| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3618995 | NA (NA) | 10 (0.030) | 7/92 | NT | NA | noncoding (47/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | = 3619028 | NA (NA) | noncoding (80/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
GGTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCAccgatgcgta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3618930‑3618995‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAGGCGT < CP009273/3619028‑3618952 GGTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACTACTAAAATTCAATAAATTGCACC > 1:5689702/1‑68GGTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACC > 1:22651824/1‑68 gTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:35110588/2‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCca > 1:34301022/1‑66 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:24277819/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:22090376/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:31059920/1‑68 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TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:25527117/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:18078786/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:16882892/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:1441131/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:12655275/68‑1 GGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCG < 1:809898/68‑1 GGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT > 1:17766444/1‑68 GGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT > 1:15756405/1‑68 GGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT > 1:1534726/1‑68 GGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT > 1:1224641/1‑68 GGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT < 1:10575883/67‑1 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CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:15590012/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:16810979/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:16969654/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:9287563/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:17337581/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:33518709/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:27145572/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:10085149/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:20932284/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:32193803/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:2132304/68‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |