| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | 487574 = | 66 (1.220) | 5 (0.100) | 5/246 | NT | 7.7% | coding (728/990 nt) | pdxA | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| ? | NC_002947 | 487613 = | 57 (1.110) | coding (689/990 nt) | pdxA | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase | |||||
GCGGATGATCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTC > NC_002947/487426‑487722 | gCGGATGATCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCg < 1:32567/149‑1 (MQ=255) cGGATGATCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGAACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCTGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCg < 1:57512/148‑1 (MQ=255) ggATGATCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGc > 3:111846/1‑149 (MQ=255) cgaacgtgtaacccgtatcctgcatgccgacatgcgcgacaagtttggcattgccaacccgcgtatcctcgtgtgcggcctcaacccgcatgcgggcgagggcggccacctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgagccgaccctgg < 3:207229‑M1/2‑1 (MQ=255) atgatCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGAATCGGCCGGCAGCGGccc > 1:63000/1‑149 (MQ=255) gtttaacccgtatcctgcatgccgacatgcgcgacaagtttggcattgccaacccgcgtatgctcgtgtgcggcctcaacccgcatgcgggcgagggcggccacctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgagccgaccctGGCCcgc > 6:225022‑M1/143‑149 (MQ=255) aagggCAGGCCCAGCGTAATGTTTAC‑ACCGCGCCCGAAGCCCTGGTATTTTAGCACGGGAAGACCCTGATCGTGGTACATCGCCAGCACGGCGTCGGCGTTATCAAGATATTTCGGCTGAAACAGGGTATCGGCAGGCAGCGGCCcgtt < 1:117073/146‑3 (MQ=255) tCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCgc‑‑‑‑gc < 6:172887/149‑1 (MQ=255) cccAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCAt < 1:338748/149‑1 (MQ=255) ccAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATg > 6:134811/1‑149 (MQ=255) ccAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCACCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATg > 4:44553/1‑149 (MQ=255) gggTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCt > 5:228217/1‑149 (MQ=255) ggTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCtt > 5:3621/1‑149 (MQ=255) tCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCg < 2:63000/149‑1 (MQ=255) tCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCg > 5:265285/1‑149 (MQ=255) aCGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAg < 1:296027/134‑1 (MQ=255) aCGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAg > 2:296027/1‑134 (MQ=255) gTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTgc < 2:48936/149‑1 (MQ=255) ttCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTgcg > 3:223442/1‑149 (MQ=255) tgctgcG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGc > 1:53385/1‑149 (MQ=255) ctgcG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCg > 3:48375/1‑114 (MQ=255) ctgcG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCg < 4:48375/114‑1 (MQ=255) ctgcG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAACACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGc < 1:228948/147‑1 (MQ=255) tgcG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCggg > 8:18888/1‑149 (MQ=255) gcgacaagtttggcattgccaacccgcgtatcctcgtgtgcggcctcaacccgcatgcgggcgagggcggccacctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgagccgaccctGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCggg > 4:273780‑M1/113‑149 (MQ=255) g‑cCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCa < 5:134811/149‑1 (MQ=255) gAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCACCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAggg < 3:44553/149‑1 (MQ=255) ccTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCgg < 6:3621/149‑1 (MQ=255) tttGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCa < 1:174099/140‑1 (MQ=255) tttGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCa > 2:174099/1‑140 (MQ=255) tttGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCt > 7:77533/1‑149 (MQ=255) ttGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTc > 2:76871/1‑149 (MQ=255) tGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCt < 6:254233/147‑1 (MQ=255) tACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCgat < 2:53385/149‑1 (MQ=255) ttGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAg > 2:260402/1‑134 (MQ=255) ttGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAg < 1:260402/134‑1 (MQ=255) gAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCgatgat < 8:77533/147‑1 (MQ=255) gcgtatcctcgtgtgcggcctcaacccgcatgcgggcgagggcggccacctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgagccgaccctGGCCCGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCgg < 5:325217‑M1/40‑1 (MQ=255) gcgtatcctcgtgtgcggcctcaacccgcatgcgggcgagggcggccacctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgagccgaccctGGCCCGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCgg > 6:325217‑M1/88‑127 (MQ=255) gggAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGAtt > 1:66889/1‑148 (MQ=255) 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ccAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGt < 5:73278/117‑1 (MQ=255) ccAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGt > 6:73278/1‑117 (MQ=255) aGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGca > 4:30690/1‑149 (MQ=255) tttGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGa < 1:147679/149‑1 (MQ=255) gggTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATa > 4:284044/1‑149 (MQ=255) ggTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGc > 1:241644/1‑116 (MQ=255) 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ggccggcAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAg > 6:311789/1‑129 (MQ=255) cggcAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAAt > 1:289603/1‑144 (MQ=255) cggcAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAAt < 2:289603/144‑1 (MQ=255) cggcAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCaa < 4:169553/149‑1 (MQ=255) gcAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCaa > 4:254131/1‑141 (MQ=255) gcAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCaa < 3:254131/141‑1 (MQ=255) cAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACt > 6:201084/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCAATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACt > 4:259056/1‑149 (MQ=255) aGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCaaa > 4:90332/1‑146 (MQ=255) aGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCaaa < 3:90332/146‑1 (MQ=255) GGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTg > 3:67616‑M1/1‑132 (MQ=255) GGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTg < 4:67616‑M1/132‑1 (MQ=255) GGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTc > 5:220690‑M1/1‑149 (MQ=255) | GCGGATGATCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCG‑CCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGC‑‑‑‑GCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTC > NC_002947/487426‑487722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |