New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 237212 = | 73 (1.120) | 5 (0.080) | 4/248 | NT | 7.1% | coding (93/744 nt) | algR | alginate biosynthesis regulatory protein |
? | NC_002947 | 237246 = | 63 (1.030) | coding (127/744 nt) | algR | alginate biosynthesis regulatory protein |
CATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGTTGCCGCTCGCCTGTGCGAACGCGAGGCGCCGCCCGCGGTGGTGTTTTGCTCCGGGGATGATGAATACGGTGCAGAGGCAT > NC_002947/237098‑237393 | cATTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGa > 5:246022/1‑149 (MQ=255) aaacaccaccgcgggcggcgcctcgcgttcgcacaggcgagcggcaacctgcaggccatccaggcctggcatgccgatgtccagcaggaccacatcgggcttgaggctttcaatCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGa > 2:296291‑M1/115‑149 (MQ=255) aTTCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGa < 2:249661/148‑1 (MQ=255) ttCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGAtt > 2:257987/1‑149 (MQ=255) ttCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGAtt > 8:340944/1‑149 (MQ=255) ttCAGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGAtt > 1:294242/1‑149 (MQ=255) aGGAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGaa < 7:385801/149‑1 (MQ=255) ggtaTCCCGCGCAATTATGATTGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCTCCCGGCTGGTCGGCGAACTGGTGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACAAACGGCGCTGAGGCCTTGGCGGTGATTGaa < 7:61313/145‑1 (MQ=255) caccgcgggcggcgcctcgcgttcgcacaggcgagcggcaacctgcaggccatccaggcctggcatgccgatgtccagcaggaccacatcgggctcgaggctttcaatCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGaaa > 6:341772‑M1/109‑149 (MQ=255) gAATCCAGCGCAATTATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAg < 6:246022/149‑1 (MQ=255) gcgcctcgcgttcgcacaggcgagcggcaacctgcaggccatccaggcctggcatgccgatgtccagcaggaccacatcgggcttgaggctttcaatCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGa < 6:385494‑M1/35‑1 (MQ=255) gcgcctcgcgttcgcacaggcgagcggcaacctgcaggccatccaggcctggcatgccgatgtccagcaggaccacatcgggcttgaggctttcaatCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGa > 5:385494‑M1/98‑132 (MQ=255) ttATGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGAt > 2:62688/1‑149 (MQ=255) tGAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGAtgt < 1:272037/148‑1 (MQ=255) gAATGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTgg > 8:116270/1‑149 (MQ=255) aTGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGTCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCATCGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAATGCCTCAAGCCCGATGTGGTc < 6:407380/149‑1 (MQ=255) aTGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGAtg > 2:163571/1‑144 (MQ=255) aTGTCCTGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGAtg < 1:163571/144‑1 (MQ=255) 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tGATCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCctgctg > 8:380701/1‑149 (MQ=255) aTCGTTGATGACGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGa > 6:123287/1‑149 (MQ=255) tgaCGAACCCCAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCa > 7:201342/1‑149 (MQ=255) cccAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGc > 1:324350/1‑149 (MQ=255) ccAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCCGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGcc > 6:43588/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGAtt > 4:327836/1‑99 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aaaGGCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCt > 1:153377/2‑149 (MQ=255) ggCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGa > 1:163675/1‑149 (MQ=255) gCCGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGAt < 8:348382/149‑1 (MQ=255) ccGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATg < 1:257987/149‑1 (MQ=255) ccGTGAACGCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATg < 2:294242/149‑1 (MQ=255) gCCTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAg < 1:404969/149‑1 (MQ=255) ccTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAgg < 3:179000/149‑1 (MQ=255) cTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGGCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATGGCCTGCAGGt > 1:289537/1‑149 (MQ=255) cTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATg > 5:62762/1‑139 (MQ=255) cTCACCCGGCTGCTCGGCGAACTGGAGGGTTACACTGTGCTGGAGCCCAGCGCCACCAACGGCGATGAGGCCTTGGCGCTGATTGAAAGCCTCAAGCCCGATGTGGTCCTGCTGGACATCGGCATGCCAGGCCTGGATg < 6:62762/139‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |