New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 237212 = | 73 (1.120) | 5 (0.080) | 4/248 | NT | 7.1% | coding (93/744 nt) | algR | alginate biosynthesis regulatory protein |
? | NC_002947 | 237246 = | 63 (1.030) | coding (127/744 nt) | algR | alginate biosynthesis regulatory protein |
CACACCTGTCTACGCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCGGTGGTGTTTT > NC_002947/237066‑237360 | cacaCCTGTCTACGCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAg > 3:372010/1‑149 (MQ=255) cacaCCTGTCTACGCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAg < 6:99849/149‑1 (MQ=255) cctcttcaccgtattcatcatccccggagcaaaacacctccgcgggcggcgcctcgcgttcgcacaggcgagcggcaacctgcaggccatccaggcctggcatgccgatgtccagcaggaccacatcgggcttgaggctttcaatCAg > 1:136329‑M1/146‑148 (MQ=255) ctctgcaccgtattcatcatccccggagcaaaacaccaccgcgggcggcgcctcgcgttcgcacaggcgagcggcaacctgcaggccatccaggcctggcatgccgatgtccagcaggaccacatcgggcttgaggctttcaatCAgcg > 3:273958‑M1/145‑149 (MQ=255) tACGCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGccacc > 2:37597/1‑146 (MQ=255) tACGCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGccacc < 1:37597/146‑1 (MQ=255) tACGCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCCAACTGGAGGGTTACCCTCTTCTGGAGCCCCGCGCCACCAAc > 4:33967/1‑149 (MQ=255) cGCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTTAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAAc < 3:33967/147‑1 (MQ=255) cGCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCa < 3:312733/136‑1 (MQ=255) gCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGc > 4:179000/1‑149 (MQ=255) taCCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGAt < 2:308072/148‑1 (MQ=255) ccTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCTAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGa < 4:232051/148‑1 (MQ=255) cTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAgg > 4:137287/1‑149 (MQ=255) cTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAgg > 1:375590/1‑149 (MQ=255) cTGTGCAAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCCCCAACGGCGATGAgg > 4:335236/1‑149 (MQ=255) agaCTCATTCAGGAAACCAGCGCAATTATGAATTTCCTGATCGTTCATGACCAACCCCAAGGCCGTCAACGCCTCACCCGGATGCTCGGACAACTGCAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACCACCATGAGGGCTTgga > 8:279928/1‑148 (MQ=255) aCTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGgcgc < 6:408973/149‑1 (MQ=255) aCTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGgcgc > 7:144299/1‑149 (MQ=255) 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aTTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGa < 2:249661/148‑1 (MQ=255) ttCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGAtt > 2:257987/1‑149 (MQ=255) ttCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGAtt > 8:340944/1‑149 (MQ=255) ttCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGAtt > 1:294242/1‑149 (MQ=255) aGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGaa < 7:385801/149‑1 (MQ=255) ggtaTCCCGCGCAATTATGATTGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCTCCCGGCTGGTCGGCGAACTGGTGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACAAACGGCGCTGAGGCCTTGGCGGTGATTGaa < 7:61313/145‑1 (MQ=255) caccgcgggcggcgcctcgcgttcgcacaggcgagcggcaacctgcaggccatccaggcctggcatgccgatgtccagcaggaccacatcgggctcgaggctttcaatCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGaaa > 6:341772‑M1/109‑149 (MQ=255) gAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAg < 6:246022/149‑1 (MQ=255) gcgcctcgcgttcgcacaggcgagcggcaacctgcaggccatccaggcctggcatgccgatgtccagcaggaccacatcgggcttgaggctttcaatCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGa > 5:385494‑M1/98‑132 (MQ=255) gcgcctcgcgttcgcacaggcgagcggcaacctgcaggccatccaggcctggcatgccgatgtccagcaggaccacatcgggcttgaggctttcaatCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGa < 6:385494‑M1/35‑1 (MQ=255) ttATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGAt > 2:62688/1‑149 (MQ=255) tGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGAtgt < 1:272037/148‑1 (MQ=255) gAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTgg > 8:116270/1‑149 (MQ=255) aTGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGTCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCATCGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAATGCCTCAAGCCCGATGTGGTc < 6:407380/149‑1 (MQ=255) aTGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGAtg > 2:163571/1‑144 (MQ=255) aTGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGAtg < 1:163571/144‑1 (MQ=255) tGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTcc > 2:404969/1‑149 (MQ=255) tGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTcc < 2:375590/149‑1 (MQ=255) tCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCTCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCctg < 8:383335/149‑1 (MQ=255) tCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCct < 7:116270/148‑1 (MQ=255) 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cAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCt > 5:50458/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGATGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTCGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGc > 2:78652/1‑138 (MQ=255) aaaGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCt > 1:153377/2‑149 (MQ=255) ggCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGa > 1:163675/1‑149 (MQ=255) gCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGAt < 8:348382/149‑1 (MQ=255) 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aaCTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGaa < 2:163675/149‑1 (MQ=255) aCTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCTCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAAc < 1:62688/149‑1 (MQ=255) cTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAAcg > 3:341279/1‑149 (MQ=255) tGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGc > 2:21833/1‑101 (MQ=255) tGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGc < 1:21833/101‑1 (MQ=255) actcTGTGGTGGAGCCCAGCGCCACCAACGTCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCATGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGTCATGCCTGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTTTGCGAACGCGAGGcgcc < 6:397723/145‑1 (MQ=255) cacTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGcgccgc > 5:303221/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCggt > 6:58669/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCgg < 6:50458/148‑1 (MQ=255) gAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCggtg < 6:5058/147‑1 (MQ=255) cccAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCGGTGGTGtt < 5:43588/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGgcg < 4:363630/131‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGgcg > 3:363630/1‑131 (MQ=255) ccAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCGGTGGTGttt < 2:324350/149‑1 (MQ=255) CAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCGGTGGTGtttt < 2:126727‑M1/149‑1 (MQ=255) CAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCGGTGGTGtttt > 4:236502‑M1/1‑149 (MQ=255) CAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCGGGGGTGtttt < 2:261535‑M1/149‑1 (MQ=255) | CACACCTGTCTACGCTATACCTGTGCGAGACTCATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCGGTGGTGTTTT > NC_002947/237066‑237360 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |