| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3652912 = | 516 (1.160) | 26 (0.070) | 9/98 | NT | 6.2% | coding (321/1158 nt) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| ? | CP009273 | 3652940 = | 335 (0.860) | coding (349/1158 nt) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3652985‑3652912‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAT > CP009273/3652940‑3653005 TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGTGGTACAGCGCGCTTTC > 1:36066026/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:28217072/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:31627599/1‑68 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCG < 1:20078570/68‑1 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:28531360/1‑67 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:14395608/1‑67 GTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCG > 1:22054222/1‑67 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGCGCGCTTTCGC > 1:8931307/1‑67 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:23652234/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:34457129/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:34357682/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:183970/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:22811245/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:4839249/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:23168954/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:7852737/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:23819378/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:8721449/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:26071976/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:28426734/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:28037833/1‑68 CTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCA > 1:21701140/1‑68 CTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCA > 1:18848057/1‑68 CTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC < 1:26600711/67‑1 CTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC < 1:9661034/67‑1 TTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCA > 1:7018685/1‑67 AACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAAT < 1:4338739/66‑1 TGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCA < 1:17044250/68‑1 TGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCA < 1:18735056/68‑1 gGGCGGTTAAAGGGGAGGCGGGCATTGCTGGCGGTAGACAGCGCTTCCGCCACCAATGCCCGCATCAC < 1:30899509/67‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:22817063/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:20495926/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:21975422/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:21507248/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:9543782/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:17479969/68‑1 TGGCGGGTCAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGTCCGCATCAC < 1:34947154/68‑1 GGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCACC < 1:6209582/68‑1 cGGTGAGGCGGGCATTGCGGGCGGTAGAGCGCGCTTGCCCCAGAAATGCCCGCATCACCTTTAACCGC < 1:3558314/67‑1 AGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGC < 1:25623971/68‑1 AGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGACGAGACCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGC < 1:921536/68‑1 agcCGGGCATTGCTGGCGGTACCCAGCGCTTACGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGG < 1:10448817/64‑1 GGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATC < 1:25768200/67‑1 GGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCCCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATC < 1:11094455/67‑1 ATTGCGGGCGGAAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGC < 1:27724402/68‑1 tcGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGC < 1:23604202/65‑1 GCCAGCAATGCCCGCATCCCCTTTACCCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:14684296/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACGTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCG > 1:27732170/1‑65 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTACCCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:11425481/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:9489559/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:31756721/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:9090501/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:34161256/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:8324177/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:7934080/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:4383174/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:4032970/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:37019800/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:10520050/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:35336710/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:26592017/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:10880308/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA < 1:1610236/68‑1 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:1788069/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:19589869/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:20535632/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:21227895/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:22551056/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:2276053/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:26271647/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGACA > 1:24954356/1‑68 CAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGG > 1:26033352/1‑68 CAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGG < 1:12420482/68‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |