| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 2753991 | 4 (0.120) | 25 (0.740) | 23/280 | 0.5 | 59.5% | intergenic (+45/+17) | bamE/ratB | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex/UPF0125 family protein |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 4503516 | 30 (0.890) | intergenic (‑84/‑543) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative MFS transporter, membrane protein | |||||
TCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGG‑ATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGC > NC_000913_3_bme_pgi/4503372‑4503656 | tCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCt < 1:377645/149‑1 (MQ=255) gTGGGTGAGGCAGACAAGCGTAACCGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAACGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGGGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcatt > 2:537800‑M2/1‑142 (MQ=255) gTGAGTTACGAAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTgg < 2:104362/149‑1 (MQ=255) gggTTACGCAGGGAATCGTAACGGGATACCAGACCTACACCCTCCCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattga > 1:110896‑M2/1‑140 (MQ=255) aaTCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTCCACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaa > 1:414162‑M2/1‑127 (MQ=255) tAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAAc > 1:193174/1‑149 (MQ=255) aCGGAGTACCAGATCGTGAGCCTCTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGTAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGACACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTCgctcattgagcaccttttttaacgtcttt > 1:506003‑M2/1‑120 (MQ=255) gggAAACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATc < 2:42487/149‑1 (MQ=255) gATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTTAACTGATCCTTAAGTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgaga > 1:18073‑M2/1‑116 (MQ=255) tACCAGATCAAGAGCCTGTCCAACGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGCTTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTCAACTGATCGGCATTAATCTTTGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCt < 1:505281/149‑1 (MQ=255) cAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaac < 2:560508‑M2/149‑39 (MQ=255) cAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAGTCTTGGTTATGGTTTTTGTAACAAACTATTAGATAcc > 2:256196/1‑148 (MQ=255) cAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCAACa > 1:361659/1‑149 (MQ=255) aGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGCCAACTGATCCTTAACTGATCAGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgaaagcaact < 1:559727‑M2/149‑40 (MQ=255) gATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACaaa > 1:565814/1‑149 (MQ=255) cAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAat < 1:193060/149‑1 (MQ=255) aaGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAata > 1:307514/1‑149 (MQ=255) gTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCGACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACACAGTATCAGCTACAAAAATATCCCCAAt > 2:103280/1‑149 (MQ=255) tCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGgtgt > 1:25451/1‑112 (MQ=255) tCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGgtgt < 2:25451/112‑1 (MQ=255) aaTGTTCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTtgt < 1:49818/149‑1 (MQ=255) cATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcg < 2:234026‑M2/149‑63 (MQ=255) aTAAAAAAATCCGGAAACAAGTTCGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGAGCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCa < 1:171767/149‑1 (MQ=255) aaaaaaaTCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcag < 1:365725‑M2/149‑66 (MQ=255) aaaaacTACGGACCCAAGTTAGCTTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcatcgcagg < 2:520038‑M2/149‑67 (MQ=255) ataactcCGGAAAAATGTGAGCCTTGCCGTATTCTTACACAGCCACTGTATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggt > 2:20432‑M2/3‑82 (MQ=255) cGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTCGTTCTAAGGGAGGTGACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCACTTTGTGACTTCAGTATCTAAAcg > 1:290271/1‑149 (MQ=255) cGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttat > 2:438836‑M2/1‑75 (MQ=255) cGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAAcg > 2:35283/1‑149 (MQ=255) ggAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAAcgc > 2:592455/1‑149 (MQ=255) aCAAGTGAGCGTTTACGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGttt < 2:171560/149‑1 (MQ=255) cAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatat > 2:365725‑M2/1‑69 (MQ=255) cAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGtttt < 1:562376/149‑1 (MQ=255) tGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgtgcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggt > 2:216576‑M2/1‑65 (MQ=255) gATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAAATATCAGCTACAAAAAGTTGCTCAATTTGTGACATACGTAACAAAACGCGCTTTGCTATTTGG‑ATTGCtt > 2:483379/1‑149 (MQ=255) cTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacaccgctactg > 1:16119‑M2/1‑49 (MQ=255) ttACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGG‑ATTGCtt > 1:338727/1‑144 (MQ=255) ttACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGG‑ATTGCtt < 2:338727/144‑1 (MQ=255) ccagCCACTTGATCGGTCACCGGATCCTTAACTTATCGGCAATAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattagtagttaccacccagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacaccgctactgttaaa > 2:560397‑M2/2‑44 (MQ=255) caGCCACTGGATCGGTCAACTGATCTTTAACTGATCGGCAGTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaattttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacaccgctactgttaaag > 2:48604‑M2/1‑43 (MQ=255) caGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacaccgctactgttaaag > 2:327770‑M2/1‑43 (MQ=255) caGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGG‑ATTGCTTGTTTTTTGAt > 1:465872/1‑149 (MQ=255) caGCCACGGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaccgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacaccgctactgttaaag > 2:364641‑M2/1‑43 (MQ=255) aGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacaccgctactgttaaagg < 1:351026‑M2/149‑108 (MQ=255) gCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacaccgctactgttaaaggt > 1:234026‑M2/1‑41 (MQ=255) gATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAACAGGCAGTCCG‑CAAGTGGAAAAGCATGTTTTTTTAATTGGTATAACAGGTATAAAgg > 1:287652/1‑149 (MQ=255) tGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAg < 1:186037/45‑1 (MQ=255) tGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAg > 2:186037/1‑45 (MQ=255) aTCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacac > 2:417390‑M2/1‑10 (MQ=255) aTCGGCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacac < 1:417390‑M2/102‑93 (MQ=255) aTCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGG‑ATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAg > 1:348794/1‑149 (MQ=255) tCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGG‑ATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGc > 2:468515/1‑149 (MQ=255) tCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGG‑ATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGc < 2:465872/149‑1 (MQ=255) gCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacaccgctactgttaaaggtcagc > 2:93625‑M2/1‑6 (MQ=255) gCATTAgctcattgagcaccttttttaacgtctttgagagcaactttattattagttaccactcagcgcaggtttgttatcaatattggtcaacacaccgctactgttaaaggtcagc < 1:93625‑M2/118‑113 (MQ=255) | TCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGG‑ATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGC > NC_000913_3_bme_pgi/4503372‑4503656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |