| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1161277 = | 35 (0.710) | 15 (0.380) | 13/206 | 2.5 | 36.5% | intergenic (+25/‑191) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
| ? | NC_002947 | 1161350 = | 24 (0.610) | intergenic (+98/‑118) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase | |||||
TATGGGCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACC > NC_002947/1161130‑1161421 | tATGGGCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGcttct > 2:771257/1‑150 (MQ=255) cTGGGGTTGGGCATTGCGCGTAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 1:184029/150‑1 (MQ=255) cTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCTGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 2:544642/150‑1 (MQ=255) cTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 1:1132579/150‑1 (MQ=255) acatacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCgg > 2:1055699‑M1/142‑150 (MQ=255) catacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCggg < 1:741547‑M1/10‑1 (MQ=255) tacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttggggtgcctgtgcgggctTCTTCGCGGGt > 2:1110956‑M1/140‑150 (MQ=255) atacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGt < 2:207193‑M1/11‑1 (MQ=255) acaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGa < 1:60137‑M1/13‑1 (MQ=255) ggggttggggggggttatgggccagggtgatgcttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGaa > 2:1247116‑M1/137‑150 (MQ=255) gTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGaa > 2:201655/1‑150 (MQ=255) ggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAAcc > 2:60137‑M1/135‑150 (MQ=255) cATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATTGATTGAG‑TTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTc < 2:960622/150‑1 (MQ=255) tcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCgg < 1:1149577‑M1/9‑1 (MQ=255) tcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCgg > 2:1149577‑M1/123‑131 (MQ=255) aaCATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAc < 1:541296/145‑1 (MQ=255) aaCATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAc > 2:541296/1‑145 (MQ=255) ccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAg < 1:462464‑M1/35‑1 (MQ=255) ccATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCa > 2:218693/1‑150 (MQ=255) cttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcagatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCt > 2:457968‑M1/105‑127 (MQ=255) cttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcagatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCt < 1:457968‑M1/23‑1 (MQ=255) cagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTa > 1:936932‑M1/100‑150 (MQ=255) gtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGc > 2:826104‑M1/95‑150 (MQ=255) ttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCgg > 2:462464‑M1/93‑150 (MQ=255) ttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtaccgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCgg > 1:1038838‑M1/93‑150 (MQ=255) tGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCgg < 1:319928/150‑1 (MQ=255) cTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 1:663023/93‑1 (MQ=255) cTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg > 2:663023/1‑93 (MQ=255) ccTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGa < 2:368970/113‑1 (MQ=255) ccTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGa > 1:368970/1‑113 (MQ=255) ccTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGaa < 2:226969/150‑1 (MQ=255) cTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAag > 2:1077147/1‑150 (MQ=255) ggggggGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 2:605211/150‑1 (MQ=255) ggAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGcc < 1:201655/150‑1 (MQ=255) ggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGcgtc < 2:783342‑M1/48‑1 (MQ=255) ggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGcgtc > 1:783342‑M1/73‑120 (MQ=255) aGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGCTTGGGTCGTAGGAGCGGGGTCACGCGCGAAGAGGCCCg > 1:639637/1‑150 (MQ=255) ggcgggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGca < 1:218693/150‑1 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAc > 2:833592/1‑94 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAc < 1:833592/94‑1 (MQ=255) acgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAg > 1:681291‑M1/57‑108 (MQ=255) acgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAg < 2:681291‑M1/52‑1 (MQ=255) ccTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAg < 2:125805/104‑1 (MQ=255) ccTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAg > 1:125805/1‑104 (MQ=255) gCCGCGGGGTATGGTTTGAGTTTTTGGCTTGCCGGTGCTGGCTTCTTCGCGGGTTAACCCGCGCCTACAACGACCGAGCCAGGTTTGCGTCGGAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCgg < 2:639637/150‑1 (MQ=38) gATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTa < 2:990635/81‑1 (MQ=255) gATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTa > 1:990635/1‑81 (MQ=255) gtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCgg > 1:398862‑M1/28‑85 (MQ=255) gtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCgg < 2:398862‑M1/58‑1 (MQ=255) tgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCTCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGcgtcgt > 1:618826‑M1/27‑76 (MQ=255) tgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGcgtcgt < 2:618826‑M1/50‑1 (MQ=255) gAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCggg < 1:1023010/85‑1 (MQ=255) gAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCggg > 2:1023010/1‑85 (MQ=255) acattttgggtgcctgtgcgggctTCTTCGCGGGTGCACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGcaca < 1:409010‑M1/83‑1 (MQ=255) acattttgggtgcctgtgcgggctTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGcaca > 2:409010‑M1/25‑107 (MQ=255) ttttGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCg < 1:1077147/150‑1 (MQ=255) cTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGcc > 2:1213686/1‑150 (MQ=255) gggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACCGACCGAGTCAGGATTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGACACAGCCCGGCGACAATCCCGTCCTCCTTCGCGACATCCGCCATGAcc > 2:741547/1‑150 (MQ=38) gggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGAcc > 1:1257191/1‑150 (MQ=255) ggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTc > 1:896292/1‑131 (MQ=255) ggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTc < 2:896292/131‑1 (MQ=255) | TATGGGCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACC > NC_002947/1161130‑1161421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |