New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 230790 | 73 (1.120) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 5.3% | coding (451/1419 nt) | PP_0179 | putative efflux transporter |
? | NC_002947 | = 230851 | 75 (1.230) | coding (512/1419 nt) | PP_0179 | putative efflux transporter |
CGAGAAGGTGCCGGTAGCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGCTCGGCCAACGAGGAATACCACATTGCCCGTGAGTCCCTCGATTTGCAGGAGCAAAGCGT‑GAAACTCAACCAGCGCCTGCGCGATGCTGGGCGTGGCGA > NC_002947/230708‑230992 | cGAGAAGGTGCCGGTAGCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATcacgc < 4:243043‑M2/149‑6 (MQ=255) agaAGGTGCCGGTAGCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATcacgctt > 7:77530‑M2/1‑142 (MQ=255) agaAGGTGCCGGTAGCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATcacgctt > 8:213767‑M2/1‑142 (MQ=255) ggTGCCGGTAGCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGGGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTgg < 2:336345/149‑1 (MQ=255) gTGCCGGTAGCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGc > 2:47475/1‑149 (MQ=255) ggTAGCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACg > 8:84093/1‑149 (MQ=255) gTAGCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGt < 6:44352/149‑1 (MQ=255) gTAGCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTCCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGt < 2:293348/149‑1 (MQ=255) gCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATcacgctt < 5:185652‑M2/135‑8 (MQ=255) gCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATcacgctt > 6:185652‑M2/1‑128 (MQ=255) gCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTgg < 7:84093/148‑1 (MQ=255) gCCAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGt < 5:48117/149‑1 (MQ=255) gCCAACATCCGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTgg < 7:332617/148‑1 (MQ=255) cAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTc > 4:300840/1‑148 (MQ=255) cAACATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGCCAGCTGCCGCCACTGCCCGCATCACGCTTGAGGCGGACGTGGTc > 2:70972/1‑148 (MQ=255) aaCATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCaa < 2:72067/149‑1 (MQ=255) aaCATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGACGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTc > 8:90486/1‑147 (MQ=255) cATCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAgg < 8:121400/149‑1 (MQ=255) aTCGGTGAGGCCATCATCAGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTCGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGc < 5:73764/149‑1 (MQ=255) 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tcaGTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGc > 8:23068/1‑149 (MQ=255) gTGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGCTCg > 4:326899/1‑149 (MQ=255) tGCTTCGTACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGCTCgg < 7:23068/149‑1 (MQ=255) tACCAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGTCAAATGCCGAAGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCAACACGCTAGTGGCGGACGAGGTCAAGGCTTATACCCAGGTCTGATCGGCCAACGa > 4:16583/1‑149 (MQ=255) ccAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGCTCGGCCAACGAgg < 2:17308/149‑1 (MQ=255) ccAGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGCTCGGCCAACGAg < 8:185070/148‑1 (MQ=255) aGTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGCTCGGCCAACGAGGaa < 3:164325/149‑1 (MQ=255) gTTCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGCTCGGCCAACGAGGaa > 5:229793/1‑148 (MQ=255) ttCGACCTGTGGGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGCTCGGCCAACGAGGAATa > 1:155702/1‑149 (MQ=255) cGACCTGTGTGGCACCTTCAAGCGTGGTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTGGTCAAGGCTTATACCCAGGTGTGCTCGGCCAACGAGGAATAc < 3:326899/148‑1 (MQ=255) cGACCTGTGGGGCACCTTCAAGGGT‑GTACCGAGGCTGCCAAGGCAAATGCCGACGCGGTGCAGGCCGCTGCCGACACTGCCCGCATCACGCTTGTGGCGGACGTg > 2:396957/1‑105 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |