| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3652912 = | 516 (1.160) | 26 (0.070) | 9/98 | NT | 6.2% | coding (321/1158 nt) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| ? | CP009273 | 3652940 = | 335 (0.860) | coding (349/1158 nt) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated | |||||
Only 100 of 670 total aligned reads displayed.
GCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGATT > CP009273/3652874‑3653006 | cACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:19418301/1‑68 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:32968181/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:17948816/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:14850310/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:14192113/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:26029671/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:34686125/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:6343198/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:7592808/1‑67 (MQ=255) ccTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATg > 1:11691277/1‑67 (MQ=255) ccTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGc < 1:36959831/68‑1 (MQ=255) aacgatgcctggcggttaaaggtgatgcgggcattgctggcggtagagagcgctttcgccagcAAt < 1:4338744‑M2/3‑1 (MQ=255) ttACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCg < 1:2881915/68‑1 (MQ=255) tACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGc > 1:36207317/1‑68 (MQ=255) tACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGATCTCTACCGCCAGCAATGCCCGc > 1:22077512/1‑68 (MQ=255) aCAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCa > 1:30432003/1‑68 (MQ=255) aCAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCa > 1:4707336/1‑68 (MQ=255) cctggcggttaaaggtgatgcgggcattGCTGGCGTAAGCGCTGGGTACCGCCAGCAATGcccggct < 1:10448817‑M1/39‑4 (MQ=255) aGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATc > 1:27517425/1‑68 (MQ=255) aGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATc > 1:5421807/1‑68 (MQ=255) aGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATc > 1:4170205/1‑68 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCACTGCCCGCATCa > 1:10032491/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:27788986/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:17019021/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:29177151/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:6068203/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:11364591/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:29730946/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:33622277/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGAAATGCCCGCATcc > 1:32630676/1‑66 (MQ=255) ggcggttaaaggtgatgcgggcattgctggcggtagagagcgctttcgccagcAATGCCCGCATCAcc < 1:27950253‑M2/15‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:36422058/1‑66 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:24073639/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:28360815/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:12042583/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:8952670/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:1625731/67‑1 (MQ=255) gcggttaaaggtgatgcgggcattTCTGGGGCAAGCGCGCTCTACCGCCCGCAATGCCCGCCTCaccg < 1:3558314‑M1/44‑2 (MQ=255) cGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAcc < 1:34985115/67‑1 (MQ=255) cGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAcc < 1:29427986/67‑1 (MQ=255) cGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAcc < 1:7721121/67‑1 (MQ=255) cGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAcc < 1:17429477/67‑1 (MQ=255) aGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAcc < 1:8579756/65‑1 (MQ=255) cTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCCCCTTTa > 1:2067846/1‑67 (MQ=255) cTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTa > 1:13373722/1‑67 (MQ=255) aaaCTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAAcc < 1:21338275/68‑1 (MQ=255) aggtgatgcgggcattgctggcggacgagaccgctttcgccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGc < 1:921536‑M2/24‑1 (MQ=255) aCTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCg > 1:14447206/1‑67 (MQ=255) aCTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCg > 1:24615560/1‑67 (MQ=255) aCTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGc < 1:17594128/68‑1 (MQ=255) gtgatgcgggcattGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa < 1:3225938‑M1/54‑1 (MQ=255) gtgatgcgggcattGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa < 1:20495926‑M1/54‑1 (MQ=255) gCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGc < 1:3935164/68‑1 (MQ=255) cAAAGGCTCGCTGTCGAAAGAGCTCTCTACCGCCAGGAATGCCCGCATGACCTTTAACCGCCAGGCa < 1:1543998/67‑1 (MQ=255) cAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCa < 1:31053029/67‑1 (MQ=255) cAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCa < 1:13052895/67‑1 (MQ=255) aaaGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATc < 1:1875605/68‑1 (MQ=255) gggcattgctggcggtagagagcgctttccccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATc < 1:11094455‑M2/32‑1 (MQ=255) aaGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCg < 1:5077438/68‑1 (MQ=255) cTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGtt < 1:24388084/66‑1 (MQ=255) cTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGtt < 1:7898939/66‑1 (MQ=255) cTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGtt < 1:977919/66‑1 (MQ=255) cTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGtt < 1:13610720/66‑1 (MQ=255) tcgctggcggtagagagcgctttcgccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGc < 1:23604202‑M2/37‑1 (MQ=255) GGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGa > 1:183970‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGa > 1:21655089‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGa > 1:34457129‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGa > 1:22811245‑M1/1‑68 (MQ=255) GAAAGCGCGCTGTACCACCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCa > 1:36066026‑M1/1‑68 (MQ=255) aaGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCaa < 1:27137856/67‑1 (MQ=255) aaGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCaa < 1:30715724/67‑1 (MQ=255) gcgcTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACt > 1:7095788/1‑67 (MQ=255) gcgcTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACt > 1:12704070/1‑67 (MQ=255) gcTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTa < 1:26182339/66‑1 (MQ=255) gcTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTAc < 1:15795020/67‑1 (MQ=255) gcTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACg < 1:25274728/68‑1 (MQ=255) ctACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGc < 1:2319840/68‑1 (MQ=255) aCCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCg > 1:26687344/1‑68 (MQ=255) aCCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCg < 1:12294681/68‑1 (MQ=255) ccGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGt < 1:22427254/68‑1 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:9489559‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:19589869‑M2/7‑68 (MQ=255) cagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAgg > 1:31534564‑M2/5‑68 (MQ=255) gcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAt > 1:10753247‑M2/3‑68 (MQ=255) gcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAt > 1:25746371‑M2/3‑68 (MQ=255) gcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGGCAGGAt > 1:2013351‑M2/3‑68 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:16574355/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:23807230/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:6758229/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:15059174/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:35207700/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:3414311/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:21084091/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:2267347/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt > 1:18187817/1‑67 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt < 1:26452026/67‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt < 1:19050062/67‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt > 1:16774134/1‑67 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt < 1:31728265/67‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt < 1:13227462/67‑1 (MQ=255) | GCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGATT > CP009273/3652874‑3653006 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |