| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3808465 | NA (NA) | 7 (0.020) | 4/92 | NT | NA | noncoding (9/22 nt) | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3808469 | NA (NA) | noncoding (13/22 nt) | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3808389‑3808465‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgccggatgaAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAAATCAT < CP009273/3808469‑3808404 AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:28081508/1‑68AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC < 1:719642/68‑1AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGGGGCTGTAATATGAC > 1:8720272/1‑68 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACG < 1:5073073/68‑1 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACG < 1:22756272/68‑1 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:10110670/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:25006408/1‑67 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ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCTGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:15630469/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:25775782/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:34770317/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:35365940/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:27310836/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:5684917/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:29345153/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:5911249/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:6158489/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:25163672/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:24215564/1‑68 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ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:22470849/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:23141534/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:2285353/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCACTAATATGACGCC > 1:35203092/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGGTGCAGTAATATGACGCC > 1:30765936/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACACTTGCAGTAATATGACGCC > 1:28593575/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGCCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:2192971/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCAGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:28457374/1‑68 ACCGCCCGACGGATGAATTTGACGCCCGCTGGACGCAAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:22667344/1‑68 CGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGG > 1:13841016/1‑68 GCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGA < 1:29019965/68‑1 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ATGACGCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGG > 1:525504/1‑67 GACGCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCTGCAATTAGCGGCCAGCGGGCG > 1:35175230/1‑68 GCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCA > 1:27451923/1‑68 GCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCA > 1:18040397/1‑68 GCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCA > 1:16179105/1‑68 GCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACAGCAACTGAGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCA > 1:14644397/1‑68 CCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAA > 1:25283438/1‑68 CGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAA < 1:14559463/68‑1 GATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAAA > 1:17960924/1‑67 GATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAAA > 1:30827912/1‑67 GATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGGCAAAA > 1:13086981/1‑67 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |