| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4172033 | 46 (0.710) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 6.2% | coding (90/879 nt) | PP_3670 | DMT superfamily permease |
| ? | NC_002947 | = 4172070 | 48 (0.780) | coding (53/879 nt) | PP_3670 | DMT superfamily permease | |||||
AGACTTGGGCAGGAAGATGCCGGCCATCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGACAGCTGGGATTCTAGAAGAGA > NC_002947/4171925‑4172216 | aGACTTGGGCAGGAAGATGCCGGCCATCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGcga > 8:194510‑M2/1‑146 (MQ=255) aCTTGGGCAGGAAGATGCCGGCCATCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGcgatg > 2:325431‑M2/1‑144 (MQ=255) aCTTGGGCAGGAAGATGCCGGCCATCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATAGGGTACATGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑TGAACGTCGCCACCACCACCAACGcgatt < 1:166836‑M2/149‑6 (MQ=255) gggCAGGAAGATGCCGGCCATCAGCAACGTGTGCACCAAATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGACACCACCACCAACGCGATGCcgc > 1:406112/1‑149 (MQ=255) ggCAGTAAGATGCCGGCCATCAGCAAGGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGCCTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGCCAAGGCCTCGTGGCTGGCGAACA‑GTCACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCcgcg < 1:249628/149‑1 (MQ=255) ggCAGGAAGATGCCGGCCATCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCcgcg < 5:173721/149‑1 (MQ=255) tGCCGGCCATCATCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCAACATGACTATCGGTTACAGGCCACCCATTAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCATCAACGCGATGCCGCGCAGGggttg < 7:255417/148‑1 (MQ=255) gCCGGCCATCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGggttggt > 7:322281/1‑149 (MQ=255) ccgacATCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACACAGCAATTTGGACAAGGCATCGTGGATCGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGACGCGCAGGggttggtt > 4:353638/5‑148 (MQ=255) aTCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGcc < 8:322281/149‑1 (MQ=255) tCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCg > 5:232220/1‑149 (MQ=255) tgtgCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGgt < 7:5309/149‑1 (MQ=255) caTAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGaa > 4:92414/1‑149 (MQ=255) tAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACt > 7:294499/1‑149 (MQ=255) aCGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGCCCGCGGTGTGCTGGAACTCa > 8:379899/1‑149 (MQ=255) cgcCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTAGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATgg < 4:166406/149‑1 (MQ=255) cccACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGct > 5:391869/1‑149 (MQ=255) cccACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGct > 8:194889/1‑149 (MQ=255) cacaCCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCg < 6:317670/120‑1 (MQ=255) cacaCCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCg > 5:317670/1‑120 (MQ=255) caccaTGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGa > 8:312528/1‑149 (MQ=255) aCTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACgg < 6:391869/148‑1 (MQ=255) aCTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACgg < 7:194889/148‑1 (MQ=255) cTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGgcg > 4:228291/1‑149 (MQ=255) tATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACAGGGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGgcg > 1:111041/1‑149 (MQ=255) tATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGAt > 1:381794/1‑141 (MQ=255) tATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGAt < 2:381794/141‑1 (MQ=255) tCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCAt < 6:6978/127‑1 (MQ=255) tCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCAt > 5:6978/1‑127 (MQ=255) ggTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTAGATGACGGCGCGgcag > 4:283537/1‑149 (MQ=255) cAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCACCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATg > 8:29206/1‑149 (MQ=255) aCCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGc > 6:37273/1‑149 (MQ=255) cccAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGcc > 4:249947/1‑149 (MQ=255) cAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAAAA‑GGAACGTCGCCACCAACACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTCGTTGACGCCGCACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGccc > 8:44930/1‑148 (MQ=255) ggAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCaag < 3:139896/149‑1 (MQ=255) aTTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCaaggaa < 8:386539/149‑1 (MQ=255) aTTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCaagg > 7:386539/1‑147 (MQ=255) tttGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCaaggaag < 7:312528/149‑1 (MQ=255) tGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCaaggaagg < 3:283537/148‑1 (MQ=255) ggACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGcgatgccttgtccaaattcctgggtggcctgtacccgatagtcatggtggtgtgggcgcgttatgtggtgcacacgttgctgatggccggcatcttcct < 4:151926‑M2/149‑100 (MQ=255) ggACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGcc > 7:54790/1‑149 (MQ=255) gACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATgg < 5:130818/103‑1 (MQ=255) gACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATgg > 6:130818/1‑103 (MQ=255) aaGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGcgatgccttgtccaaattcctgggtggcctgtacccgatagtcatggtggtgtgggcgcgttatgtggtgcacacgttgctgatggccggcatcttc > 8:326783‑M2/1‑46 (MQ=255) aaGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGcgatgccttgtccaaattcctgggtggcctgtacccgatagtcatggtggtgtgggcgcgttatgtggtgcacacgttgctgatggccggcatcttc < 7:326783‑M2/143‑98 (MQ=255) ggCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAg > 3:315192/1‑149 (MQ=255) ggCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAg > 1:163626/1‑149 (MQ=255) ggctggcGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGcc > 6:81006/1‑149 (MQ=255) aCA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGAtg < 3:92414/149‑1 (MQ=255) aCA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGAtg < 2:163626/149‑1 (MQ=255) ggAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGa < 2:111041/149‑1 (MQ=255) tCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGACAGCTg < 8:54790/149‑1 (MQ=255) tCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGACAGCTg < 1:205743/149‑1 (MQ=255) caccaACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGACAGCTGGGATTCTaga < 5:37273/149‑1 (MQ=255) accaACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCTGAGATCGGTGTTCTGGAACTCATTGCTCTATAGATGAAGTCGCGGCAGCATTCCCCGCCCAATGAAGGCCGCTCAGTCATTGCCTGGCTTATGTGACAGCTGGGATTCTagaa < 2:166836/149‑1 (MQ=255) accaACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGACAGCTGGGATTCTag > 5:247357/1‑147 (MQ=255) accaACGCGATGCCGCGCAGGGGATGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGTAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCTGCAGCATGCCCCGCTCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGACAGCTGGGATTCTagaa < 3:353638/149‑1 (MQ=255) caACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCGTGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGAtgt > 8:194585/1‑128 (MQ=255) caACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCGTGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGAtgt < 7:194585/128‑1 (MQ=255) caACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGACAGCTGGGATTCTagaa > 7:81236/1‑147 (MQ=255) aCGcgatgccttgtccaaattcctgggtggcctgtacccgatagtcatggtggtgtgggcgcgttatgtggtgcacacgttgctgatggccggcatcttcctgcccaagtctgggctcaacgtgttgcgcacccgccggccggtattgc > 3:151926‑M2/1‑3 (MQ=255) aCGCGAGGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGACAGCTGGGATTCTAGAAgaga < 4:63454/149‑1 (MQ=255) | AGACTTGGGCAGGAAGATGCCGGCCATCAGCAACGTGTGCACCACATAACGCGCCCACACCACCATGACTATCGGGTACAGGCCACCCAGGAATTTGGACAAGGCATCGTGGCTGGCGAACA‑GGAACGTCGCCACCACCACCAACGCGATGCCGCGCAGGGGTTGGTTGACGCCGGACAGCGGTGTGCTGGAACTCATGGCTCTCTCGATGACGGCGCGGCAGCATGCCCCGCCCAAGGAAGGCCGCGCAGGCATTGCCTGGCGGATGTGACAGCTGGGATTCTAGAAGAGA > NC_002947/4171925‑4172216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |