New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1974528 = | 52 (0.800) | 4 (0.060) | 4/252 | NT | 8.0% | coding (538/1086 nt) | serC | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
? | NC_002947 | 1974623 = | 43 (0.690) | coding (633/1086 nt) | serC | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
CCCGGCCAGAACGAGTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAG > NC_002947/1974384‑1974674 | cccGGCCAGAACGAGTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTcg‑c < 2:109932/148‑1 (MQ=255) ccGGCCAGAACGAGTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCg‑cgc < 3:24267/149‑1 (MQ=255) cAGAACGAGTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCcgat > 2:401768/1‑149 (MQ=255) gAACGAGTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGAGCACTATGCGTCCAACCAGACCATCGGTGCACTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCcgatc > 7:217613/1‑148 (MQ=255) aaCGAGTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCcgatcga < 7:178568/149‑1 (MQ=255) aCGAGTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCcgatcgat < 5:297254/149‑1 (MQ=255) gAGTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGAtgt > 2:274984/1‑149 (MQ=255) gTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGAtgtg < 4:157044/148‑1 (MQ=255) gTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGAtgtg > 3:157044/1‑148 (MQ=255) gAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCg > 5:410121/1‑148 (MQ=255) cAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCGCCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGc < 1:3492/149‑1 (MQ=255) cAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGcc > 1:146634/1‑149 (MQ=255) aaaaCGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGc < 7:322805/146‑1 (MQ=255) aaaaCGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGc > 8:322805/1‑146 (MQ=255) aaCGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGAt < 2:92551/149‑1 (MQ=255) ccaggagtaggtggccggggtgttgtacatcgagccgttgtcagccgaaaccttgtagtcgagcatggtcgggcagctgctgcgggcatggcccaacaggtctTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGgcg < 8:157742‑M1/46‑1 (MQ=255) aTGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCag > 5:84378/1‑146 (MQ=255) tGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCagaag < 8:126652/148‑1 (MQ=255) cAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCg < 2:342589/149‑1 (MQ=255) agaCCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGccc > 1:197164/1‑148 (MQ=255) cATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCg > 3:16097/1‑149 (MQ=255) tCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGc < 1:274984/149‑1 (MQ=255) ttGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAAACGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCAGATCGATGTGTCGCAGTTCGTCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGAGGACtg > 4:53474/2‑149 (MQ=255) tGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCtgg < 6:155426/149‑1 (MQ=255) tGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCtgg > 6:154856/1‑149 (MQ=255) gCCTGCAGTTTGACTGGTTGCCGCAATCCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCGTATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGTCGCGCAGAAGTATTTCGTCCCAAGCGGCCtggtg < 8:217613/149‑1 (MQ=255) tGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGAtgtg < 7:357668/86‑1 (MQ=255) tGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGAtgtg > 8:357668/1‑86 (MQ=255) cAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCtggtggtgg < 6:84378/148‑1 (MQ=255) cAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCtggtggtg < 6:410121/147‑1 (MQ=255) cAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCtggtggtg < 2:197164/147‑1 (MQ=255) gTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGa < 1:401768/149‑1 (MQ=255) tGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATc < 5:172572/148‑1 (MQ=255) tGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATc < 5:154856/148‑1 (MQ=255) gACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGt > 8:55213/1‑149 (MQ=255) ccgaaaccttgtagtcgagcatggtcgggcagctgctgcgggcatggcccaacaggtctTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTg < 7:96758‑M1/90‑1 (MQ=255) cTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTgc > 4:112311/1‑149 (MQ=255) ggTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCAACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCtggtggtg > 5:95742/1‑136 (MQ=255) ggTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCAACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCtggtggtg < 6:95742/136‑1 (MQ=255) ccttgtagtcgagcatggtcgggcagctgctgcgggcatggcccaacatgtctTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGaa > 8:96758‑M1/54‑149 (MQ=255) gCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAg < 1:209471/149‑1 (MQ=255) cGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGAc > 1:161630/1‑149 (MQ=255) cGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGAc < 1:5599/149‑1 (MQ=255) gtagtcgagcatggtcgggcagctgctgcgggcatggcccaacaggtctTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGa > 7:157742‑M1/50‑147 (MQ=255) gCAAACGGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGTTCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATc < 5:65337/85‑1 (MQ=255) gCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATc > 6:65337/1‑85 (MQ=255) cGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCTAAGACCTGTTg < 8:117484/148‑1 (MQ=255) cGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGCTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTg > 7:117484/1‑148 (MQ=255) gTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGAt < 3:287218/71‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGAt > 4:287218/1‑71 (MQ=255) gtggtCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGcagcag < 2:146634/149‑1 (MQ=255) tggtCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCtggtggtgg > 2:234529/1‑108 (MQ=255) tggtCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCtggtggtgg < 1:234529/108‑1 (MQ=255) atatGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGc > 3:37299/1‑128 (MQ=255) atatGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGc < 4:37299/128‑1 (MQ=255) tGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGAcc < 3:112311/149‑1 (MQ=255) cATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACt < 7:348349/149‑1 (MQ=255) tctcG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAg > 8:323522/1‑149 (MQ=255) | CCCGGCCAGAACGAGTGGAACCTGACCAAAAACGCAGCCTACGTGCACTATGCGTCCAACGAGACCATCGGTGGCCTGCAGTTTGACTGGGTGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCG‑CGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAG > NC_002947/1974384‑1974674 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |