New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2020198 = | 46 (0.710) | 4 (0.060) | 4/252 | NT | 8.7% | coding (151/1416 nt) | PP_1798 | outer membrane efflux protein |
? | NC_002947 | 2020246 = | 40 (0.640) | coding (199/1416 nt) | PP_1798 | outer membrane efflux protein |
TGCTGCGTTTGTTACCTGGAGTGATGATGTGCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTGCGCAAGAACGAGGCTGAGCG > NC_002947/2020055‑2020346 | tgctgcGTTTGTTACCTGGAGTGATGATGTGCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGgcgcgc < 6:316604/149‑1 (MQ=255) cGTTTGTTACCTGGAGTGATGATGTGCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTgga < 7:314624/149‑1 (MQ=255) cGTTTGTTACCTGGAGTGATGATGTGCAAGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTgga < 3:182976/149‑1 (MQ=255) gTTTGTTACCTGGAGTGATGATGTGCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTggag > 4:193183/1‑149 (MQ=255) tttGTTACCTGGAGTGATGATGTGCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTggagg < 3:193183/149‑1 (MQ=255) tGGAGTGATGATGTGCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCCCggt > 4:192015/1‑148 (MQ=255) atgatgTGCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCTTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTg < 5:184909/148‑1 (MQ=255) atgatgTGCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGc > 5:187309/1‑149 (MQ=255) gtgCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCt > 3:290198/1‑148 (MQ=255) ttatagaggtcgcgctcagcctcgttcttgcgcaggatgcggctggagttggcattggccgacacctggggcagcaggctacccagcgctgcccgctgctgttcactggcagaGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTAc < 3:164082‑M1/36‑1 (MQ=255) gCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTAc > 6:18524/1‑149 (MQ=255) cctGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGGTGGACCTGGCGGGACTGTAGCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTAc < 6:292472/146‑1 (MQ=255) cAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGctc < 5:18524/149‑1 (MQ=255) cAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACACGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGctc > 3:259378/1‑149 (MQ=255) gCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGc > 7:213154/1‑149 (MQ=255) gcctcgttcttgcgcaggatgcggctggagttggcattggccgacacctggggcagcaggctacccagcgctgcccgctgctgttcactggcagaGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGcc > 4:164082‑M1/96‑149 (MQ=255) tGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAAc < 7:305113/147‑1 (MQ=255) tggaatgATGCCGCTGGTGAAGATCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTAAGGGGTGGACCTGGCGGGTCTGTACCGGGACGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCg < 3:192015/148‑1 (MQ=255) gggaaggATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCg > 7:128822/1‑149 (MQ=255) gggaaggATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCg > 7:112923/1‑149 (MQ=255) cGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTgg < 8:112923/149‑1 (MQ=255) cGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTgg < 8:213154/149‑1 (MQ=255) tGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTa < 8:128822/149‑1 (MQ=255) cagcCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCAcgcgcgtaag > 2:87508/1‑107 (MQ=255) cagcCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCAcgcgcgtaag < 1:87508/111‑5 (MQ=255) gcCAAGAGGGGTTGAGGCTTCGAGTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCtgctgc < 4:259378/149‑1 (MQ=255) aaGAGGGCTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGAACCGTGAGGCGCGCCTTGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGATCTGCCAGTGAACACCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCGGCTGacc > 4:237163/1‑148 (MQ=255) agagGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGccc > 7:138492/1‑147 (MQ=255) gagGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAg < 8:138492/149‑1 (MQ=255) ggggTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGgt < 4:395690/149‑1 (MQ=255) ctggggcagcaggctacccagcgctgcccgctgctgttcactggcagaGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGc > 5:118786‑M1/49‑101 (MQ=255) ctggggcagcaggctacccagcgctgcccgctgctgttcactggcagaGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGc < 6:118786‑M1/53‑1 (MQ=255) cGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACGGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGGGTGCGCGCTCTGCCAGTGAAGAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGc < 4:290198/148‑1 (MQ=255) ggCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGcc < 6:187309/148‑1 (MQ=255) ttCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATg > 8:343471/1‑149 (MQ=255) tGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGctc > 2:331560/1‑76 (MQ=255) tGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGctc < 1:331560/76‑1 (MQ=255) gACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCtgctgc < 8:223171/115‑1 (MQ=255) gACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCtgctgc > 7:223171/1‑115 (MQ=255) gACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCAt > 1:405630/1‑149 (MQ=255) aCCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATc > 2:134876/1‑149 (MQ=255) gCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCggg < 2:201031/88‑1 (MQ=255) gCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCggg > 1:201031/1‑88 (MQ=255) gCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGGCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTgc < 1:134876/148‑1 (MQ=255) cGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTgcgc < 2:405630/149‑1 (MQ=255) gggACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTgcgc > 6:268480/1‑148 (MQ=255) aCTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTGCGCAAg > 8:218767/1‑148 (MQ=255) cTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTGCGCAAGaa > 6:319551/1‑149 (MQ=255) tACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTGCGCAAGaa < 7:343471/146‑1 (MQ=255) cGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTGCGCAAGAACGAGGc < 5:319551/149‑1 (MQ=255) tGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTGCGCAAGAACGAGGCt > 6:45512/1‑148 (MQ=255) aGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTGCGCAAGAACGAGGCTGAg < 7:218767/149‑1 (MQ=255) GCGCGCCTGGAGGAGCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTGCGCAAGAACGAGGCTGAgcg < 7:346733‑M1/149‑1 (MQ=255) | TGCTGCGTTTGTTACCTGGAGTGATGATGTGCATGGTCGCCTGGCAAGCGGTGGCTATGGAAGGGAAGGATGCCGCTGGTGAGCAGCCAAGAGGGGTTTCGGCTTCGACTTACGTGTTGGACCTGGCGGGACTGTACCGTGAGGCGCGCCTGGAGGACCCGCGGGTCCTTGCCGCTTACGCGCGTGCGCGCTCTGCCAGTGAACAGCAGCGGGCAGCGCTGGGTAGCCTGCTGCCCCAGGTGTCGGCCAATGCCAACTCCAGCCGCATCCTGCGCAAGAACGAGGCTGAGCG > NC_002947/2020055‑2020346 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |