| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 317963 = | 59 (0.910) | 5 (0.080) | 5/258 | NT | 7.1% | coding (1779/1815 nt) | PP_0264 | sensor histidine kinase |
| ? | NC_002947 | 318058 = | 73 (1.150) | coding (1684/1815 nt) | PP_0264 | sensor histidine kinase | |||||
ATCAGTGTCTCGGTGGTCATGCCGAGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCGG > NC_002947/317911‑318204 | aTCAGTGTCTCGGTGGTCATGCCGAGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCtt < 1:366563/149‑1 (MQ=255) tCAGTGTCTCGGTGGTCATGCCGAGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCttt < 1:207465/149‑1 (MQ=255) tCAGTGTCTCGGTGGTCATGCAGAGGGTTACTCAGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCGGCT‑GGAGAGGCAGCATTGCGCCACGGTCCGGGGGGGTGGGCAGCAGCAGTTGCCCGGCGAGGGGGCGGATCAGGCttt > 6:316950/1‑149 (MQ=255) cAGTGTCTCGGTGGTCATGCCGAGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCttt > 7:318854/1‑148 (MQ=255) accaagacccgcacccagggcctgggcctggggctggccatctgtgaaaGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTca > 6:32450‑M1/50‑149 (MQ=255) aGTGTCTCGGTGGTCATGCCGAGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTca < 3:330847/149‑1 (MQ=255) aGTGTCTCGGTGGTCATGCCGAGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTca < 3:196237/149‑1 (MQ=255) caagacccgcacccagggcctgggcctggggctggccatctgtgaaaGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTca < 5:414478‑M1/100‑1 (MQ=255) gacccgcacccagggcctgggcctggggctggccatctgtgaaaGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGAt > 6:414478‑M1/45‑149 (MQ=255) gtGCCGAGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGccc < 8:231789/147‑1 (MQ=255) aGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCcccaggccc > 6:76008/1‑149 (MQ=255) aGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCcccaggcc > 5:311407/1‑148 (MQ=255) ggTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAACcccaggcccagg > 5:165096/1‑149 (MQ=255) ctccGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCt < 8:33756/149‑1 (MQ=255) tccGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCCGGTGCTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCATg > 5:126575/1‑149 (MQ=255) ccGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCACTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTgg < 6:125650/149‑1 (MQ=255) cGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTgg < 8:318854/148‑1 (MQ=255) cGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTgg < 5:76008/148‑1 (MQ=255) 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ggCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCggg < 1:207048/148‑1 (MQ=255) ggCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGt > 2:74001/1‑149 (MQ=255) atctgtgaaagcctgatgcgcgccctgggcggtgaactgctgctggccaaccacccggaaggtggcgcaatgctgactctccagctgcgggtggccgcatctggcTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTc > 6:414478‑M2/106‑149 (MQ=255) aaaGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCtt < 1:74001/149‑1 (MQ=255) aaGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGGGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCCTCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTtg < 8:206331/149‑1 (MQ=255) tgaaagcctgatgcgcgccctgggcggtgaactgctgctggccaaccacccggaaggtggcgcaatgctgactctccagctgcgggtggccgcatctggcTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTtggt > 6:32450‑M2/101‑149 (MQ=255) tgaaagcctgatgcgcgccctgggcggtgaactgctgctggccaaccacccggaaggtggcgcaatgctgactctccagctgcgggtggccgcatctggcTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTtg < 5:414478‑M2/47‑1 (MQ=255) cgcCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGGcctgggcctggggctg < 2:36756/136‑5 (MQ=255) cgcCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGgtggtg < 2:404791/149‑1 (MQ=255) cgcCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGACAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGGcctgggcctggggctg > 1:36756/1‑132 (MQ=255) 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t‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCCGGCCCGGGGTGGGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTc > 1:200806/1‑149 (MQ=255) gagTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAgg > 3:80307/1‑149 (MQ=255) gagTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAgg > 1:324286/1‑149 (MQ=255) gCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTgg < 2:276388/149‑1 (MQ=255) cATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTggc < 2:181180/149‑1 (MQ=255) ttGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTggcgg < 8:209532/149‑1 (MQ=255) cgcCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCt > 7:135215/1‑148 (MQ=255) gcCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGc < 7:286563/126‑1 (MQ=255) gcCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGc > 8:286563/1‑126 (MQ=255) aCCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCCTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGc > 7:257636/1‑149 (MQ=255) cTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑g > 3:213926/1‑149 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tCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAgg > 3:195815/1‑147 (MQ=255) cGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACg < 3:277224/149‑1 (MQ=255) gCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACg > 7:352816/1‑148 (MQ=255) cccAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAgg > 7:171317/1‑99 (MQ=255) cccAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAgg < 8:171317/99‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAg < 3:78445/149‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCGCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAg > 1:337746/1‑149 (MQ=255) ccAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAACCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAg < 6:165096/149‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGt > 1:184899/1‑149 (MQ=255) ggCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGtcat < 2:184899/149‑1 (MQ=255) gcgcATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCAc > 8:159538/1‑149 (MQ=255) cgcATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACg < 2:115005/149‑1 (MQ=255) aTCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACgctg > 5:55811/1‑149 (MQ=255) ggcTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCg < 7:159538‑M2/146‑1 (MQ=255) gcTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCgg > 1:382547‑M2/3‑149 (MQ=255) gcTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCgg < 6:265369‑M2/147‑1 (MQ=255) cTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCgg < 1:100835‑M2/148‑1 (MQ=255) | ATCAGTGTCTCGGTGGTCATGCCGAGGGGTCCTCCGAATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCT‑GGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCC‑GGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCGG > NC_002947/317911‑318204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |