New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2083276 | 37 (0.570) | 7 (0.120) | 7/242 | NT | 15.4% | intergenic (‑43/‑71) | PP_1861/PP_1862 | LysR family transcriptional regulator/membrane protein |
? | NC_002947 | = 2083292 | 43 (0.720) | intergenic (‑59/‑55) | PP_1861/PP_1862 | LysR family transcriptional regulator/membrane protein |
CCGCAGACGGGGTCAGCGGGTGGCGACGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGCTTGTTTGGCATTGGTGGCG > NC_002947/2083128‑2083422 | ccGCAGACGGGGTCAGCGGGTGGCGACGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTG > 6:32197‑M1/1‑149 (MQ=255) gACGGGGTCAGCGGGTGGCGACGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCtgtg > 7:197932/1‑149 (MQ=255) ggggTCAGCGGGTGGCGACGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGt > 3:203090/1‑149 (MQ=255) ggTCAGCGGGTGGCGACGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGttt < 2:210858/149‑1 (MQ=255) gggTGGCGACGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGc > 1:390974/1‑148 (MQ=255) cGACGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGgcggggaaacgcacagcagcgca < 5:316238‑M1/149‑24 (MQ=255) gACGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCcagcgca < 1:12654‑M2/148‑8 (MQ=255) cGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGgcggggaaacgcacagcagcgcacaa < 3:323710‑M1/149‑27 (MQ=255) gggCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGgcggggaaacgcacagcagcgcacaat < 3:390383‑M1/149‑28 (MQ=255) cggcggcAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGgcggggaaacgcacagcagcgcacaatggc < 3:210088‑M1/149‑31 (MQ=255) cggcggcAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGgcggggaaacgcacagcagcgcacaatgg > 4:210088‑M1/1‑119 (MQ=255) aaaaGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCt > 6:172029/1‑149 (MQ=255) aaaaGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCt > 2:75195/1‑149 (MQ=255) aaaGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTc < 8:197932/149‑1 (MQ=255) cTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCat > 3:53096/1‑149 (MQ=255) ggTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTg < 2:275475/149‑1 (MQ=255) ggTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTg < 3:309579/149‑1 (MQ=255) aGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAgg < 5:172029/149‑1 (MQ=255) caTCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGa < 3:78536/149‑1 (MQ=255) aTCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGAc > 4:153713/1‑149 (MQ=255) gAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAg < 3:153713/149‑1 (MQ=255) gAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGcc < 1:75195/149‑1 (MQ=255) gAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGcc > 1:67713/1‑149 (MQ=255) aaTTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATc < 2:390974/148‑1 (MQ=255) tcAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGgttgtt > 6:156269/1‑149 (MQ=255) gggTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGta < 4:53096/149‑1 (MQ=255) tCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATc < 6:27112/148‑1 (MQ=255) gCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTCTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATAGTGCTGGGCGCAg > 5:399497/1‑149 (MQ=255) cTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGgcggggaaacgcacagcagcgc < 7:153647‑M1/59‑23 (MQ=255) cTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGgcggggaaacgcacagcagcgc > 8:153647‑M1/1‑37 (MQ=255) cTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGgttgtt > 2:357619/1‑124 (MQ=255) cTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGgttgtt < 1:357619/124‑1 (MQ=255) ttttGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCAc > 1:366205/1‑149 (MQ=255) ttGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCa > 5:209349/1‑149 (MQ=255) gCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCAt < 4:203090/148‑1 (MQ=255) gAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATggg > 7:382463/1‑149 (MQ=255) aaaaaCGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCGTAGGCACCATgggg > 4:275229/1‑149 (MQ=255) aaaaaCGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATgggg < 3:275229/149‑1 (MQ=255) aaaaaCGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGGATATCGTGCTGGGCGCAGCCATAGGCACCATgggg > 2:298130/1‑149 (MQ=255) aaaCGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGgttgtt < 4:27751/110‑1 (MQ=255) aaaCGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATgggggg > 7:119328/1‑149 (MQ=255) aaaCGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCGGATGATCGAGTGgttgtt > 3:27751/1‑110 (MQ=255) aaCGCACAGGCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATAGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGTGGCCCTGATGATCGTGTGGGTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGc < 5:32197/149‑1 (MQ=255) acaGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCNGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGCTTGtt > 1:34419/1‑149 (MQ=255) acaGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGCTTGtt > 1:28319/1‑149 (MQ=255) aGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGCTTGTTTg > 5:273595/1‑149 (MQ=255) aGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGCTTGTTTg < 5:156269/149‑1 (MQ=255) gCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCcagcgcacaatggctgtgcgtttttcgcaaaagcaaggcagccatgagccccgataccctgaccgaccaattgagcctgttcctcgatgtgctggaaaccggcagcttttctgccgccg < 3:210088‑M2/149‑120 (MQ=255) ccATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCcagcgcacaatggctgtgcgtttttcgcaaaagcaaggcagccatgagccccgataccctgaccgaccaattgagcctgttcctcgatgtgctggaaaccggcagcttttctgccgccg > 4:210088‑M2/1‑29 (MQ=255) aTTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCcagcgcacaatggctgtgcgtttttcgcaaaagcaaggcagccatgagccccgataccctgaccgaccaattgagcctgttcctcgatgtgctggaaaccggcagcttttctgccgccgccc < 3:390383‑M2/149‑123 (MQ=255) ttGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCcagcgcacaatggctgtgcgtttttcgcaaaagcaaggcagccatgagccccgataccctgaccgaccaattgagcctgttcctcgatgtgctggaaaccggcagcttttctgccgccgcccg < 3:323710‑M2/149‑124 (MQ=255) tgCGCTGgcggggaaacgcacagcagcgcacaatggctgtgcgtttttcgcaaaagcaaggcagccatgagccccgataccctgaccgaccaattgagcctgttcctcgatgtgctggaaaccggcagcttttctgccgccgcccgtc < 1:12654‑M1/148‑142 (MQ=255) tgCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCcagcgcacaatggctgtgcgtttttcgcaaaagcaaggcagccatgagccccgataccctgaccgaccaattgagcctgttcctcgatgtgctggaaaccggcagcttttctgccgccgcccgtcg < 5:316238‑M2/149‑127 (MQ=255) gcgcTGCTGTGCGTTTCCCCGCcagcgcacaatggctgtgcgtttttcgcaaaagcaag < 7:153647‑M2/59‑38 (MQ=255) gcgcTGCTGTGCGTTTCCCCGCcagcgcacaatggctgtgcgtttttcgcaaaagcaag > 8:153647‑M2/1‑22 (MQ=255) gctgctGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGCTTGTTTGGCATtg < 1:51385/144‑1 (MQ=255) gctgctGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGCTTGTTTGGCATtg > 2:51385/1‑144 (MQ=255) ctgctgTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGCTTGTTTGGCATTGGTGGCg > 5:318573/1‑149 (MQ=255) | CCGCAGACGGGGTCAGCGGGTGGCGACGGGCGGCGGCAGAAAAGCTGCCGGTTTCCAGCACATCGAGGAACAGGCTCAATTGGTCGGTCAGGGTATCGGGGCTCATGGCTGCCTTGCTTTTGCGAAAAACGCACAGCCATTGTGCGCTGCTGTGCGTTTCCCCGCCAGCGCACAATCGTTAGCATGCTCGCATTATTGGTACAGGCGGACGAGGCCCTGATGATCGAGTGGTTGTTGTATATCGTGCTGGGCGCAGCCCTAGGCACCATGGGGGGCTTGTTTGGCATTGGTGGCG > NC_002947/2083128‑2083422 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |