New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1974528 = | 52 (0.800) | 4 (0.060) | 4/252 | NT | 8.0% | coding (538/1086 nt) | serC | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
? | NC_002947 | 1974623 = | 43 (0.690) | coding (633/1086 nt) | serC | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
TGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGCCTGGTCTTCGAGTGGCTGAAAGAG > NC_002947/1974475‑1974761 | ccttgtagtcgagcatggtcgggcagctgctgcgggcatggcccaacatgtctTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGaa > 8:96758‑M1/54‑149 (MQ=255) gCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAg < 1:209471/149‑1 (MQ=255) cGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGAc > 1:161630/1‑149 (MQ=255) cGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGAc < 1:5599/149‑1 (MQ=255) gtagtcgagcatggtcgggcagctgctgcgggcatggcccaacaggtctTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGa > 7:157742‑M1/50‑147 (MQ=255) cGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCTAAGACCTGTTg < 8:117484/148‑1 (MQ=255) cGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGCTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTg > 7:117484/1‑148 (MQ=255) gtggtCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGcagcag < 2:146634/149‑1 (MQ=255) atatGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGc < 4:37299/128‑1 (MQ=255) atatGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGc > 3:37299/1‑128 (MQ=255) tGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGAcc < 3:112311/149‑1 (MQ=255) cATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACt < 7:348349/149‑1 (MQ=255) tcttcgcgcacgatcaccaccaccaggccgcttgggccgatattcttctgcgcgccggcgtagatcaggccgaactgcgacacatcgatcgggcgcgaAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTAc > 7:157742‑M2/99‑147 (MQ=255) tctcGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAg > 8:323522/1‑149 (MQ=255) ttcgcgcacgatcaccaccaccaggccgcttgggccgatattcttctgcgcgccggcgtagatcaggccgaactgcgacacatcgatcgggcgcgaAGACATGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAgg > 8:96758‑M2/97‑149 (MQ=255) GCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGtt > 2:135542‑M1/1‑148 (MQ=255) ggcacgatcgatGTGTCGCATTTCGGCCTGATATACGCAGGCGCGAAGAAGAATATCGGCCCAAGAGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGTCCATGCCAGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTc < 3:53474/145‑1 (MQ=255) cacgatcaccaccaccaggccgcttgggccgatattcttctgcgcgccggcgtagatcaggccgaactgcgacacatcgatcgggcgcgaAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCgg < 7:96758‑M2/59‑1 (MQ=255) ccGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGc < 7:55213/149‑1 (MQ=255) gatcgatGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGcagcag > 1:63363/1‑114 (MQ=255) gatcgatGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGcagcag < 2:63363/114‑1 (MQ=255) atcgatGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGa < 4:16097/149‑1 (MQ=255) gtgtCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGCCCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGCCTACAAGGTTTCGGCTGACAACgg > 5:326662/1‑149 (MQ=255) gtgtCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACgg > 8:233942/1‑149 (MQ=255) tgtCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGc > 5:174093/1‑149 (MQ=255) tgtCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGc > 2:144786/1‑149 (MQ=255) gtCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCt > 5:178953/1‑149 (MQ=255) tCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTc > 2:147159/1‑149 (MQ=255) ccAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGa < 1:144786/148‑1 (MQ=255) aGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTc < 5:295965/145‑1 (MQ=255) aGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTc > 6:295965/1‑145 (MQ=255) cGGCCTGATCTACGCCTGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTac < 7:323522/148‑1 (MQ=255) cTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACa < 7:242392/110‑1 (MQ=255) cTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGCTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACa > 8:242392/1‑110 (MQ=255) gCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCAc > 1:245158/1‑149 (MQ=255) cgcgcAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACt < 6:178953/149‑1 (MQ=255) gcgcAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTc > 7:92219/1‑149 (MQ=255) cgccggcgtagatcaggccgaactgcgacacatcgatcgggcgcgaAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTgg < 8:157742‑M2/103‑1 (MQ=255) gaagaaTATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTgg < 3:191671/148‑1 (MQ=255) atatCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACctc > 6:171740/1‑149 (MQ=255) tatCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGAGATCGTGCCCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGACCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCCGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACctct > 6:142656/1‑149 (MQ=255) gCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGc > 6:245759/1‑149 (MQ=255) cccAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGcc < 8:92219/149‑1 (MQ=255) cAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTacaa < 3:321591/112‑1 (MQ=255) cAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGCCTg < 5:245759/149‑1 (MQ=255) cAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACATGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTacaa > 4:321591/1‑112 (MQ=255) aaGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGCCTgg > 7:137326/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGCCTGGTCTTc > 7:7174/1‑148 (MQ=255) cTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGCCTGGTCTTc > 8:161940/1‑147 (MQ=255) gtggtggtgATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGCCTGGTCTTCGAGTg < 8:7174/149‑1 (MQ=255) gtgATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACctctct > 5:201651/1‑126 (MQ=255) gtgATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACctctct < 6:201651/126‑1 (MQ=255) tgATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGCCTGGTCTTCGAGTGGCTGa > 6:77345/1‑147 (MQ=255) tCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGCCTGGTCTTCGAGTGGCTGAAagag > 5:379346/1‑149 (MQ=255) | TGCCGCAAACCGGTGACGTGCCGCTGGTGGTCGATATGTCGTCCGACATCCTCTCGCGCCCGATCGATGTGTCGCAGTTCGGCCTGATCTACGCCGGCGCGCAGAAGAATATCGGCCCAAGCGGCCTGGTGGTGGTGATCGTGCGCGAAGACCTGTTGGGCCATGCCCGCAGCAGCTGCCCGACCATGCTCGACTACAAGGTTTCGGCTGACAACGGCTCGATGTACAACACCCCGGCCACCTACTCCTGGTACCTCTCTGGCCTGGTCTTCGAGTGGCTGAAAGAG > NC_002947/1974475‑1974761 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |