New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2954950 = | 42 (0.650) | 3 (0.050) | 3/246 | NT | 6.8% | coding (173/843 nt) | PP_2587 | LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2955026 = | 43 (0.710) | coding (249/843 nt) | PP_2587 | LuxR family transcriptional regulator |
TGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTACCGCCACTCGCACCTGGAGGATGAACTCAACTACATCCTG > NC_002947/2954878‑2955170 | tGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGAc > 5:391177/1‑149 (MQ=255) gtcgggtgccacttcgaacaggccgtaacaaccggattcgacctgttccacacaagcaccgtagaacgggTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGAcc > 7:117374‑M1/71‑148 (MQ=255) ggTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGACGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGAc < 3:137505/147‑1 (MQ=255) aTCCGGCCGATCCAGGCGACCGCGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTa < 1:367161/149‑1 (MQ=255) cGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGGACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCACTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACg < 5:406582/148‑1 (MQ=255) gCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTg > 8:209084/1‑149 (MQ=255) gCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTg > 6:54964/1‑149 (MQ=255) gATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCtt < 5:54964/149‑1 (MQ=255) ccACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAg > 6:263950/1‑149 (MQ=255) cACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCGAAGCAGGATGACAAGGCGCCATGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGCCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCAACGGTGCTTGTGTGGAACAg > 1:88413/1‑149 (MQ=255) aCGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGt < 3:340007/149‑1 (MQ=255) cGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTc < 2:88413/149‑1 (MQ=255) ctgtaccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCgg > 3:357412/1‑149 (MQ=255) taccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAAt > 3:129317/1‑142 (MQ=255) taccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAAt < 4:129317/142‑1 (MQ=255) taccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGgt < 2:382732/147‑1 (MQ=255) taccCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAAGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGgtt < 8:209271/148‑1 (MQ=255) cGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTAAGATGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTAGTTAc > 7:146686/1‑149 (MQ=255) gATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCt > 4:114724/1‑149 (MQ=255) tGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGt < 8:231879/149‑1 (MQ=255) aTGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCg > 5:81595/1‑148 (MQ=255) ccTGTGCGCTGTTCG‑AGCATGATGACAAGTCGCCCTTGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGGCGCTACGTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGTCCCGTTCTACTGTGCTTGTGTGGAACATGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTg < 5:4690/149‑1 (MQ=255) gcTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCg > 8:254490/1‑149 (MQ=255) gcTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCg > 7:30602/1‑149 (MQ=255) cTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGa < 1:194877/149‑1 (MQ=255) tGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGgtt > 6:178235/1‑120 (MQ=255) tGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGgtt < 5:178235/120‑1 (MQ=255) ggtcgagcaggtagaagcccgacaggtagcggctgacattgccctcgggctgccagggcgccttgtcatcctgctcgaCCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGAc > 7:117374‑M2/79‑148 (MQ=255) GCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCg > 7:254490‑M1/1‑149 (MQ=255) CAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGa > 8:30602‑M1/1‑149 (MQ=255) AGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGaa > 5:322833‑M1/1‑128 (MQ=255) AGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGaa < 6:322833‑M1/128‑1 (MQ=255) gaagcccgacaggtagcggctgacattgccctcgggctgccagggcgccttgtcatcctgctcgaCCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATc > 6:395451‑M2/66‑101 (MQ=255) gaagcccgacaggtagcggctgacattgccctcgggctgccagggcgccttgtcatcctgctcgaCCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATc < 5:395451‑M2/36‑1 (MQ=255) aCAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGc < 6:391177/149‑1 (MQ=255) cAAGGGGCCATGGGAGCCCGTGTGCATTGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTTCTCGACCCGTTCTACTGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGTCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCg < 8:146686/149‑1 (MQ=255) cAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGc < 6:81595/148‑1 (MQ=255) aaGGCGCCCTGGCAGCCCGAGTGAAATGTCAGCCGCTCCCTGTCGGGCTTCTACCTGATCGACCCGTTCTACGCTTCTTGTGTGGAAACGGTCGAATCCGGTTGTTACGCCCTGTTCGAAGATGCACCCGACCCCTTAGAGGTAAGCGa > 6:316276/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGta > 3:112345/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCAGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGt > 2:363158/1‑148 (MQ=255) cccTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGtacta > 5:164548/1‑149 (MQ=255) cccGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGt > 8:239808/1‑148 (MQ=255) cccGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGt > 4:56236/1‑148 (MQ=255) gggCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTAcc < 4:357412/149‑1 (MQ=255) gggCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTAcc > 7:146762/1‑149 (MQ=255) tGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGa > 1:204485/1‑123 (MQ=255) tGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGa < 2:204485/123‑1 (MQ=255) ccTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTACCGCCACTCGCACCTgga < 5:263950/147‑1 (MQ=255) tCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTACCGCCACTCGCACCTGGGGGAt < 7:209084/147‑1 (MQ=255) tCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTACCGCCACTCGCACCTGGAGGAt < 7:239808/147‑1 (MQ=255) ggtcTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTAAGGTGCGTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTACCGCCACTCGGACCTGGAGGATGaa < 5:316276/145‑1 (MQ=255) gggCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATc > 2:363092/1‑54 (MQ=255) gggCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATc < 1:363092/54‑1 (MQ=255) ttCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTc > 1:185072/1‑90 (MQ=255) ttCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTc < 2:185072/90‑1 (MQ=255) ttCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTACCGCCACTCGCACCTGGAGGATGAACTCaa < 3:56236/149‑1 (MQ=255) gaCCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTACCGCCACTCGCACCTGGAGGATGAACTCAACTACATCCTg > 6:78544‑M2/3‑147 (MQ=255) | TGGGTGTGATCCGGCCGATCCAGGCGACCACGGTGTACCTGTACCCGCACGATGGCATGCCCTGTGCGCTGTTCG‑AGCAGGATGACAAGGCGCCCTGGCAGCCCGAGGGCAATGTCAGCCGCTACCTGTCGGGCTTCTACCTGCTCGACCCGTTCTACGGTGCTTGTGTGGAACAGGTCGAATCCGGTTGTTACGGCCTGTTCGAAGTGGCACCCGACCACTTCGAGGTCAGCGAGTACTACCAATCGTTCTACCGCCACTCGCACCTGGAGGATGAACTCAACTACATCCTG > NC_002947/2954878‑2955170 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |