New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2954950 = | 42 (0.650) | 3 (0.050) | 3/246 | NT | 6.8% | coding (173/843 nt) | PP_2587 | LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2955026 = | 43 (0.710) | coding (249/843 nt) | PP_2587 | LuxR family transcriptional regulator |
CAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGA > NC_002947/2954802‑2955094 | cAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGtt < 4:71769/149‑1 (MQ=255) caggatgtagttgagttcatcctccaggtgcgagtggcggtagaacgattggtagtactcgctgacctcgaagtggtcgggtgccacttcgaacaggccgtaacaaccggattcgacctgttccacacaagcaccgtagaacgggTc > 6:78544‑M1/146‑147 (MQ=255) gAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAgg < 8:128503/148‑1 (MQ=255) cACCGAGGCGATCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTgg > 4:340007/1‑148 (MQ=255) cGAGGCGATCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGc > 4:126950/1‑149 (MQ=255) gCGATCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGa < 1:201278/149‑1 (MQ=255) gATCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCGCGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAgg > 2:367161/1‑149 (MQ=255) gATCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAgg < 4:225833/149‑1 (MQ=255) tCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACa > 1:147033/1‑126 (MQ=255) tCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACa < 2:147033/126‑1 (MQ=255) ggccggccGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCaa < 4:373923/149‑1 (MQ=255) ggccggccGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCa < 7:184839/148‑1 (MQ=255) ccggccggGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATg > 2:194877/1‑149 (MQ=255) gccggGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCa < 8:154530/149‑1 (MQ=255) ccggGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTgg > 6:48882/1‑129 (MQ=255) ccggGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTgg < 5:48882/129‑1 (MQ=255) tGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTAc < 3:126950/148‑1 (MQ=255) tGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTAc < 5:6317/148‑1 (MQ=255) aGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑ATCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCggg < 7:150976/149‑1 (MQ=255) cTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGgc < 2:186946/104‑1 (MQ=255) cTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGgc > 1:186946/1‑104 (MQ=255) tttGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCt < 5:245533/148‑1 (MQ=255) ctgcACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTg > 7:231879/1‑149 (MQ=255) tGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGAc > 5:391177/1‑149 (MQ=255) gtcgggtgccacttcgaacaggccgtaacaaccggattcgacctgttccacacaagcaccgtagaacgggTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGAcc > 7:117374‑M1/71‑148 (MQ=255) ggTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGACGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGAc < 3:137505/147‑1 (MQ=255) aTCCGGCCGATCCAGGCGACCGCGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTa < 1:367161/149‑1 (MQ=255) cGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGGACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCACTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACg < 5:406582/148‑1 (MQ=255) gCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTg > 8:209084/1‑149 (MQ=255) gCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTg > 6:54964/1‑149 (MQ=255) gATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCtt < 5:54964/149‑1 (MQ=255) ccACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAg > 6:263950/1‑149 (MQ=255) cACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCGAAGCAGGATGACAAGGCGCCATGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGCCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCAACGGTGCTTGTGTGGAACAg > 1:88413/1‑149 (MQ=255) aCGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGt < 3:340007/149‑1 (MQ=255) cGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTc < 2:88413/149‑1 (MQ=255) gattcgacctgttccacacaagcaccgtagaacgggTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTc < 5:395451‑M1/65‑1 (MQ=255) gattcgacctgttccacacaagcaccgtagaacgggTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTc > 6:395451‑M1/37‑101 (MQ=255) ctgtaccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCgg > 3:357412/1‑149 (MQ=255) taccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAAt < 4:129317/142‑1 (MQ=255) taccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAAt > 3:129317/1‑142 (MQ=255) taccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGgt < 2:382732/147‑1 (MQ=255) taccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAAGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGgtt < 8:209271/148‑1 (MQ=255) cGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTAAGATGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTAGTTAc > 7:146686/1‑149 (MQ=255) gATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCt > 4:114724/1‑149 (MQ=255) tGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGt < 8:231879/149‑1 (MQ=255) aTGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCg > 5:81595/1‑148 (MQ=255) ccTGTGCGCTGTTCG‑AGCATGATGACAAGTCGCCCTTGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGGCGCTACGTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGTCCCGTTCTACTGTGCTTGTGTGGAACATGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTg < 5:4690/149‑1 (MQ=255) gcTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCg > 7:30602/1‑149 (MQ=255) gcTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCg > 8:254490/1‑149 (MQ=255) cTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGa < 1:194877/149‑1 (MQ=255) tGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGgtt > 6:178235/1‑120 (MQ=255) tGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGgtt < 5:178235/120‑1 (MQ=255) | CAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATCGGCCGGCCGGGCTTTGCCGCCAGCCTGTTTGCTGCACTGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGA > NC_002947/2954802‑2955094 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |