New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4319235 | 39 (0.600) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 9.8% | coding (206/807 nt) | PP_3790 | diaminopimelate epimerase |
? | NC_002947 | = 4319255 | 37 (0.610) | coding (226/807 nt) | PP_3790 | diaminopimelate epimerase |
GTTTGATTGCTCCAAACCGATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCC > NC_002947/4319092‑4319381 | gTTTGATTGCTCCAAACCGATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGAGCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTg < 6:311010/149‑1 (MQ=255) tttGATTGCTCCAAACCGATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTgg < 8:199111/149‑1 (MQ=255) cTCCAAACCGATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACAGCGGGTAGCGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGATCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGc > 4:229423/1‑148 (MQ=255) tCCAAACCGATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCt > 7:126354/1‑149 (MQ=255) ccAAACCGATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTg > 4:43732/1‑149 (MQ=255) cAAACCGATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAtacgcaggccattacca > 5:156820‑M1/1‑132 (MQ=255) aaaCCGATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCg > 1:196543/1‑149 (MQ=255) gatgatTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttc < 3:115648‑M2/149‑4 (MQ=255) atgatTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttct < 3:12127‑M2/149‑5 (MQ=255) aCGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAtacgcaggccattaccacttttctctgcctg < 6:156820‑M1/148‑32 (MQ=255) aCGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGAAGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGc > 1:326020/1‑148 (MQ=255) tGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTtgt < 3:64288/148‑1 (MQ=255) gCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTtgtg < 6:353691/148‑1 (MQ=255) cgaccgacACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTggg < 8:358278/149‑1 (MQ=255) gaccgacACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAtacgcaggccattaccacttttctctgc > 4:93801‑M1/1‑107 (MQ=255) gaccgacACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAtacgcaggccattaccacttttctctgc < 3:93801‑M1/135‑29 (MQ=255) gaccgacACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGa > 6:417371/1‑149 (MQ=255) ccgacACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATc < 4:115648/149‑1 (MQ=255) acCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGaa > 2:373931/1‑148 (MQ=255) acCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGaa > 4:48680/1‑148 (MQ=255) ccGCGGGTTTGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGCACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGt < 8:249415/106‑1 (MQ=255) ccGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGCACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGt > 7:249415/1‑106 (MQ=255) cgcgGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAatat > 8:101184/1‑149 (MQ=255) gcgGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACCTGTGGGATCAGAATATc < 8:126354/149‑1 (MQ=255) gCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGTAAAGTGGTTATGGCCTGCGGTTTGTATGCCGCTTCTTGTTGGAAGAGAATATGGTTGCCGGttaa > 1:329342/1‑147 (MQ=255) gACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCAcc < 7:166881/149‑1 (MQ=255) aTACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCgg < 4:80595/137‑1 (MQ=255) aTACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCgg > 3:80595/1‑137 (MQ=255) ccGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGAc < 3:43732/149‑1 (MQ=255) aaaGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAgggg < 1:373931/148‑1 (MQ=255) gaagGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACTCAGAGTGTTCCCAGGCAGAGTAATTTGGTTATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGTTCTGAATTTGGTGGCCGGTTCACCCTTTTAAATATAGACCAAAggttttat < 2:196543/149‑7 (MQ=255) aagGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGGTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATc < 3:229423/149‑1 (MQ=255) agGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCg < 4:12127/149‑1 (MQ=255) aaCGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCAc < 2:326020/148‑1 (MQ=255) tCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAgg < 5:417371/148‑1 (MQ=255) ggTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTa < 3:48680/148‑1 (MQ=255) gTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACt > 4:169094/1‑149 (MQ=255) aTCTACAACACAGACGGATCACAGGCAGAGAAAACTGGTAATGGCCTGCGTATACTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCATTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACaa > 5:178353/1‑149 (MQ=255) aacaCAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACggg > 1:205520/1‑147 (MQ=255) aacaCAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACgg > 2:171697/1‑146 (MQ=255) aacaCAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACgg < 1:171697/146‑1 (MQ=255) acaGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGAGCAGAATTTCGTGGCCGGTTCACGCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCg > 8:354686/1‑149 (MQ=255) aGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACgg < 6:175986/141‑1 (MQ=255) aGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACgg > 5:175986/1‑141 (MQ=255) aCGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCGAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGAtt > 6:378985/1‑149 (MQ=255) aCGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGAtt > 4:145118/1‑149 (MQ=255) cAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttctctgcctgggaaccgtctgtgttgtagatccgtaccgacaaccgttcaccttctttgatcaccggcaccagtatgccgtcgctgcccaacccgcggtgtcggtcgcaaatacgt < 6:156820‑M2/148‑118 (MQ=255) gCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttctctgcctgggaaccgtctgtgttgtagatccgtaccgacaaccgttcaccttctttgatcaccggcaccagtatgccgtcgctgcccaacccgcggtgtcggtc > 4:93801‑M2/1‑28 (MQ=255) gCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttctctgcctgggaaccgtctgtgttgtagatccgtaccgacaaccgttcaccttctttgatcaccggcaccagtatgccgtcgctgcccaacccgcggtgtcggtc < 3:93801‑M2/135‑108 (MQ=255) agaAtacgcaggccattaccacttttctctgcctgggaaccgtctgtgttgtagatccgtaccgacaaccgttcaccttctttgatcaccggcaccagtatgccgtcgctgcccaacccgcggtgtcggtcgcaaatacgtgaaatcat < 3:12127‑M1/149‑146 (MQ=255) gaAtacgcaggccattaccacttttctctgcctgggaaccgtctgtgttgtagatccgtaccgacaaccgttcaccttctttgatcaccggcaccagtatgccgtcgctgcccaacccgcggtgtcggtcgcaaatacgtgaaatcatc < 3:115648‑M1/149‑147 (MQ=255) aaaaGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGc > 6:133392/1‑147 (MQ=255) | GTTTGATTGCTCCAAACCGATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCC > NC_002947/4319092‑4319381 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |