| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1161277 = | 35 (0.710) | 15 (0.380) | 13/206 | 2.5 | 36.5% | intergenic (+25/‑191) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
| ? | NC_002947 | 1161350 = | 24 (0.610) | intergenic (+98/‑118) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase | |||||
GGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGT > NC_002947/1161203‑1161490 | ggggggGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 2:605211/150‑1 (MQ=255) ggAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGcc < 1:201655/150‑1 (MQ=255) aGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGCTTGGGTCGTAGGAGCGGGGTCACGCGCGAAGAGGCCCg > 1:639637/1‑150 (MQ=255) ggcgggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGca < 1:218693/150‑1 (MQ=255) gCCGCGGGGTATGGTTTGAGTTTTTGGCTTGCCGGTGCTGGCTTCTTCGCGGGTTAACCCGCGCCTACAACGACCGAGCCAGGTTTGCGTCGGAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCgg < 2:639637/150‑1 (MQ=38) acattttgggtgcctgtgcgggctTCTTCGCGGGTGCACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGcaca < 1:409010‑M1/83‑1 (MQ=255) acattttgggtgcctgtgcgggctTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGcaca > 2:409010‑M1/25‑107 (MQ=255) ttttGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCg < 1:1077147/150‑1 (MQ=255) cTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGcc > 2:1213686/1‑150 (MQ=255) tgtgcgggcctcttcgcgggtgaacccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaAGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGt > 2:409010‑M2/84‑107 (MQ=255) tgtgcgggcctcttcgcgggtgaacccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggtgcacccgcgaagaAGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGt < 1:409010‑M2/24‑1 (MQ=255) gggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACCGACCGAGTCAGGATTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGACACAGCCCGGCGACAATCCCGTCCTCCTTCGCGACATCCGCCATGAcc > 2:741547/1‑150 (MQ=38) gggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGAcc > 1:1257191/1‑150 (MQ=255) ggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTc < 2:896292/131‑1 (MQ=255) ggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTc > 1:896292/1‑131 (MQ=255) ACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAgg < 2:944752‑M1/72‑1 (MQ=255) ACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAgg > 1:944752‑M1/1‑72 (MQ=255) ccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCAc > 1:398862‑M2/59‑85 (MQ=255) ccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCAc < 2:398862‑M2/27‑1 (MQ=255) ccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa > 2:462464‑M2/59‑150 (MQ=255) ccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGGTACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa > 1:1038838‑M2/59‑150 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGCTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa < 1:572156‑M1/150‑1 (MQ=255) gctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAAc > 2:826104‑M2/57‑150 (MQ=255) GCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt > 2:487739‑M1/1‑112 (MQ=255) GCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt < 1:487739‑M1/112‑1 (MQ=255) ctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt > 1:681291‑M2/53‑108 (MQ=255) ctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt < 2:681291‑M2/56‑1 (MQ=255) CTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc < 2:298577‑M1/99‑1 (MQ=255) CTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc > 1:298577‑M1/1‑99 (MQ=255) tacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTg > 1:936932‑M2/52‑150 (MQ=255) TACAACGACCGAGTCAGGCTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTg > 2:572156‑M1/1‑150 (MQ=255) acgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCa < 2:618826‑M2/26‑1 (MQ=255) acgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgagaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCa > 1:618826‑M2/51‑76 (MQ=255) gacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGAcc < 2:783342‑M2/72‑1 (MQ=255) gacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGAcc > 1:783342‑M2/49‑120 (MQ=255) aCCGAGCCAGGTTGGCGTCGAAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAAGCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGa < 2:478485/150‑1 (MQ=255) gAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTc > 2:1002124/1‑129 (MQ=255) gAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTc < 1:1002124/129‑1 (MQ=255) tCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGc < 2:266255/118‑1 (MQ=255) tCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGc < 2:266279/118‑1 (MQ=255) tCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGc > 1:266279/1‑118 (MQ=255) tCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGc > 1:266255/1‑118 (MQ=255) ctcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTgg < 1:462464‑M2/115‑1 (MQ=255) gTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCaaaa > 2:946321/1‑55 (MQ=255) gTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCaaaa < 1:946321/55‑1 (MQ=255) tttGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTgg < 1:904713/112‑1 (MQ=255) tttGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTgg > 2:904713/1‑112 (MQ=255) gtcgtAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGa > 2:1137718/1‑150 (MQ=255) gtcgtAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGa > 1:721889/1‑150 (MQ=255) aggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCTGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAg > 2:457968‑M2/24‑127 (MQ=255) aggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCTGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAg < 1:457968‑M2/104‑1 (MQ=255) ggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAAcc > 2:60137‑M2/17‑150 (MQ=255) ttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGCATCACCCTGGCCCATAACCCCCCCCaacccc > 2:1247116‑M2/15‑148 (MQ=255) tcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGt < 1:60137‑M2/137‑1 (MQ=255) acccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAt < 2:207193‑M2/139‑1 (MQ=255) acccgcgaagaAGCCCGCACAGGCACCCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTa > 2:1110956‑M2/12‑150 (MQ=255) cccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtg < 1:741547‑M2/140‑1 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGa > 2:1149577‑M2/10‑131 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGa < 1:1149577‑M2/122‑1 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtgt > 2:1055699‑M2/10‑150 (MQ=255) | GGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGT > NC_002947/1161203‑1161490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |