New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4319235 | 39 (0.600) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 9.8% | coding (206/807 nt) | PP_3790 | diaminopimelate epimerase |
? | NC_002947 | = 4319255 | 37 (0.610) | coding (226/807 nt) | PP_3790 | diaminopimelate epimerase |
GATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCCAGGCTGCTTTTGCCAATAC > NC_002947/4319110‑4319400 | gatgatTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttc < 3:115648‑M2/149‑4 (MQ=255) atgatTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttct < 3:12127‑M2/149‑5 (MQ=255) aCGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGAAGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGc > 1:326020/1‑148 (MQ=255) tGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTtgt < 3:64288/148‑1 (MQ=255) gCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTtgtg < 6:353691/148‑1 (MQ=255) cgaccgacACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTggg < 8:358278/149‑1 (MQ=255) gaccgacACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGa > 6:417371/1‑149 (MQ=255) ccgacACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATc < 4:115648/149‑1 (MQ=255) acCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGaa > 2:373931/1‑148 (MQ=255) acCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGaa > 4:48680/1‑148 (MQ=255) cgcgGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAatat > 8:101184/1‑149 (MQ=255) gcgGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACCTGTGGGATCAGAATATc < 8:126354/149‑1 (MQ=255) gCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGTAAAGTGGTTATGGCCTGCGGTTTGTATGCCGCTTCTTGTTGGAAGAGAATATGGTTGCCGGttaa > 1:329342/1‑147 (MQ=255) gACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCAcc < 7:166881/149‑1 (MQ=255) aTACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCgg < 4:80595/137‑1 (MQ=255) aTACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCgg > 3:80595/1‑137 (MQ=255) ccGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGAc < 3:43732/149‑1 (MQ=255) aaaGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAgggg < 1:373931/148‑1 (MQ=255) gaagGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACTCAGAGTGTTCCCAGGCAGAGTAATTTGGTTATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGTTCTGAATTTGGTGGCCGGTTCACCCTTTTAAATATAGACCAAAggttttat < 2:196543/149‑7 (MQ=255) aagGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGGTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATc < 3:229423/149‑1 (MQ=255) agGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCg < 4:12127/149‑1 (MQ=255) aaCGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCAc < 2:326020/148‑1 (MQ=255) tCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAgg < 5:417371/148‑1 (MQ=255) ggTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTa < 3:48680/148‑1 (MQ=255) gTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACt > 4:169094/1‑149 (MQ=255) aTCTACAACACAGACGGATCACAGGCAGAGAAAACTGGTAATGGCCTGCGTATACTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCATTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACaa > 5:178353/1‑149 (MQ=255) aacaCAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACggg > 1:205520/1‑147 (MQ=255) aacaCAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACgg < 1:171697/146‑1 (MQ=255) aacaCAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACgg > 2:171697/1‑146 (MQ=255) acaGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGAGCAGAATTTCGTGGCCGGTTCACGCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCg > 8:354686/1‑149 (MQ=255) aGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACgg > 5:175986/1‑141 (MQ=255) aGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACgg < 6:175986/141‑1 (MQ=255) aCGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCGAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGAtt > 6:378985/1‑149 (MQ=255) aCGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGAtt > 4:145118/1‑149 (MQ=255) cAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttctctgcctgggaaccgtctgtgttgtagatccgtaccgacaaccgttcaccttctttgatcaccggcaccagtatgccgtcgctgcccaacccgcggtgtcggtcgcaaatacgt < 6:156820‑M2/148‑118 (MQ=255) gCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttctctgcctgggaaccgtctgtgttgtagatccgtaccgacaaccgttcaccttctttgatcaccggcaccagtatgccgtcgctgcccaacccgcggtgtcggtc > 4:93801‑M2/1‑28 (MQ=255) gCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTAttctctgcctgggaaccgtctgtgttgtagatccgtaccgacaaccgttcaccttctttgatcaccggcaccagtatgccgtcgctgcccaacccgcggtgtcggtc < 3:93801‑M2/135‑108 (MQ=255) aaaaGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGc > 6:133392/1‑147 (MQ=255) tGGTAATGGCCTGCGTAttctctgcctgggaaccgtctgtgttgtagatccgtaccgacaaccgttcaccttctttgatcaccggcaccagtatgccgtcgctgcccaacccgcggtgtcggtcgcaaatacgtgaaatcatcggtttg > 5:156820‑M2/1‑17 (MQ=255) gTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCCAGgctgct > 1:291416/1‑149 (MQ=255) aaTGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCCAGGCTGCttt > 4:293163/1‑149 (MQ=255) gacTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCCAGGCTGCTTTTGc < 3:169094/146‑1 (MQ=255) gCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCCAGGCTGCTTTTGc < 2:329342/148‑1 (MQ=255) cTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCGAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCCAGGCTGGTTTTGCCaa > 7:359727/1‑149 (MQ=255) cGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCCAGGCTGCTTTTGCCAATAc < 3:145118/149‑1 (MQ=255) | GATGATTTCACGTATTTGCGACCGACACCGCGGGTTGGGCAGCGACGGCATACTGGTGCCGGTGATCAAAGAAGGTGAACGGTTGTCGGTACGGATCTACAACACAGACGGTTCCCAGGCAGAGAAAAGTGGTAATGGCCTGCGTATTCTCTGCCGCTACTTGTGGGATCAGAATATCGTGGCCGGTTCACCCTTTGAAATATCGACCAAAGGGGGGATCGTCACCTGCCAGGTACTCGACAACGGGCAGCGGATTTCGATCGCCATGGGCCAGGCTGCTTTTGCCAATAC > NC_002947/4319110‑4319400 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |