| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 2753991 | 4 (0.120) | 25 (0.740) | 23/280 | 0.5 | 59.5% | intergenic (+45/+17) | bamE/ratB | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex/UPF0125 family protein |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 4503516 | 30 (0.890) | intergenic (‑84/‑543) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative MFS transporter, membrane protein | |||||
AACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAAATGCC > NC_000913_3_bme_pgi/2753843‑2754139 | atcttgaaagtatgggacaacttgtgaaagtaccgacaagaagggaaagggccttcccgagagtggtaaaggggaggccctcgaaatacccaacagccaagaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGc > 2:14279‑M1/139‑149 (MQ=255) ttgcaagtatgggacaacttgtgaaattaccgacaagaagggaaagggccttcccgagagtggtaaaggagaggccctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttacttaactgactggcattaGCTCAATGAGCAcc < 1:239365‑M1/14‑1 (MQ=255) ggacaacttgtgaaattaccgacaagaagggaaagggccttcccgagagtggtaaacaatgcgccctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcaattgcttaactgactggcagtaCCTCAATGAGCACATTTTTtctgtc < 1:469960‑M1/25‑1 (MQ=255) acctgtgaaattaccaacaagaagggaaaggcccttcgcgagaatagtaaaggagaggccctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGtta > 1:325201‑M1/120‑149 (MQ=255) cTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGc > 2:171743/1‑128 (MQ=255) cTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGc < 1:171743/128‑1 (MQ=255) ttaccgacaagaagggaaagggccttcccgagagtggtaaaggagaggccctggaaataccacacagccccgtaaaagagccagtccgttgcttaactgactgacattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTTTTTCTGTTATTTGTTCGCt < 1:234864‑M1/40‑1 (MQ=255) ccgacaagaagggaaagggccttcccgagagtggtaaaggagaggccctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGAt < 2:172154‑M1/43‑1 (MQ=255) gctgacCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgc > 2:93625‑M1/1‑112 (MQ=255) gctgacCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgc < 1:93625‑M1/118‑7 (MQ=255) agaagggaaagggccttcccgagagtggtaaaggagaggccctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCt > 2:22228‑M1/101‑149 (MQ=255) acCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggc > 1:234026‑M1/1‑108 (MQ=255) ccTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggct < 1:351026‑M1/149‑43 (MQ=255) ggaaagggccttcccgagagtggtaaaggagaggccctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCg < 2:72522‑M1/54‑1 (MQ=255) ggaaagggccttaccgagaatggtaaaggagaggccctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaACTCAATGAGCACCTTTTTTCTTTCTGCTATTTATTCGCTGCTTTTTCTGCTCg < 2:222560‑M1/54‑1 (MQ=255) cTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctg > 2:327770‑M1/1‑106 (MQ=255) cTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGGTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatcccgtggctg > 2:364641‑M1/1‑106 (MQ=255) cTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAATTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtactgccgatcagttaaagatcagttgaccgatccagtggctg > 2:48604‑M1/1‑106 (MQ=255) tttAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGGGTGGTAACTACTAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtattgccgataagttaaggatccggtgaccgatcaagtggctgg > 2:560397‑M1/1‑105 (MQ=255) cAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaag > 1:16119‑M1/1‑100 (MQ=255) ttcccgagagtggtaaaggagaggccctggaaataccccacagcaccgaaaaagagccagtgagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTACCTGCGa < 1:141727‑M1/64‑1 (MQ=255) gtgtgtTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgat > 2:417390‑M1/1‑92 (MQ=255) gtgtgtTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgat < 1:417390‑M1/102‑11 (MQ=255) tgtggtaaaggagaggccctggaaataccccaaagctccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCttt > 1:222559‑M1/78‑149 (MQ=255) tggtaaaggagaggccctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTCCCTGCGAAGCTCTTTCg < 2:393795‑M1/74‑1 (MQ=255) aCCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCACAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaacgctca > 2:216576‑M1/1‑84 (MQ=255) aaaggagaggccctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCATTGCCTGCGAAGCCCTTTCGGATc < 1:81041‑M1/78‑1 (MQ=255) atatTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaacgctcacttg > 2:365725‑M1/1‑80 (MQ=255) aTAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaacgctcacttgtttccg > 2:438836‑M1/1‑74 (MQ=255) ctggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAgg < 2:311425‑M1/90‑1 (MQ=255) tggaaatagcccaaagtcccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTGGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAggg > 1:265849‑M1/59‑149 (MQ=255) tggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTc > 2:270556‑M1/59‑95 (MQ=255) tggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTc < 1:270556‑M1/37‑1 (MQ=255) tggaaataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCCCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGAACGGCAAtgagagcg < 2:107078‑M1/91‑3 (MQ=255) aCCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatacagtggctgtgtaagaatacggcaaggctcacatttttccggagttat > 2:20432‑M1/1‑67 (MQ=255) ccTGCGATGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaaagctaacttgggtccgtagttttt < 2:520038‑M1/149‑84 (MQ=255) cTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaacgctcacttgtttccggattttttt < 1:365725‑M1/149‑85 (MQ=255) ataccccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATa < 2:288636‑M1/96‑1 (MQ=255) cgcTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaacgctcacttgtttccggatttttttatg < 2:234026‑M1/149‑88 (MQ=255) accccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATTAGAGGGCGATaaa < 1:332485‑M1/98‑1 (MQ=255) cccacagccccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAAtc > 1:172154‑M1/50‑149 (MQ=255) ccgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATCAATCTCCACCCGa < 1:338084‑M1/109‑1 (MQ=255) cgaaaaagagccagtcagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTATGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTGTTTCGGATCGCAAATCAGAGAGCCATACATCACCACCCGAt < 2:588643‑M1/110‑1 (MQ=255) aGTTGCTTTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgctgatcagttaaggatcagttggccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaacgctcacttgtttccggatttttttatgcacattggacaggctcttgatct < 1:559727‑M1/149‑111 (MQ=255) gTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaacgctcacttgtttccggatttttttatgcacattggacaggctcttgatctg < 2:560508‑M1/149‑112 (MQ=255) cagttgcttaactgactggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCacac > 1:311425‑M1/25‑149 (MQ=255) tctcAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcacttaaggatcagttaaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaacgctcacttgtttccggatttttttatgcacattggacaggctcttgatctggtatc > 1:18073‑M1/1‑33 (MQ=255) aaaGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCgaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtgtctgtgtaagaatccggaaacgctcacttgtttacggatttttttatgcacattggagaggctcacgatctggtactccgt > 1:506003‑M1/1‑29 (MQ=255) ttAAAAAAGGTGCTCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtggaagaatccggaaacgctcacttgtttccggatttttttatgcacattggacaggctcttgatctggtatcccgttacgatt > 1:414162‑M1/1‑22 (MQ=255) tggcattaGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGATCTTTCGGATCGGCACTGAGAGGGCGATAAATATCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGc < 1:366385‑M1/141‑1 (MQ=255) tCAATGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaacgctcacttgtttccggatttttttatgcacattggggagggtgtaggtctggtatcccgttacgattccctgcgtaaccc > 1:110896‑M1/1‑9 (MQ=255) aaTGAGCtaatgccgatcagttaaggatcagttgaccgatccagtggctgtgtaagaatccggaaaccctcacttgtttccggatttttttatgcacgttggacaggctcttgatctggtatccggttacgcttgtctgcctcacccac > 2:537800‑M1/1‑7 (MQ=255) tgggCATCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGAGTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTaaa < 2:234864/146‑1 (MQ=255) tGAGCACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTCGCTGCACTTACTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCATTGGGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATTTCCTTCTTTCACATTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCCGTaac > 2:280350/1‑148 (MQ=255) gAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAAAt < 1:72522/149‑1 (MQ=255) cACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAAATGcc > 2:206703/1‑149 (MQ=255) | AACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAAATGCC > NC_000913_3_bme_pgi/2753843‑2754139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |