| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 519440 = | 329 (0.740) | 20 (0.050) | 11/96 | NT | 5.0% | coding (724/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 519532 = | 471 (1.230) | coding (816/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/519514‑519440‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC > CP009273/519532‑519598 AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT < 1:30234993/68‑1 GAAGATAGCGAAGAGTTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:29010479/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCCCCAGACGGCACT > 1:30498690/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCCCCAGACGGAACT > 1:32167785/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:28776357/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:9486169/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:7164690/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:6500823/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:32910280/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:31550455/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:28204709/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:2047450/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:18948708/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:18389592/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:17514299/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:10835815/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTACGCACGCTGCGCCAGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:24421037/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGGACGCTGCGCCTGCGCGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:34253129/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCCGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:32147038/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGCCGGACCTCCCG > 1:21686058/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGACCTCCCG > 1:15384803/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:8482811/68‑1 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:15964445/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:10808107/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:8783198/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:6539201/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:36963192/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:35834336/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:3467297/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:29967356/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:24825719/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:15920426/1‑67 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCC < 1:34757879/68‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:32102579/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:16359114/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:3709126/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:19159874/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:35610757/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:1943927/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:12023990/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:20313460/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:30607683/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:14390548/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:29139097/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:14143006/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:28120271/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:28050182/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:21650586/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:26154525/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGGGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:12912349/67‑1 TAGCCAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:12843744/67‑1 AGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC > 1:26324781/1‑68 TGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGC < 1:4630797/67‑1 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCCCCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCGGCGTTCCCCGAg > 1:12295533/1‑66 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGAC > 1:31039571/1‑67 GCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCCGCCTCAGCGTTCCCCGCCAC > 1:32866738/1‑67 CCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGCCACACTGCCC > 1:7005834/1‑68 TGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGG > 1:7596524/1‑68 TGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGG > 1:22314211/1‑68 CGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGT > 1:26735212/1‑67 TCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAA > 1:6946498/1‑68 TCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAA > 1:20718182/1‑68 GCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATAC > 1:22481499/1‑68 ACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACG > 1:7145141/1‑67 ACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACG > 1:16614666/1‑67 ACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCG > 1:19888858/1‑68 ACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCC > 1:17671045/1‑67 ACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG > 1:31433578/1‑68 ACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGGACCGAATACGGCCCCGACAGG > 1:8953479/1‑68 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGG < 1:4333785/68‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGG < 1:20737311/68‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGG < 1:15394647/68‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGG < 1:34458473/67‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:1276177/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:31813519/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACA < 1:30085580/64‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGAC < 1:29956687/63‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGAC < 1:25977473/63‑1 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT > 1:11955598/1‑68 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGA < 1:14784444/49‑1 CGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTA > 1:33332234/1‑67 CGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTA > 1:8149618/1‑67 CGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTA > 1:30728048/1‑67 CGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTA > 1:35385769/1‑67 GCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTAT > 1:35184417/1‑67 cgCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCGCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:8113601/3‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGCCACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:22780765/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:5864866/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:21353039/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:26348410/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:28241165/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:8721706/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:12897835/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:31089072/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:21273470/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:6410329/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:21218706/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATC > 1:10201092/1‑67 CCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:25270003/1‑67 CTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC < 1:35373386/68‑1 AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/519514‑519440‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGC > CP009273/519532‑519598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |