| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3454877 | 409 (0.920) | 20 (0.050) | 11/94 | NT | 5.4% | coding (51/510 nt) | gspH | putative general secretory pathway component, cryptic |
| ? | CP009273 | = 3454930 | 353 (0.950) | coding (104/510 nt) | gspH | putative general secretory pathway component, cryptic | |||||
Only 100 of 645 total aligned reads displayed.
AAAAGTAAGTCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTCGCCAGCACTCGTG > CP009273/3454812‑3454944 | aagtaagtCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTgg > 1:27472438/1‑68 (MQ=255) aagtaagtCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTgg > 1:23239213/1‑68 (MQ=255) aagtCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCg < 1:30080571/67‑1 (MQ=255) aagtCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCg < 1:21114165/67‑1 (MQ=255) agtCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCt < 1:9509365/68‑1 (MQ=255) agtCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCt > 1:24777624/1‑68 (MQ=255) agtCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCt > 1:12261740/1‑68 (MQ=255) agtCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCt < 1:22269287/68‑1 (MQ=255) cAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTAt < 1:26592855/67‑1 (MQ=255) gATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACg < 1:36733649/67‑1 (MQ=255) gATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACg < 1:23863223/67‑1 (MQ=255) gATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACg < 1:16452835/67‑1 (MQ=255) tGAATCAGCAACGCGGGATTACCCGGCTGGAGAAGATGCTGGTGATGGCGCAGGTCGCTATCACGGCa < 1:26855338/68‑1 (MQ=255) aTCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGc < 1:17554198/68‑1 (MQ=255) aTCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGc > 1:14924684/1‑68 (MQ=255) aTCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGc < 1:5704929/68‑1 (MQ=255) tCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCg > 1:21671040/1‑68 (MQ=255) cAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCgt < 1:28502553/68‑1 (MQ=255) aGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCgtg > 1:7127093/1‑68 (MQ=255) aGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCgtg > 1:19034716/1‑68 (MQ=255) aaCGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCgtggt < 1:34104663/67‑1 (MQ=255) aCGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGc < 1:436064/68‑1 (MQ=255) aCGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGc < 1:37097271/68‑1 (MQ=255) cgcgGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGct < 1:30435303/68‑1 (MQ=255) gcgGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGc > 1:32584971/1‑66 (MQ=255) gtgTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:7652063/65‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:24396991/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:1183505/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:25835674/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:35358417/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:10254108/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:5239076/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:5884755/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:8292370/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:17234773/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:15557461/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:15442276/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGctct < 1:17867078/67‑1 (MQ=255) gggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTAGTGctct < 1:29672535/67‑1 (MQ=255) ggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCtta > 1:19296117/1‑67 (MQ=255) ggTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTc > 1:31757099/1‑68 (MQ=255) tttACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTca < 1:28113504/67‑1 (MQ=255) ttACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTcaca < 1:2005676/68‑1 (MQ=255) ttACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTcaca < 1:16016105/68‑1 (MQ=255) ttACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTcac < 1:13329962/67‑1 (MQ=255) cccTGCTGGAGCTGATCCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCGCTTCACatat < 1:10972553/68‑1 (MQ=255) ccTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccg > 1:6793479‑M1/1‑28 (MQ=255) ccTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATg > 1:29289186/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATg > 1:27003008/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATg > 1:27177003/1‑68 (MQ=255) ccTGCAGGAGATGAACCTGGTGCTGCCGCTGGACGCAATCACGGCAAGCGTGCTGCTCTTCACATATg > 1:33415334/1‑68 (MQ=255) ctgctgGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATgg < 1:30785389/68‑1 (MQ=255) ctgctgGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATgg < 1:5001865/68‑1 (MQ=255) ctgctgGAGAGGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATgg < 1:20788709/68‑1 (MQ=255) tgctgGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATGACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGc < 1:25287292/68‑1 (MQ=255) tgctgGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGc < 1:35046637/68‑1 (MQ=255) ctgGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGc < 1:25452049/66‑1 (MQ=255) tgGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCgg > 1:34557415/1‑68 (MQ=255) ggAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCggg < 1:28806195/68‑1 (MQ=255) ggAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCggg < 1:24866313/68‑1 (MQ=255) ggAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCggg < 1:20522496/68‑1 (MQ=255) atgatgCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGggagga > 1:27812094/1‑68 (MQ=255) atgatgCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGggagga > 1:13025859/1‑68 (MQ=255) tgatgCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGggagga < 1:35759270/67‑1 (MQ=255) tgctggtgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTc > 1:32049250‑M2/1‑67 (MQ=255) tgctggtgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTc < 1:2348742‑M2/68‑2 (MQ=255) gctggtgctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagc > 1:10061926‑M1/1‑13 (MQ=255) gctggtgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcg > 1:9233603‑M2/1‑66 (MQ=255) gctggtgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcg > 1:31139990‑M2/1‑66 (MQ=255) gctggtgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcg > 1:3836926‑M2/1‑66 (MQ=255) ctggtgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcg < 1:26356946‑M2/67‑3 (MQ=255) tggtgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcgcc > 1:36155139‑M2/1‑64 (MQ=255) ggtgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcgcca > 1:36523484‑M2/1‑63 (MQ=255) gtgctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgcca > 1:26089695‑M1/1‑9 (MQ=255) tgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcgccagc < 1:9109845‑M2/68‑8 (MQ=255) tgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcgccagc < 1:16159314‑M2/68‑8 (MQ=255) tgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcgccagc < 1:32820896‑M2/68‑8 (MQ=255) tgctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcgccagc < 1:26400067‑M2/68‑8 (MQ=255) gctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagca < 1:12856541‑M1/68‑62 (MQ=255) gctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagca < 1:15155139‑M1/68‑62 (MQ=255) gctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagc > 1:6231688‑M1/1‑7 (MQ=255) gctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagc > 1:8908063‑M1/1‑7 (MQ=255) gctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagc > 1:7409874‑M1/1‑7 (MQ=255) gctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagc > 1:11610992‑M1/1‑7 (MQ=255) gctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagc > 1:33988594‑M1/1‑7 (MQ=255) gctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagc < 1:13579052‑M1/67‑61 (MQ=255) gctggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagc < 1:9358340‑M1/67‑61 (MQ=255) gctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTGTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcgccagc < 1:34731114‑M2/67‑8 (MQ=255) gctggCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTcgccagc < 1:18190783‑M2/67‑8 (MQ=255) ggCGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagcacca > 1:11346782‑M1/1‑4 (MQ=255) cgcTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACat > 1:8015463/1‑39 (MQ=255) cgcTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTCGCCAGCACTCGt > 1:14234732/1‑68 (MQ=255) cGacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagcaccag < 1:6479863‑M1/67‑66 (MQ=255) gcTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTCGCCAGCACTCGt > 1:19656030/1‑67 (MQ=255) gcTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTCGCCAGCACTCGt > 1:4033733/1‑67 (MQ=255) gcTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTCGCCAGCACTCGt > 1:14704356/1‑67 (MQ=255) gcTGGTCCCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTCGCCCGCACTCGt > 1:1392350/1‑67 (MQ=255) gacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagcaccagca > 1:12108490‑M1/1‑1 (MQ=255) gacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagcaccagca > 1:10603920‑M1/1‑1 (MQ=255) gacatcctcccggccatatgtgaagagcaccacgcttgccgtgatagcgaccagcgccagcaccagca > 1:16702389‑M1/1‑1 (MQ=255) | AAAAGTAAGTCAGCGATGAATCAGCAACGCGGGTTTACCCTGCTGGAGATGATGCTGGTGCTGGCGCTGGTCGCTATCACGGCAAGCGTGGTGCTCTTCACATATGGCCGGGAGGATGTCGCCAGCACTCGTG > CP009273/3454812‑3454944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |