| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 691855 = | 313 (0.750) | 38 (0.100) +TAATG |
3/102 | NT | 10.9% | intergenic (+123/+31) | ubiF/glnX | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase/tRNA‑Gln |
| ? | CP009273 | 691998 = | 369 (0.880) | noncoding (75/75 nt) | glnV | tRNA‑Gln | |||||
Only 100 of 555 total aligned reads displayed.
TCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCG > CP009273/691931‑692064 | ccGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTg < 1:26211193/68‑1 (MQ=255) ccGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTg > 1:11761043/1‑68 (MQ=255) cgaggttcgaatcctcgtaccccagccacattaaaaaagctcgcttcggcgagcttttttaatgTGGc < 1:17703618‑M2/4‑1 (MQ=255) gTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTg > 1:24666353/1‑65 (MQ=255) ttcgaatcctcgtaccccagccacattaaaaaagctcgcttcggcgagcttttttaatgTGGCTgg < 1:151352‑M2/7‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTgggg < 1:22487543/68‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTgggg < 1:13617328/68‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:25998912/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:27980760/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:11884045/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:20217522/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:3141728/67‑1 (MQ=255) ttACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGt < 1:12749901/68‑1 (MQ=255) tcgaatcctcgtaccccacccacattaaaaaagctcgcttcggcgagcttttttaatgTGGCTGGGGt < 1:15442416‑M2/10‑1 (MQ=255) cGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGa > 1:33503047/1‑68 (MQ=255) cGCTTGGCGATACCCCAACAGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTAGAATAAATTGTCTGGGGTACGa > 1:6087703/1‑68 (MQ=38) gCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAg > 1:21034396/1‑68 (MQ=255) gCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAg > 1:14279387/1‑68 (MQ=255) gATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGa > 1:11454969/1‑68 (MQ=255) gATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGa > 1:6463568/1‑68 (MQ=255) aTACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGa > 1:7960879/1‑67 (MQ=255) aTACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGa > 1:5754095/1‑67 (MQ=255) aaCCCCTAATTGGTTCAATTACAAGGTAAGCTGCTTTATTAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGaa < 1:27039553/66‑1 (MQ=12) aCCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGaa > 1:15881663/1‑66 (MQ=255) cccAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCta > 1:26690797/1‑67 (MQ=255) aaCTGGGTGCACTTACAAGGTACGCGGCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGa < 1:1863816/68‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:31774819/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:30403673/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:13030060/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:2393112/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGCCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:25177427/1‑68 (MQ=255) cTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:8400807/1‑68 (MQ=255) cTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:27253267/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:29558093/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:21388057/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:26903920/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATg > 1:7100044/1‑68 (MQ=255) gggTGCACTTACAAGGTATGGATCTTGAATAATTTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGc < 1:28499970/68‑1 (MQ=21) gTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCg > 1:24322282/1‑68 (MQ=255) gCACTTACAAGGTAAGCGGCTTTAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGa < 1:32306527/68‑1 (MQ=255) cACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGaa > 1:16644414/1‑68 (MQ=255) cTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATc > 1:7275684/1‑68 (MQ=255) tACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCac > 1:20840163/1‑67 (MQ=255) aCAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGa > 1:2763795/1‑68 (MQ=255) cAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaa > 1:14613120/1‑68 (MQ=255) cAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaa > 1:9722551/1‑68 (MQ=255) aaGGTAAGCGTCTTGATTAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCACGGAATGCCGGAATCACaa > 1:32649700/1‑67 (MQ=18) aaGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaa > 1:19841056/1‑67 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCaaaaac > 1:22137658/1‑65 (MQ=21) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:33190666/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:10080859/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:30836235/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:30637238/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:12552818/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:18113967/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:4723887/1‑68 (MQ=255) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCgg > 1:194898/1‑68 (MQ=255) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCgg > 1:12257846/1‑68 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:3011530‑M2/54‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:33767089‑M2/54‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:25762605‑M2/54‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGc < 1:24893403‑M2/53‑1 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:5411666/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:34059878/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:23595121/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:11201825/1‑66 (MQ=255) gTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCt > 1:28771170/1‑68 (MQ=255) gTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCt > 1:32017899/1‑68 (MQ=255) gTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGcc < 1:10391301/67‑1 (MQ=11) tCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCtt > 1:9042908/1‑68 (MQ=255) tCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCtt > 1:22270696/1‑68 (MQ=255) tttaattTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGc < 1:22710262‑M2/61‑1 (MQ=255) tttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGc < 1:26564793‑M2/61‑1 (MQ=255) tttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGc < 1:3530960‑M2/61‑1 (MQ=255) tttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGc < 1:5169189‑M2/61‑1 (MQ=255) ttaatgTTGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGATTTCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt < 1:5919295‑M2/62‑1 (MQ=255) ttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTTCCTTACCGCt < 1:25630608‑M2/62‑1 (MQ=255) ttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt < 1:28310252‑M2/62‑1 (MQ=255) ttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCACAAACCGGTGCCTTACCGCt < 1:3767511‑M2/62‑1 (MQ=255) aTAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt > 1:20559454/1‑68 (MQ=40) taatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCtt > 1:13357439‑M2/6‑68 (MQ=255) aaaTTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTg < 1:29115869/68‑1 (MQ=11) atttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTgg < 1:10726116/66‑1 (MQ=14) atttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCACAAACCGGTGCCTTACCGCTTgg < 1:6846606/66‑1 (MQ=11) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCATAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:31865529‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:4286043‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:30959929‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:877344‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:25492272‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:16292393‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:17078443‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:6638261‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:2312220‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:34600596‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:21807375‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:4340083‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCGGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:9257688‑M2/66‑1 (MQ=255) ttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCTGAATTAATGAAAGAGAATCCCGAGCCTTACAGCTTGGcc > 1:17457667/1‑67 (MQ=2) ttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTa > 1:20099662/1‑58 (MQ=31) ttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCg > 1:7516050/1‑68 (MQ=31) | TCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCG > CP009273/691931‑692064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |