| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 353381 | 15 (0.900) | 4 (0.250) | 4/278 | 1.6 | 21.3% | coding (952/1179 nt) | cbcV | choline/betaine/carnitine ABC transporter ATP binding protein |
| ? | NC_002947 | = 353398 | 15 (0.930) | coding (935/1179 nt) | cbcV | choline/betaine/carnitine ABC transporter ATP binding protein | |||||
GCACCAGCTTGTTGCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGT > NC_002947/353234‑353522 | gcaCCAGCTTGTTGCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTg > 2:253214/1‑150 (MQ=255) ttgttgCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTg > 1:87098/1‑150 (MQ=255) aTCTGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAgg < 1:333574/150‑1 (MQ=255) tCTGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGAAGGCGgcgcgctcaagcgtgcacgccaaggc < 2:254884‑M1/150‑27 (MQ=255) tGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGACCTTGGCGAAGGCGgcgcgctcaagcgtgcacgccaaggcca < 2:287387‑M1/150‑29 (MQ=255) ccGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCt < 2:87098/150‑1 (MQ=255) tCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGgcgcgctcaagcgtgcacgccaa < 2:98688‑M1/88‑24 (MQ=255) tCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGgcgcgctcaagcgtgcacgccaa > 1:98688‑M1/1‑65 (MQ=255) tCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTg > 1:309666/1‑150 (MQ=255) cacaTCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCt < 1:58438/137‑1 (MQ=255) cacaTCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCt < 1:333869/137‑1 (MQ=255) cacaTCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCt > 2:333869/1‑137 (MQ=255) cacaTCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCt > 2:58438/1‑137 (MQ=255) cTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTgc < 1:63635/150‑1 (MQ=255) tCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACg > 2:75480/1‑150 (MQ=255) cAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGtt > 2:44364/1‑150 (MQ=255) cAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGtt > 2:84976/1‑150 (MQ=255) ccGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGACTCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGc < 2:286489/150‑1 (MQ=255) tGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCcgccttcgccaaggtcagaacgggctggacatgcagaaatgggcaccggggcaagatgtggagctgctggagcgcaggccgaccgtggtgcacgccgacatcggcatgcgtgaggcactgca < 2:287387‑M2/150‑123 (MQ=255) gCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCcgccttcgccaaggccagaacgggctggacatgcagaaatgggcaccggggcaagatgtggagctgctggagcgcaggccgaccgtggtgcacgccgacatcggcatgcgtgaggcactgcaga < 2:254884‑M2/150‑125 (MQ=255) gCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGt < 1:75480/150‑1 (MQ=255) tt‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCcgccaaggccagaacgggctggacatgcagaaatgggcaccggggcaagatgtggagctgctgga > 1:98688‑M2/1‑23 (MQ=255) tt‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCcgccaaggccagaacgggctggacatgcagaaatgggcaccggggcaagatgtggagctgctgga < 2:98688‑M2/88‑66 (MQ=255) | GCACCAGCTTGTTGCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTT‑‑‑‑‑‑GGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGT > NC_002947/353234‑353522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |