| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | = 497023 | 90 (1.380) | 5 (0.080) | 5/248 | NT | 5.3% | coding (895/2388 nt) | PP_0409 | two‑component system sensor histidine kinase |
| ? | NC_002947 | = 497096 | 93 (1.520) | coding (968/2388 nt) | PP_0409 | two‑component system sensor histidine kinase | |||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GCCGGCCAAGGAGCTGGAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACCCGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTCAACTGGGACAGCCATGT > NC_002947/496875‑497171 | ccGGCCAAGGAGCTGGAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACCCGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCC < 6:255376‑M1/148‑1 (MQ=255) ggCCAAGGAGCTGGAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACCCGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCCGTc < 2:151007/149‑1 (MQ=255) gCCAAGGAGCTGGAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACCCGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCCGTca < 4:271674/149‑1 (MQ=255) ccAAGGAGCTGGAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACCCGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCATGCTGGTGTGGCAACGCCGTcag > 3:195713/1‑149 (MQ=255) ggAGCTGGAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACACGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCAGTCagcagc > 7:204401/1‑149 (MQ=255) gCTGGAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACCCGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAgcgc > 1:359428/1‑148 (MQ=255) gAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACCCGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCt > 2:10389/1‑149 (MQ=255) gAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACCCGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCt > 2:157391/1‑149 (MQ=255) 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ttGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCct > 5:210001/1‑149 (MQ=255) cACGCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTAGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTggg > 8:3104/1‑149 (MQ=255) cACGCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCAAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTggg > 5:392738/1‑149 (MQ=255) aCGCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGt > 2:378427/1‑149 (MQ=255) gCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTc > 4:326754/1‑148 (MQ=255) gtgtGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAggcgttgccaccccagcgtgggcaaggcacacaacagcaacagaccgaacaacaaggccatgt < 5:354939‑M2/149‑64 (MQ=255) tgtgGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTCAACTgg < 1:108315/149‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTCAACTgg < 7:284959/149‑1 (MQ=255) cgttctaaCGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTCAACTgg < 5:221300/143‑1 (MQ=255) gtgGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGt > 3:194159/1‑130 (MQ=255) gtgGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGt < 4:194159/130‑1 (MQ=255) gtgGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTCAACTggg < 7:164652/149‑1 (MQ=255) gtgGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTCAACTgg > 2:82408/1‑148 (MQ=255) tgGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAggcgttgccacaccagcgtggccaaggcacacaacagcaacagaccgaacaacaaggccatgttct < 5:259683‑M2/149‑67 (MQ=255) tgGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGCGTCAACTGGGa > 6:77454/1‑149 (MQ=255) gCAACGCCtcttcgcgcacctggcgctcaacaaggctttctcgcgcggccaacaggctgcgctccagctggcgctgctgacggcgttgccacaccagcgtggccaaggcacacaacagcaacagaccgaacaacaaggccatgttctgc < 4:182370‑M1/149‑142 (MQ=255) gCAACGCAGTCAGCAGCGCCAGCTCCAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGCGCGCCAGGTGC‑CCGAAGCGCCGTTGCGGCTGAGCCACTACGCCATCGATCAGACCACCGTGGGTATCCACAGCGTCAACTCGGa > 8:164508/1‑147 (MQ=255) aaCGCCtcttcgcgcacctggcgctcaacaaggctttctcgcgcggccaacaggctgcgctccagctggcgctgctgacggcgttgccacaccagcgtggccaaggcacacaacagcaacagaccgaacaacaaggccatgttctgcca < 2:216178‑M1/149‑144 (MQ=255) aaCGCCtcttcgcgcacctggcgctcaacaaggctttctcgcgcggccaacaggctgcgctccagctggcgctgctgacggcgttgccacaccagcgtggccaaggcacacaacagcaacagaccgaacaacaaggccatgttctgc > 4:21125‑M1/1‑6 (MQ=255) aCGCCtcttcgcgcacctggcgctcaacaaggctttctcgcgcggccaacaggctgcgctccagctggcgctgctgacggcgttgccacaccagcgtggccaaggcacacaacagcaacagaccgaacaacaaggccatgttctgccan < 2:206197‑M1/149‑145 (MQ=255) aCGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTggg < 3:380458/123‑1 (MQ=255) aCGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTggg > 4:380458/1‑123 (MQ=255) aCGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTCAACTgg > 6:221300/1‑142 (MQ=255) gCCtcttcgcgcacctggcgctcaacaaggctttctcgcgcggccaacaggctgctctccagctggcgctgctgacggcgttgccacaccagcgtggccaaggcacacaacagcaacagaccgaacaacaaggccatgttctgccagaa < 3:204366‑M1/149‑147 (MQ=255) gCCtcttcgcgcacctggcgctcaacaaggctttctcgcgcggccaacaggctgcgctccagctggcgctgctgacggcgttgccacaccagcgtggccaaggcacacaacagcaacagaccgaacaacaaggccatgttctgccagaa < 5:54705‑M1/149‑147 (MQ=255) cGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTCAACTGGGACAGCCAtgt < 6:259288/149‑1 (MQ=255) | GCCGGCCAAGGAGCTGGAGCAACTGCATCAGCGCTGGTTGCAGCCGAAATACCCGCGCCTGAGCGAGTCGCCGGGCTTCTGGCAGAACATGGCCTTGTTGTTCGGTCTGTTGCTGTTGTGTGCCTTGGCCACGCTGGTGTGGCAACGCCGTCAGCAGCGCCAGCTGGAGCGCAGCCTGTTGGCCGCGCGAGAAAGCCTTGTTGAGCGCCAGGTGC‑GCGAAGAGGCGTTGCGGCTGAGCCAGTTCGCCATCGATCAGAGCACCGTGGGTATCCTCTGGGTCAACTGGGACAGCCATGT > NC_002947/496875‑497171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |