| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2548559 | NA (NA) | 6 (0.020) | 4/92 | NT | NA | noncoding (9/24 nt) | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2548565 | NA (NA) | noncoding (15/24 nt) | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 670 total aligned reads displayed.
AAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACG > CP009273/2548492‑2548625 | aaGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGT < 1:14433277‑M1/68‑1 (MQ=255)aaGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGT < 1:19190794‑M1/68‑1 (MQ=255)aaGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGT < 1:706241‑M1/68‑1 (MQ=255)aaGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCGGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGT < 1:11755711‑M1/68‑1 (MQ=255)aaGGGTGCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGT < 1:4978485‑M1/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:29923314/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:5923407/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:6383292/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:23563445/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:31597951/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:733756/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:17753132/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:11026168/68‑1 (MQ=255) ggTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTcct > 1:15622909‑M1/1‑65 (MQ=255) gTTCATGATAAAGATTGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgttgt < 1:21234066/67‑1 (MQ=255) gTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgttgt < 1:18148421/67‑1 (MQ=255) gTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgttgt < 1:26540102/67‑1 (MQ=255) ttCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTa < 1:22008158/67‑1 (MQ=255) tGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGac < 1:12360157‑M2/67‑3 (MQ=255) gATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGaca < 1:22296825‑M2/67‑4 (MQ=255) aTAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacac < 1:18529770‑M2/67‑5 (MQ=255) aGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:257042‑M2/68‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:895324‑M2/67‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:34327959‑M2/67‑10 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:5084473‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:27103159‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:13116581‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:32918187‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:17293345‑M2/67‑11 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCTTGATGTTATTGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAcc < 1:937762/68‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAc < 1:31983170/67‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCGGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAc < 1:36154459/67‑1 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACCCCCGGCAcc > 1:30749537/1‑67 (MQ=255) gCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCg > 1:31385524/1‑68 (MQ=255) ttGGGTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGAACCTCCGACAgg > 1:1613199/1‑68 (MQ=255) ttGGCTGTACGGTTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:15785613/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:17613848/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:754860/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:20860987/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg > 1:25418788/1‑68 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:6859276/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:30949394/68‑1 (MQ=255) ttGGCGGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAACGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:34748965/68‑1 (MQ=255) ggCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGtt > 1:27448696/1‑68 (MQ=255) ggCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGGTGTAGGacacccggcattaacatcatgaa > 1:4602689‑M2/1‑45 (MQ=255) tgaaCGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAAt > 1:4416799/4‑68 (MQ=255) tGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAAt > 1:22541123/1‑68 (MQ=255) tGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAAt > 1:35804739/1‑68 (MQ=255) 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gCCGGGTGTcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatc < 1:20336257‑M1/67‑59 (MQ=255) gCCGGGTGTcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatc < 1:35477134‑M1/67‑59 (MQ=255) gCCGGGTGTcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatc < 1:27843996‑M1/67‑59 (MQ=255) gCCGGGTGTcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatc < 1:14717215‑M1/67‑59 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGCCTACTGc > 1:6127051/1‑68 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGc > 1:8691006/1‑68 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGc > 1:35896590/1‑68 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGc > 1:2510987/1‑68 (MQ=255) ccGGGTGTTGTCGGCCACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGc < 1:351663/67‑1 (MQ=255) ccGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCg > 1:12579526/1‑68 (MQ=255) ccGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCg > 1:3253577/1‑68 (MQ=255) cGGGTGTGGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGt < 1:36545239/68‑1 (MQ=255) gggTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGtt < 1:28274222/68‑1 (MQ=255) ggTGTcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatcttta > 1:29553229‑M1/1‑5 (MQ=255) ggTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGttt > 1:5546506/1‑68 (MQ=255) gtgtcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatctttatc > 1:30473214‑M1/1‑4 (MQ=255) gtgtcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatctttat < 1:35114883‑M1/67‑64 (MQ=255) tgttgtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTAc > 1:14266308/1‑68 (MQ=255) gttgtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACg > 1:16677468/1‑68 (MQ=255) gttgtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACg < 1:82085/68‑1 (MQ=255) gtcctacaacacccgtcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccattttgcacaatctgtatcat > 1:10732916‑M1/1‑2 (MQ=255) gtcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatctttatca < 1:415179‑M1/67‑66 (MQ=255) | AAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACG > CP009273/2548492‑2548625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |