New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2084301 | 53 (0.810) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 5.8% | coding (676/852 nt) | PP_1863 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 2084335 | 47 (0.760) | coding (642/852 nt) | PP_1863 | LysR family transcriptional regulator |
ACTGCGCACCAGCATTACATTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGCTGTTCGTGTGGGCAAAAGCCTTCTGCCGCGGC > NC_002947/2084188‑2084475 | aCTGCGCACCAGCATTACATTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTACCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTg < 7:176437‑M2/149‑2 (MQ=255) tGCGCACCAGCATTACATTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTggg < 2:304915‑M2/149‑4 (MQ=255) aCCAGCATTACATTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGgt < 2:409126/149‑1 (MQ=255) aCCAGCATTACATTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGgt < 5:20099/149‑1 (MQ=255) gCATTACATTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAg > 5:23866/1‑149 (MQ=255) aTTACATTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGc < 6:405598/149‑1 (MQ=255) aCATTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCaa < 5:138768/148‑1 (MQ=255) aTTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATAc > 2:383325/1‑149 (MQ=255) cATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑t > 2:217732/1‑149 (MQ=255) gCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATg < 4:170278/149‑1 (MQ=255) ggCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGc < 5:105191/149‑1 (MQ=255) gCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGcc > 8:25458/1‑149 (MQ=255) cTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAgg > 7:228353/1‑117 (MQ=255) cTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAgg < 8:228353/117‑1 (MQ=255) ttCGCTCTCACCCAGAATGCGGATATTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAgcg > 2:31202/1‑149 (MQ=255) gCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTACCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCAt < 8:176437/149‑1 (MQ=255) tctcACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGCAGCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCAtt > 1:293096/1‑149 (MQ=255) tctcACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTg > 4:159573/1‑149 (MQ=255) aCCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCTGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGGTGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAg < 1:217807/148‑1 (MQ=255) aCCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAgg > 2:371573/1‑149 (MQ=255) ccAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGATCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTc > 1:289002/1‑149 (MQ=255) gAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAg < 6:23866/149‑1 (MQ=255) cGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGgcgc < 3:159573/148‑1 (MQ=255) cGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGgcgc < 1:360140/148‑1 (MQ=255) ggATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGCGGCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAgg > 1:48701/1‑139 (MQ=255) ggATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAgg < 2:48701/138‑1 (MQ=255) gATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGa > 5:272538/1‑148 (MQ=255) gATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGAc < 1:383325/149‑1 (MQ=255) ttGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGaa < 2:289002/149‑1 (MQ=255) tGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGaa < 7:25458/148‑1 (MQ=255) ccccGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAg > 7:129914/1‑149 (MQ=255) ccccGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGACCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGTCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAg > 5:282460/1‑149 (MQ=255) cccGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACGGAAGCAGt > 5:359347/1‑149 (MQ=255) ccGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAACTCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGt < 1:304915/149‑1 (MQ=255) ccGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGgc < 6:22615/134‑1 (MQ=255) ccGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGgc > 5:22615/1‑134 (MQ=255) aGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGc < 2:293096/149‑1 (MQ=255) gcgGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGg‑t > 8:256806/1‑131 (MQ=255) atcgTCACCGCCGGGCTGGCAGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGaacaac < 1:52476/138‑1 (MQ=255) atcgTCACCGCCGGGCTGGCAGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGaacaac > 2:52476/4‑141 (MQ=255) cgGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCgg > 1:134395/1‑148 (MQ=255) tGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTgggctggcagtgaccgcgcagctgcagagcctgatcgggggcaacatccgcattctgggtgagagcgaagggctgccgcagttgcccatggccaat > 7:150006‑M2/1‑43 (MQ=255) tGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTgggctggcagtgaccgcgcagctgcagagcctgatcgggggcaacatccgcattctgggtgagagcgaagggctgccgcagttgcccatggccaat < 8:150006‑M2/139‑97 (MQ=255) gCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGCACAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGcc > 1:266625/1‑149 (MQ=255) ccAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGcc < 1:217732/147‑1 (MQ=255) ccAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGc < 6:272538/149‑1 (MQ=255) cAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACGGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGCt < 6:359347/149‑1 (MQ=255) cAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGGCTGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGc < 1:31202/149‑1 (MQ=255) ccGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTgggctggcagtgaccgcgcagctacagagcctgatcgggggcaacatccgcattctgggtgagagcgaagggctgccgcagttgcccatggccaatgtaatgctggtgcgcag < 3:220972‑M2/149‑114 (MQ=255) ggcggTGACGAGGGCAAAGATCGCCGC‑GAGGCTTGGGCTGGGGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGCTGTTCgt < 6:282460/149‑1 (MQ=255) aTGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGCTGTTCGTGTGGGCaa > 1:194784/1‑147 (MQ=255) cAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGCTGTTCGTGTGGGCAAAAGCCt < 2:134395/149‑1 (MQ=255) aGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGCTGTTCGTGTGGGCAAAAGCCTTCt > 5:101972/1‑149 (MQ=255) aGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGCTGTTCGTGTGGGCAAAAGCCTTCt < 6:101972/149‑1 (MQ=255) gc‑cAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGCTGTTCGTGTGGGCAAAAGCCTTCTGCCGCGGc > 6:139385/1‑149 (MQ=255) | ACTGCGCACCAGCATTACATTGGCCATGGGCAACTGCGGCAGCCCTTCGCTCTCACCCAGAATGCGGATGTTGCCCCCGATCAGGCTCTGCAGCTGC‑GCGGTCACTGCCAGCCCGGCGGTGACGATGGCAAAGATCGCCGC‑CAGGCTTGGGCTGGTGTAGGCAATACGGTAA‑TCGATGCCCTGTGCCTCCAGCGCATTGCAGGTCCAGGCGCGACAGAAGCAGTCGG‑TGTTGAACAACGCCACCGGCATCGGCCGCTGTTCGTGTGGGCAAAAGCCTTCTGCCGCGGC > NC_002947/2084188‑2084475 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |