| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 4249717 = | 722 (14.270) | coding (904/921 nt) | malM | maltose regulon periplasmic protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 873 total aligned reads displayed.
CGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATC > NC_000913_3_pae_pgi/4249569‑4249865 | gAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAgtgt < 2:904378/149‑1 (MQ=255) gAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAgtgt < 1:963956/149‑1 (MQ=255) aGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTCAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTa > 2:197374/1‑149 (MQ=255) 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aaCGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAggg < 1:622810/149‑1 (MQ=255) aaCGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCAACCATTATCAGCAGTGTAAAAAGCAAggg > 1:59237/1‑149 (MQ=255) aaCGAATCGGAATGCTATTTTAATACCGGGATCAAAAAGGCGGCGGCGAAAGGGGATGTTGATAAGGCGTTAAAACGGCTTGAGGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAggg < 2:29040/149‑1 (MQ=255) attacacGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAgggg < 2:840051/146‑1 (MQ=255) aCGACACGGAAAGGTATTTTAATACATCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAggtg < 2:173169/149‑3 (MQ=255) 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tCCACCTTTATCAGTAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCa < 1:125639/149‑1 (MQ=255) tCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCa < 2:937420/149‑1 (MQ=255) ccTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTCTACTTCCTTCCTGGGCTATGAGCGATTATTTATAGTGACTCTCTTCTTCTTCACTaa > 2:546075/1‑149 (MQ=255) cTTTATCAACAGTGTAAACGGCAAGGGGTAATCACGCCCCACAGTACTGAAATTGCAACAAATGGTGCGTCACCTAGCGCACCTTTTTTTATGCTACCTTCCTGACGTAATAGCCATTTGTTATAGGAACGCCATCCTTCTACACCaat > 2:984773/1‑148 (MQ=255) cTTAATCAGCAGTGTAAAAGTCGAGGGGTAATTACGCCACATAGTGCTGATTTTGCAACAACTTGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCGTGGAGAGGGGCGATTTTTTTTAGTAACTAACtgcttgttctttatg > 2:653589/1‑143 (MQ=255) tttATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGTGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGa < 2:407377/149‑1 (MQ=255) tttAGCAGGAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTAACTAAGa < 2:860265/149‑1 (MQ=255) ttcatcaacaggGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCGCACAGTGGTGATTTTGCAACAAATAGTGCGTCTTCTGGCGCAACTTTTTTTATGCTTCCTTTCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGa < 2:634831‑M2/137‑1 (MQ=255) aTCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAata > 1:298485/1‑149 (MQ=255) tCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAatat > 1:511028/1‑149 (MQ=255) cagcagTGTAAAACGCATGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATCGTCACTCACCTCTTCTTCACTAAGTATATc < 1:976633/149‑1 (MQ=255) agcagtGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATcc > 2:811602‑M2/7‑149 (MQ=255) gcagtGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCa < 1:831863‑M2/144‑1 (MQ=255) cagtGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCttttt < 2:1005369‑M2/75‑1 (MQ=255) cagtGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCAt > 1:911616‑M2/5‑149 (MQ=255) cagtGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCAt < 1:519039‑M2/145‑1 (MQ=255) | CGAGCCGATGCTCAACGACACGGAAAGTTATTTTAATACCGCGATCAAAAACGCTGTCGCGAAAGGTGATGTTGATAAGGCGTTAAAACTGCTTGATGAAGCTGAACGCCTGGGATCGACATCTGCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATC > NC_000913_3_pae_pgi/4249569‑4249865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |