New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4040473 = | 49 (0.750) | 3 (0.050) | 3/252 | NT | 5.7% | coding (361/948 nt) | PP_3561 | membrane protein |
? | NC_002947 | 4040529 = | 52 (0.840) | coding (417/948 nt) | PP_3561 | membrane protein |
ACCGGTGCTGGGCATGGCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGTTCGCCCGCCACGGTG > NC_002947/4040325‑4040616 | aCCGGTGCTGGGCATGGCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTg > 4:204518/1‑149 (MQ=255) cgtagcaccagcccccctgcgcagccgacgatcaacgggttggcgaagatcgcccgaagcaccgtggcgggcgaactgtgacgggcgctgaagcgggcaaacaccagtacgcagagcaggttgaccaagggcacgatggcagcgttgGc > 6:67984‑M1/148‑149 (MQ=255) cgtagcaccagcccccctgcgcagccgacgatcaacgggttggcgaagatcgcccgaagcaccgtggcgggcgaactgtgacgggcgctgaagcgggcaaacaccagtacgcagagcaggttgaccaagggcacgatggcagcgttgGc < 3:169522‑M1/2‑1 (MQ=255) tagcaccagcccccctgcgcagccgacgatcaacgggttggcgaagatcgcccgaagcaccgtggcgggcgaactgtgacgggcgctgaagcgggcaaacaccagtacgcagagcaggttgaccaagggcacgatggcagcgttgGCCa < 4:149934‑M1/4‑1 (MQ=255) tagcaccagcccccctgcgcagccgacgatcaacgggttggcgaagatcgcccgaagcaccgtggcgggcgaactgtgacgggcgctgaagcgggcaaacaccagtacgcagagcaggttgaccaagggcacgatggcagcgttgGCCa < 3:200243‑M1/4‑1 (MQ=255) ggTGCTGGGCATGGCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCa < 3:204518/149‑1 (MQ=255) tGGGCATGGCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTg > 8:187132/1‑149 (MQ=255) ggCATGGCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGc > 2:92500/1‑149 (MQ=255) atgcccagcACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCgg < 6:318523/142‑1 (MQ=255) gcaggCGCACGGATGCTCTCGCACCTTGCCTGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGTGAGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAAGAACTACATCGGTTACACCCTGGCTGCgg < 4:11485/145‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCgg < 5:320273/148‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCgg < 5:272379/148‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCgg < 2:331678/148‑1 (MQ=255) gCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCgg < 1:156906/148‑1 (MQ=255) ccGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCggg > 5:169088/1‑148 (MQ=255) gCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAgcg > 4:72/1‑149 (MQ=255) ttGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGTGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGc < 2:286684/148‑1 (MQ=255) cTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGc < 1:273393/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGCGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGccc < 7:272913/148‑1 (MQ=255) ttGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTgg < 8:71120/148‑1 (MQ=255) ccgtggcgggcgaactgtgacgggggctgaagcgggcaaacaccagtacgcagagcaggttgaccaagggcacgatggcagcgttgGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCt > 6:311624‑M1/87‑149 (MQ=255) tCAGGGCGCGGCGATCCATGAGGGTTCCGACTTCACTTTGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCTACAACTACATGGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGGAGCTCCGGGATTGCCCTGGCGGGGGTGGCCAACGCTGCGATc < 4:104662/148‑1 (MQ=255) tCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCg > 2:127383/1‑149 (MQ=255) ggcgAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGGCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTgg < 1:127383/149‑1 (MQ=255) ggcgAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTgg < 6:169088/149‑1 (MQ=255) gcgAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGt < 3:72/149‑1 (MQ=255) gAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCa > 8:27596/1‑134 (MQ=255) gAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCa < 7:27596/134‑1 (MQ=255) cgggcgctgaagcgggcaaacaccagtacgcagagcaggttgaccaagggcacgatggcagcgttgGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACg > 3:278482‑M1/67‑127 (MQ=255) cgggcgctgaagcgggcaaacaccagtacgcagagcaggttgaccaagggcacgatggcagcgttgGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACg < 4:278482‑M1/61‑1 (MQ=255) ccATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTgg < 1:29979/119‑1 (MQ=255) ccATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTgg > 2:29979/1‑119 (MQ=255) gTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGc > 6:44203/1‑149 (MQ=255) gTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGCGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGc < 5:245183/149‑1 (MQ=255) gCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCg > 3:377955/1‑148 (MQ=255) cGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTAc < 5:44203/149‑1 (MQ=255) acttcacttcGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTa < 6:385281/146‑1 (MQ=255) acttcacttcGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTa > 5:385281/1‑146 (MQ=255) cttcGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGttt > 3:63469/1‑149 (MQ=255) ttcGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTg > 4:61922/1‑149 (MQ=255) ttcGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGACAACCTGCTCTGCGTAc < 8:37859/140‑1 (MQ=255) ttcGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGACAACCTGCTCTGCGTAc > 7:37859/1‑140 (MQ=255) tgtTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGc < 3:61922/149‑1 (MQ=255) tgtTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGc < 2:110490/149‑1 (MQ=255) cAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCa < 7:187132/148‑1 (MQ=255) tATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGc > 7:174806/1‑113 (MQ=255) tATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGc < 8:174806/113‑1 (MQ=255) ccGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGTATTGCCCTGGCGGCGGTg > 7:137227/1‑76 (MQ=255) ccGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGTATTGCCCTGGCGGCGGTg < 8:137227/76‑1 (MQ=255) cGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCTCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAg > 5:359382/1‑149 (MQ=255) gCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGt > 8:39743/1‑149 (MQ=255) aacaacTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGTTcgcc > 4:352072/1‑149 (MQ=255) acaacTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGTTcgccc > 3:149934/1‑149 (MQ=255) aacTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGTTcgcccgc < 4:63469/149‑1 (MQ=255) tACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGTTCGCCCGCCAc > 4:99648/1‑149 (MQ=255) aCATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGTTCGCCCGCCACg > 6:291579/1‑149 (MQ=255) aCATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGTTCGCCCGCCACg > 8:224006/1‑149 (MQ=255) cATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGTTCGCCCGCCACgg > 7:375444/1‑149 (MQ=255) tCGGTGACAAACTCGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGACGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGACAACGCTGCCATCGTGCCCTTCGACAACCTGCTATCCGTACTGGTGTTTGCCCCCTTCCGCGACCGTCACAGTTCGCCCCCCACGGTg > 4:93055/1‑149 (MQ=255) | ACCGGTGCTGGGCATGGCCGGCGCACTGATGCTCTCGACCCTGGCCGGTGCCGTATTGCTGATGCTGTATCAGGGCGCGGCGAACCATGAGGGTGCCGACTTCACTTCGGTGTTTCAGGGCGGTATCCGCTTCAACAACTACATCGGTGCCACCCTGGCTGCGGGCATCTACGGCAGCGCCGGGATTGCCCTGGCGGCGGTGGCCAACGCTGCCATCGTGCCCTTGGTCAACCTGCTCTGCGTACTGGTGTTTGCCCGCTTCAGCGCCCGTCACAGTTCGCCCGCCACGGTG > NC_002947/4040325‑4040616 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |