (MQ=255) tcctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTg < 1:16175468/68‑1 (MQ=255) tcctcAAAACGAACATCAGAGGTACGGGCTGCGCTTCGACCGTAGCGTCAGACTACCCAGTTCGGTTg > 1:20743623/1‑68 (MQ=255) cctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTgg < 1:30659472/68‑1 (MQ=255) cctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTgg < 1:24281409/68‑1 (MQ=255) cctcAAAACGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTgg < 1:7009395/68‑1 (MQ=255) gcgcagcccggaccgctgatgttcgttttgaggagttaaaggaggttcctccccgtgcgGTTGGCctg > 1:22888659‑M2/60‑68 (MQ=255) aaaCGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCctgg < 1:12644030/68‑1 (MQ=255) aaCGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCctggc < 1:34221848/68‑1 (MQ=255) aaCGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCctggc < 1:15782380/68‑1 (MQ=255) aCGAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCctg > 1:22095417/1‑65 (MQ=255) gAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCctggctgg < 1:129802/68‑1 (MQ=255) gAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCctggctgg < 1:6151644/68‑1 (MQ=255) gAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCctggctgg < 1:2743224/68‑1 (MQ=255) gAACATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCctggctgg < 1:3224980/68‑1 (MQ=255) gAACATCAGCGGGCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCctggctgg < 1:25759865/68‑1 (MQ=255) cATCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCAt > 1:5824115/1‑68 (MQ=255) aTCAGCGGTCCGGGCTGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATg < 1:32645573/68‑1 (MQ=255) 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tGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCt < 1:1397214/68‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCt < 1:19981652/68‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCt < 1:20178101/68‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCACGTTCTTACCGATTGCt < 1:15288641/68‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGCCCGCCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCt < 1:1912581/68‑1 (MQ=255) tGCACTTCGCCCGTCGCGCCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCt < 1:23821074/68‑1 (MQ=255) gcTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCa > 1:25000683/1‑68 (MQ=255) cTTCGCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCa > 1:9127704/1‑67 (MQ=255) tCGCCCGTCGCGTCAAACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACg < 1:24591464/68‑1 (MQ=255) gCCCGTCGCGTCAGACTACCCCGTGCGGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAAc > 1:29499771/1‑65 (MQ=255) 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cccgtgcgGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACccgccgccg > 1:4623452‑M2/9‑68 (MQ=255) cccgtgcgGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACccgccgccg > 1:10464891‑M2/9‑68 (MQ=255) cccgtgcgGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACccgccgccg > 1:18776295‑M2/9‑68 (MQ=255) cccgtgcgGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACccgccgccg > 1:16310638‑M2/9‑68 (MQ=255) cccgtgcgGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACccgccgccg > 1:12271502‑M2/9‑68 (MQ=255) cccgtgcgGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACccgccgccg > 1:3097356‑M2/9‑68 (MQ=255) cccgtgcgGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACccgccgccg > 1:27292593‑M2/9‑68 (MQ=255) cccgtgcgGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACccgccgccg > 1:2981683‑M2/9‑68 (MQ=255) cccgtgcgGTTGGCCTGGCTGGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACccgccgccg > 1:11724134‑M2/9‑68 (MQ=255) ccgtgcgGTTGGCCTGGCTTGCATGTTCTTACCGATTGCTTCAACGCTGGTTTCACACCCGCCGCCgg < 1:34359126‑M2/61‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |