| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3147712 | 283 (0.640) | 19 (0.050) | 10/94 | NT | 6.3% | coding (866/957 nt) | yqhC | transcriptional activator of yqhD |
| ? | CP009273 | = 3147725 | 331 (0.890) | coding (853/957 nt) | yqhC | transcriptional activator of yqhD | |||||
Only 100 of 493 total aligned reads displayed.
CTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCG > CP009273/3147646‑3147778 | cTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCt > 1:2200516/1‑68 (MQ=255)cTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCt < 1:11485903/68‑1 (MQ=255) ttGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCtt < 1:15599123/68‑1 (MQ=255) ttGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCtt < 1:33174270/68‑1 (MQ=255) tGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCttt < 1:19360235/68‑1 (MQ=255) tGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCttt < 1:21873873/68‑1 (MQ=255) tGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCttt < 1:17325639/68‑1 (MQ=255) tGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCttt < 1:31762232/68‑1 (MQ=255) tGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCttt < 1:14643778/68‑1 (MQ=255) tGCCGCATCTTCCCCCGCCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCttt < 1:36580701/68‑1 (MQ=255) gCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTc > 1:10261496/1‑68 (MQ=255) cGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCAt > 1:19859539/1‑68 (MQ=255) ttCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAg < 1:5891260/66‑1 (MQ=255) aTCTTCCCCCTGAGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGc < 1:7396901/68‑1 (MQ=255) aTCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAg > 1:15405950/1‑67 (MQ=255) tCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGcc > 1:20141329/1‑68 (MQ=255) ttCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGa < 1:4508670/68‑1 (MQ=255) ccccGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgc > 1:20726651‑M2/1‑66 (MQ=255) cccGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcg > 1:12966330‑M2/1‑65 (MQ=255) ccGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgc < 1:13926254‑M2/68‑5 (MQ=255) ccGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgc > 1:30060949‑M2/1‑64 (MQ=255) cGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgca > 1:28294808‑M2/1‑63 (MQ=255) cGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgca > 1:2697945‑M2/1‑63 (MQ=255) cGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgca > 1:25979064‑M2/1‑63 (MQ=255) gCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgcatc < 1:12461101‑M2/68‑8 (MQ=255) cGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgcatc > 1:14273297‑M2/1‑60 (MQ=255) cacaCCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCgct < 1:10881651/67‑1 (MQ=255) cacaCCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCgct < 1:37018658/67‑1 (MQ=255) cacCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCgct > 1:25201079/1‑65 (MQ=255) ccGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCtgctgc < 1:29765206/68‑1 (MQ=255) ccGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCtgctgc < 1:20500861/68‑1 (MQ=255) ccaagtAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgcatcgcaatttag > 1:32967167‑M2/3‑52 (MQ=255) cGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaattta > 1:1380353‑M1/1‑39 (MQ=255) aaGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagcc > 1:26718313‑M1/1‑37 (MQ=255) aGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTg > 1:12807067/1‑68 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtga > 1:30364709‑M1/1‑33 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTgg < 1:10050741/66‑1 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTgg < 1:17923060/66‑1 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTgg < 1:22295248/66‑1 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTgg < 1:24612746/66‑1 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTgg < 1:5584124/66‑1 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGcc < 1:29437199/68‑1 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGcc < 1:32775097/68‑1 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGcc < 1:12042658/68‑1 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGcc < 1:8573447/68‑1 (MQ=255) aaCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGcc < 1:974227/68‑1 (MQ=255) aCGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCt < 1:406641/68‑1 (MQ=255) cGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCt > 1:12226768/1‑67 (MQ=255) cGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCt > 1:7737890/1‑67 (MQ=255) cGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCt > 1:30685131/1‑67 (MQ=255) gTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTc > 1:30929440/1‑68 (MQ=255) ttAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCa < 1:7134454/67‑1 (MQ=255) ttAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGACTTCAt > 1:33390987/1‑68 (MQ=255) aCTCACGGCTAAATTGCGATGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacg > 1:18704979‑M1/1‑24 (MQ=255) aCTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacg > 1:21352177‑M2/1‑37 (MQ=255) aCTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCg > 1:35323772/1‑68 (MQ=255) aCTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCg < 1:33838061/68‑1 (MQ=255) aCTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCg > 1:16969228/1‑68 (MQ=255) cTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCg > 1:23862063/1‑67 (MQ=255) cTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGt < 1:33344595/68‑1 (MQ=255) cTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGt < 1:31249737/68‑1 (MQ=255) cTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGt < 1:25342634/68‑1 (MQ=255) cACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgtac > 1:24114369‑M2/1‑34 (MQ=255) cACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCa < 1:35914309/68‑1 (MQ=255) aCGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCAt < 1:14363641/68‑1 (MQ=255) cGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttact > 1:29062509‑M2/1‑32 (MQ=255) ggCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATgg < 1:1644785/68‑1 (MQ=255) cTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGga < 1:18881921/67‑1 (MQ=255) cTAAATTGCGACGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGga < 1:21147150/67‑1 (MQ=255) aaTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGgatgat < 1:5173612/68‑1 (MQ=255) aaTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGgatgat < 1:15247691/68‑1 (MQ=255) aaTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGgatgat < 1:4683099/68‑1 (MQ=255) aaTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGgatgat < 1:22727353/68‑1 (MQ=255) aaTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGgatgat < 1:9118530/68‑1 (MQ=255) aaTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGgatgat < 1:30478688/68‑1 (MQ=255) aaTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGgatgat < 1:15958017/68‑1 (MQ=255) aaTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGgatgat < 1:2175479/68‑1 (MQ=255) aaTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGgatgat < 1:15775013/68‑1 (MQ=255) aTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGatc > 1:35663530/1‑68 (MQ=255) tGCGATGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtg > 1:8763248‑M1/1‑10 (MQ=255) tGCGATGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtg > 1:19107553‑M1/1‑10 (MQ=255) tGCGATGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtg > 1:14095243‑M1/1‑10 (MQ=255) tGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGatca > 1:34648902/1‑67 (MQ=255) tGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGatca > 1:2247814/1‑67 (MQ=255) tGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGCCCTTCATGCCGTCATGGATGatca > 1:23442137/1‑67 (MQ=255) gATGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacg > 1:28159144‑M1/1‑7 (MQ=255) gATGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacg > 1:32617518‑M1/1‑7 (MQ=255) gATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGatcatcat < 1:34990469/68‑1 (MQ=255) gATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGatcatca > 1:32053468/1‑67 (MQ=255) tGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccg > 1:10521803‑M1/1‑5 (MQ=255) tGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccg > 1:13425116‑M1/1‑5 (MQ=255) tGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccg > 1:27396033‑M1/1‑5 (MQ=255) tGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgcc < 1:23346886‑M1/67‑63 (MQ=255) gcgcgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccgg < 1:4595574‑M1/68‑65 (MQ=255) gcgcgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccgg < 1:27963174‑M1/68‑65 (MQ=255) gcgcgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccgg < 1:427435‑M1/68‑65 (MQ=255) gcgcgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccgg < 1:27494043‑M1/68‑65 (MQ=255) cgcTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCcgc > 1:31048952/1‑68 (MQ=255) gcgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccgggg > 1:481952‑M1/1‑2 (MQ=255) gcTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCcgcg < 1:6405714/68‑1 (MQ=255) | CTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCG > CP009273/3147646‑3147778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |