| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2548559 | NA (NA) | 6 (0.020) | 4/92 | NT | NA | noncoding (9/24 nt) | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2548565 | NA (NA) | noncoding (15/24 nt) | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 541 total aligned reads displayed.
TCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGT > CP009273/2548498‑2548631 | aTGATACAGATTGTGCAAAATGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGACGGGTGTTGTAGGac > 1:10732916‑M2/1‑66 (MQ=255) tGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGac < 1:25517458‑M2/67‑3 (MQ=255) tGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGac < 1:24897707‑M2/67‑3 (MQ=255) gATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacac > 1:30473214‑M2/1‑64 (MQ=255) gATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGaca < 1:6954937‑M2/67‑4 (MQ=255) aTAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacac < 1:35114883‑M2/67‑5 (MQ=255) aTAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTAAGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGACGGGTGTTGTAGGacac < 1:22138860‑M2/67‑5 (MQ=255) aaaGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccg > 1:9608638‑M2/1‑61 (MQ=255) aGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:31956412‑M2/68‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:8827375‑M2/67‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:14717215‑M2/67‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:12908846‑M2/67‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:1771769‑M2/67‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:17235376‑M2/67‑10 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:13847790‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:23464446‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:14346126‑M2/67‑11 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAc < 1:25931691/67‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAc < 1:21800293/67‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAc < 1:28528482/67‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGGGTTGTAGGACACCCGGCAcc < 1:26503097/68‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCGGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAc < 1:36154459/67‑1 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacccccggcccc < 1:5482761‑M2/67‑13 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAcc > 1:27136965/1‑67 (MQ=255) tGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTc < 1:27617339/67‑1 (MQ=255) tGCAAATTGGCTGTACCGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTc < 1:22432635/67‑1 (MQ=255) gCAATTTGGCTGTACGGGACTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCg < 1:1504418/68‑1 (MQ=255) gCAAATTGCCTTTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATCCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCg < 1:7302559/68‑1 (MQ=255) tttgCTGGACGGGGCTTTTTCATTATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:23068260/65‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCTTGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:30841693/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:23782470/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:754860/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg > 1:32511648/1‑68 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:20860987/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGGCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:29930546/68‑1 (MQ=255) ttGGCGGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAACGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:34748965/68‑1 (MQ=255) ggCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggcattaacatcatgaa > 1:17072457‑M2/1‑45 (MQ=255) gCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTa > 1:15743448/1‑68 (MQ=255) tGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTTTAGGACACCCGGCAACTCCGACAGGTTAAt > 1:33334929/1‑68 (MQ=255) tGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAAt > 1:35804739/1‑68 (MQ=255) tGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAAt > 1:4925371/1‑68 (MQ=255) aCGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATggg > 1:34109478/1‑68 (MQ=255) tgggTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATgggg < 1:1186591/67‑1 (MQ=255) cGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATgggg < 1:4583352/68‑1 (MQ=255) cGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATggg > 1:35168040/1‑67 (MQ=255) cGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGCGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATggg > 1:10006933/1‑67 (MQ=255) tCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg > 1:16552709/1‑68 (MQ=255) tCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg > 1:8443427/1‑68 (MQ=255) tCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg > 1:2824753/1‑68 (MQ=255) cTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCTGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg < 1:16214642/67‑1 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg > 1:26649597/1‑68 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg < 1:676430/68‑1 (MQ=255) ttCATGAGGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg < 1:23954384/68‑1 (MQ=255) tCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGa < 1:20401802/68‑1 (MQ=255) cATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGTCAGGTTAATGGGGCTTGAGACGAt < 1:9194203/68‑1 (MQ=255) cATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGAt < 1:22631779/68‑1 (MQ=255) tgatgTTAATGCGGGGTGTTGTAGCACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAACGGGGCTTGAGACGATaa < 1:5057905/68‑1 (MQ=255) tgatgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATaa < 1:1548312/68‑1 (MQ=255) ttgTTATTGCCGGGGGTTGTATGACACCCGGCACCTCCGACTGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg < 1:25120288/67‑1 (MQ=255) tgTTATTGCGGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg < 1:354302/67‑1 (MQ=255) tgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGCCCCCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg > 1:18645294/1‑67 (MQ=255) tgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg > 1:19954752/1‑67 (MQ=255) tgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg < 1:26936160/67‑1 (MQ=255) tattGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGact < 1:11295358/64‑1 (MQ=255) aaTGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGact > 1:28889439/1‑66 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGTAGGACCCCCGGCACCTCCGACAGGTTATTGGGGCTTGAGACGATAACGactact > 1:901908/1‑67 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGactact > 1:21404362/1‑67 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGactact > 1:16698365/1‑67 (MQ=255) 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ccGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCg > 1:24397458/1‑68 (MQ=255) ccGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCg > 1:31037214/1‑68 (MQ=255) cGGGTGTTGTAGGACACCGGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCg < 1:35973893/67‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGTAGGACACCCGGCTCCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGAGTACTGCg < 1:19573629/67‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGt < 1:36545239/68‑1 (MQ=255) tgttgtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTAc > 1:14225446/1‑68 (MQ=255) tttgtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTAc < 1:29359255/66‑1 (MQ=255) gttgtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACg < 1:6288102/68‑1 (MQ=255) aGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACg < 1:4391874/68‑1 (MQ=255) aGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACg > 1:17484557/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |