| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1228897 = | 407 (0.910) | 241 (0.590) | 55/102 | NT | 40.8% | coding (1277/1542 nt) | nhaB | sodium:proton antiporter |
| ? | CP009273 | = 1298865 | 329 (0.810) | coding (775/909 nt) | oppC | oligopeptide transporter subunit | |||||
Only 100 of 714 total aligned reads displayed.
TGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGG > CP009273/1298798‑1298931 | tGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGa < 1:33438322/68‑1 (MQ=255)tGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGa < 1:26977804/68‑1 (MQ=255)tGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGa < 1:12418325/68‑1 (MQ=255)tGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGa < 1:4005852/68‑1 (MQ=255) aTCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgt > 1:34377814‑M2/1‑65 (MQ=255) aTCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgt > 1:17323476‑M2/1‑65 (MQ=255) aTCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgt > 1:15136218‑M2/1‑65 (MQ=255) aTCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgt > 1:12588713‑M2/1‑65 (MQ=255) aTCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgt > 1:8156167‑M2/1‑65 (MQ=255) tCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtga < 1:28644532‑M2/68‑5 (MQ=255) tCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtga < 1:11647648‑M2/68‑5 (MQ=255) tCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGgc < 1:31817216/68‑1 (MQ=255) cTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgc > 1:35007285‑M2/1‑58 (MQ=255) cTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcg < 1:3749247‑M2/67‑10 (MQ=255) aGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccac > 1:7079812‑M2/1‑55 (MQ=255) gCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccact < 1:27795957‑M2/68‑15 (MQ=255) gCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccact < 1:2661956‑M2/68‑15 (MQ=255) gCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccact < 1:1781566‑M2/68‑15 (MQ=255) gCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGa > 1:14692011/1‑66 (MQ=255) gCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGa > 1:23694511/1‑66 (MQ=255) ttCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccacttt > 1:14485595‑M2/1‑52 (MQ=255) ttCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccacttt > 1:18821146‑M2/1‑52 (MQ=255) ttCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccacttt > 1:2721155‑M2/1‑52 (MQ=255) ttCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACt < 1:1857077/67‑1 (MQ=255) ccTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttcc > 1:21276879‑M2/1‑50 (MQ=255) gggTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccatt < 1:14056078‑M2/67‑22 (MQ=255) gggTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGa > 1:10391676/1‑68 (MQ=255) ggTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGTATTGCTGAgtgatagcgccactttccatgg < 1:34739549‑M2/67‑23 (MQ=255) ggTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGaa > 1:33826919/1‑68 (MQ=255) gTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgcc < 1:22869165‑M2/68‑25 (MQ=255) gTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgcc < 1:20367250‑M2/68‑25 (MQ=255) gTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAg > 1:1002393/1‑68 (MQ=255) gTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAg > 1:32453712/1‑68 (MQ=255) gTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAg > 1:22606867/1‑68 (MQ=255) gTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAg > 1:29815606/1‑68 (MQ=255) ttGGGTACGCAAGAGCCGTTAATCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAg < 1:20020926/67‑1 (MQ=255) ttGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAg < 1:32192564/67‑1 (MQ=255) tGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGtc < 1:32997784/68‑1 (MQ=255) tggtACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgcagct > 1:7629883‑M2/2‑41 (MQ=255) ggTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGtc > 1:24970051/1‑66 (MQ=255) gTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctt > 1:17527081‑M2/1‑39 (MQ=255) tACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGtctct < 1:19260816/67‑1 (MQ=255) tACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGtctct < 1:181825/67‑1 (MQ=255) aCGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGtctctc < 1:36754479/67‑1 (MQ=255) cAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgct < 1:35757074‑M2/67‑34 (MQ=255) cAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgct < 1:31289716‑M2/67‑34 (MQ=255) cAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgct < 1:25741669‑M2/67‑34 (MQ=255) aaGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttc > 1:7404185‑M2/1‑33 (MQ=255) aaGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCTATGGAAGTCTCTCCATgg < 1:16801876/68‑1 (MQ=255) aaGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATgg < 1:6650864/68‑1 (MQ=255) aaGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATgg > 1:13680998/1‑68 (MQ=255) aaGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATg < 1:11994368/67‑1 (MQ=255) gCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttg < 1:12831296‑M2/68‑40 (MQ=255) gCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttg < 1:30500733‑M2/68‑40 (MQ=255) gCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgtt > 1:24324840‑M2/1‑29 (MQ=255) gCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGtt < 1:16534475/66‑1 (MQ=255) gCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAt > 1:10895280/1‑68 (MQ=255) gCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAt > 1:21823826/1‑68 (MQ=255) gCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAACTCTCTCCTTGGTTag > 1:11417909/1‑67 (MQ=255) gCCGTTAAGAAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGTTTAt > 1:16108691/1‑68 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttga > 1:26221446‑M2/1‑27 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttga > 1:939454‑M2/1‑27 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttga > 1:15844548‑M2/1‑27 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttga > 1:19783030‑M2/1‑27 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttga > 1:20734863‑M2/1‑27 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttg > 1:35304721‑M2/1‑27 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGATGTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAtt < 1:8528582/67‑1 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAtt < 1:8766753/67‑1 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAtt < 1:29550433/67‑1 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAtt < 1:24617968/67‑1 (MQ=255) cGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGAGGGAAGTCTCTCCATGGTTAtt < 1:29184077/67‑1 (MQ=255) gTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAttgt < 1:30923974/68‑1 (MQ=255) gTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAttgt < 1:13077585/68‑1 (MQ=255) gTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAttgt < 1:30110890/68‑1 (MQ=255) aaGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataa > 1:4628555‑M2/1‑23 (MQ=255) gcagcTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaa < 1:9809336‑M2/67‑47 (MQ=255) cagcTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTc > 1:5817276/1‑67 (MQ=255) agcTGGGGTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcg < 1:22159286‑M2/68‑50 (MQ=255) agcTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTccc > 1:5424716/1‑68 (MQ=255) agcTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTccc > 1:28222381/1‑68 (MQ=255) agcTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTccc > 1:6477322/1‑68 (MQ=255) agcTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTc < 1:13369574/66‑1 (MQ=255) tGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCa < 1:33268476/66‑1 (MQ=255) ggTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcgtcccc < 1:4271708‑M2/67‑55 (MQ=255) ggTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcgtcccc < 1:11153240‑M2/67‑55 (MQ=255) ggTGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcgtcccc < 1:15477047‑M2/67‑55 (MQ=255) ggTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCggg > 1:28036732/1‑68 (MQ=255) tGCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcgtccccacg < 1:25236324‑M2/68‑58 (MQ=255) tGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGAt > 1:6279785/1‑68 (MQ=255) gCATTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcgtccccacg > 1:20972047‑M2/1‑10 (MQ=255) actGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGGCTCTCCATGCTTATTGTTGGTCCCAGCGGGATTcc < 1:3284519/66‑1 (MQ=255) aTTGCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcgtccccacgaag < 1:36424615‑M2/68‑61 (MQ=255) gCTGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcgtccccacgaagacg < 1:106274‑M2/68‑64 (MQ=255) gCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCg > 1:2387915/1‑68 (MQ=255) gCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCg > 1:3450204/1‑68 (MQ=255) gCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTCTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCg > 1:23108502/1‑68 (MQ=255) tGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcgtccccacgaagacgtt < 1:4944154‑M2/68‑66 (MQ=255) tGAgtgatagcgccactttccattgccgctttcgcttcgttgatataaatcgtccccacgaagacgtt < 1:915094‑M2/68‑66 (MQ=255) tGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCgtg > 1:22418523/1‑68 (MQ=255) gAGTGATGGCGCGAACACGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTACCAGCGGGATTCCTCgtgg > 1:23316931/1‑68 (MQ=255) | TGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGG > CP009273/1298798‑1298931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |