New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1975504 | 50 (0.770) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 6.0% | coding (436/1104 nt) | pheA | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase |
? | NC_002947 | = 1975538 | 46 (0.750) | coding (470/1104 nt) | pheA | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase |
TTCACCCAGGCGGCGGCCATGAAGCACTTCGGCCACGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTG > NC_002947/1975390‑1975685 | ttCACCCAGGCGGCGGCCATGAAGCACTTCGGCCACGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAg > 3:324556/1‑149 (MQ=255) ttCACCCAGGCGGCGGCCATGAAGCACTTCGGCCACGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAg > 3:201537/1‑149 (MQ=255) cACCCAGGCGGCGGCCATGAAGCACTTCGGCCATGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGc > 2:395501‑M2/1‑147 (MQ=255) cccAGGCGGCGGCCATGAAGCACTTCGGCCACGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGcca < 4:108615‑M2/148‑4 (MQ=255) cAGGCGGCGGCCATGAAGCACTTCGGCCACGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGccacac < 6:12012‑M2/149‑7 (MQ=255) aGGCGGCGGCCATGAAGCACTTCGGCCACGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGccacacc < 8:143970‑M2/149‑8 (MQ=255) aaGCACTTCGGCCACGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTcc < 6:185604/148‑1 (MQ=255) aCTTCGGCCACGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTACCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAg < 8:142497/149‑1 (MQ=255) aTCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCGTGTACCGTCAATATGGGTGAGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGAttt < 1:130346/149‑1 (MQ=255) aGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCgg > 5:124801/1‑149 (MQ=255) aGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCg < 1:402468/148‑1 (MQ=255) ggCCGATGGCGGCCATCGACGTAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAg < 3:287312/149‑1 (MQ=255) ggCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAg > 5:137756/1‑149 (MQ=255) ccGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGt > 3:150163/1‑149 (MQ=255) cGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTc < 8:214313/149‑1 (MQ=255) aTGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGa < 4:201537/149‑1 (MQ=255) gcggcCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCt < 5:12012/149‑1 (MQ=255) ggcCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGc < 7:143970/149‑1 (MQ=255) ggcCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGc < 6:124801/149‑1 (MQ=255) aTCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTAt > 8:290009/1‑149 (MQ=255) tCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATc < 7:113615/149‑1 (MQ=255) acgaAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATccac > 4:371684/1‑149 (MQ=255) acgaAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATccac < 6:291772/149‑1 (MQ=255) gaAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAg > 5:6470/1‑129 (MQ=255) gaAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAg < 6:6470/129‑1 (MQ=255) aaGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATccaccac < 3:108615/149‑1 (MQ=255) aGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATccaccacc < 3:371684/149‑1 (MQ=255) ttCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTGAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTg > 1:218227/1‑116 (MQ=255) ttCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTg < 2:218227/116‑1 (MQ=255) aaGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCtggt < 4:338544/148‑1 (MQ=255) aaGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCtggt < 4:150163/148‑1 (MQ=255) ggcggcCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCAGCAGGtggtg‑gtgg < 6:137756/149‑4 (MQ=255) gcggcCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCga < 5:171046/149‑1 (MQ=255) gTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGAc > 6:348049/1‑149 (MQ=255) gTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGAc > 2:64172/1‑149 (MQ=255) tCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTc > 8:12890/1‑101 (MQ=255) tCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTc < 7:12890/101‑1 (MQ=255) tCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGAcc > 8:105414/1‑149 (MQ=255) cAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGAcc > 2:314849/1‑148 (MQ=255) cTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACa < 7:290009/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGccacaccgaagttgacggcaccggccgccacttcacggaacacttcgtcgatggccgccatcggccgactgatcaccgcgtggccgaagtgcttcatggccgccg < 8:78111‑M2/149‑106 (MQ=255) ttCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAg > 7:205344/1‑149 (MQ=255) cGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGccacaccgaagttgacggcaccggccgccacttcacggaacacttcgtcgatggccgccatcggccgactgatcaccgcgtggccgaagtgcttcatggccgccgcc < 3:293529‑M2/149‑108 (MQ=255) gtgtGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATc > 3:270663/1‑149 (MQ=255) tgCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGc < 4:324556/149‑1 (MQ=255) ccGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGccacaccgaagttgacggcaccggccgccacttcacggaacacttcgtcgatggccgccatcggccgactgatcaccgcgtggccgaagtgcttcatggccgccgcctgggtgaag > 7:78111‑M2/1‑32 (MQ=255) cGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATc < 7:105414/149‑1 (MQ=255) cGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATc < 1:64172/149‑1 (MQ=255) ggTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCCGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGGATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATc > 8:76071/1‑148 (MQ=255) gAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTc > 3:232515/1‑149 (MQ=255) cACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGcc > 5:223457/1‑148 (MQ=255) gAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTc > 5:315998/1‑149 (MQ=255) gTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTGAGGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCt < 1:314849/149‑1 (MQ=255) cGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGTGAGAACACCaa > 3:261738/1‑103 (MQ=255) cGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGTGAGAACACCaa < 4:261738/103‑1 (MQ=255) gTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGcc > 1:41364/1‑147 (MQ=255) gTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCa < 4:232515/149‑1 (MQ=255) aGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTg > 8:238030/1‑149 (MQ=255) aGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTg < 4:270663/149‑1 (MQ=255) | TTCACCCAGGCGGCGGCCATGAAGCACTTCGGCCACGCGGTGATCAGTCGGCCGATGGCGGCCATCGACGAAGTGTTCCGTGAAGTGGCGGCCG‑GTGCCGTCAACTTCGGTGTGGTGCCGGTGGAAAACTCCACTGAAGGTGCGGTCAGCCACACCCTGGACAGCTTCCTCGAGCATGACATGGTGATTTGCGGTGAGGTCGAGCTGCGTATCCACCACCACCTGCTGGTG‑GGCGAGAACACCAAGACCGACAGCATCACCCGCATCTACTCCCACGCCCAGTCGCTGGCCCAGTG > NC_002947/1975390‑1975685 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |