New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 747817 = | 52 (0.960) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 5.9% | coding (151/216 nt) | PP_5448 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 747850 = | 45 (0.870) | coding (184/216 nt) | PP_5448 | hypothetical protein |
ATGCGCGCCAATCTAGACGAGCTGGTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATGGAAGAATGTTATGCGTACGCT > NC_002947/747670‑747958 | atgCGCGCCAATCTAGACGAGCTGGTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTcgacg < 8:114662/148‑1 (MQ=255) tgCGCGCCAATCTAGACGAGCTGGTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACAGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTcgacga < 6:142670/148‑1 (MQ=255) aaTCTAGACGAGCTGGTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCgcgc < 7:324119/149‑1 (MQ=255) tCTAGACGAGCTGGTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGcc > 4:256355/1‑148 (MQ=255) tAGACGAGCTGGTGATCGTTAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGa < 5:85903/148‑1 (MQ=255) aGACGAGCTGGTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGc > 4:163519/1‑149 (MQ=255) gACGAGCTGGTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCgc > 6:85903/1‑145 (MQ=255) gACGAGCTGGTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCg < 8:294624/145‑1 (MQ=255) gACGAGCTGGGGAGCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGGCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGa < 7:304205/146‑1 (MQ=255) ggTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTcg > 1:201556/1‑149 (MQ=255) gCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAAc < 7:59967/149‑1 (MQ=255) tgtttgttTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACca < 8:35187/149‑1 (MQ=255) tttgtttCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACcaca > 6:343393/1‑149 (MQ=255) agcgtacgcataacattcttccattgagtaattgtcgcctaaaggcgatgcgtcacagagcgatatcactttaacatcatccatctaggtgatctggctccatgtggttGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACcaca > 7:215753‑M1/110‑149 (MQ=255) gtttCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATg > 1:77031/1‑148 (MQ=255) tttCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATgg < 4:144023/148‑1 (MQ=255) tttCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGa < 2:77031/149‑1 (MQ=255) cAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGcc < 2:73908/148‑1 (MQ=255) ggtCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAgat > 8:183649/1‑149 (MQ=255) ttgagtaattgtcgcctaaaggcgatgcgtctcagagcgatatcactttaacatcatccatctaggtgatctggctccatgtggttGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCaa > 7:306819‑M1/87‑121 (MQ=255) ttgagtaattgtcgcctaaaggcgatgcgtctcagagcgatatcactttaacatcatccatctaggtgatctggctccatgtggttGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCaa < 8:306819‑M1/35‑1 (MQ=255) gCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATGGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAgatggat > 1:184660/1‑148 (MQ=255) tATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGt > 6:184013/1‑148 (MQ=255) ttGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGtt < 7:183649/147‑1 (MQ=255) ttGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTa > 8:59930/1‑148 (MQ=255) ttGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTa > 3:85444/1‑148 (MQ=255) gcgcGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTaaa < 3:256355/148‑1 (MQ=255) cgcgATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAg < 5:343393/148‑1 (MQ=255) cgcgATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGt > 7:215070/1‑149 (MQ=255) gcgATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGAAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGt > 3:40612/1‑148 (MQ=255) tGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGct < 3:163519/149‑1 (MQ=255) tCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGc < 8:184433/108‑1 (MQ=255) tCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGc > 7:184433/1‑108 (MQ=255) tCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGa < 8:215070/149‑1 (MQ=255) ccAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACg > 8:293365/1‑148 (MQ=255) gagagGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATc > 1:105634/1‑149 (MQ=255) tagGGTAACGTCATTCGCTTGTACAGTATGACGATGCTGTTGCCGATCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCTCGCAAATCAACCCCATCGAGCCAGA‑TCACCTAGATGTATTAAGTTAAAGTGCTATAGATCTGTGCCGCATCGc > 8:40215/2‑149 (MQ=255) agGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTc > 8:54528/1‑74 (MQ=255) agGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTc < 7:54528/74‑1 (MQ=255) agGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGcc > 3:185655/1‑149 (MQ=255) gTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCtt > 2:4240/1‑148 (MQ=255) cTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACa < 5:184013/149‑1 (MQ=255) tACAGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCATA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCaa < 4:40612/149‑1 (MQ=255) ccGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATg < 2:201556/149‑1 (MQ=255) cGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATgg < 2:105634/149‑1 (MQ=255) gCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATGgaaga < 4:85444/148‑1 (MQ=255) ccGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGACTCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGctct < 1:56931/108‑1 (MQ=255) ccGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGctct > 2:56931/1‑107 (MQ=255) ccGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAAt < 3:197345/141‑1 (MQ=255) ccGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAAt > 4:197345/1‑141 (MQ=255) ttGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATGGAAGAATGTTATGCGt < 4:185655/149‑1 (MQ=255) gCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGata > 6:18261/1‑89 (MQ=255) gCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGata < 5:18261/89‑1 (MQ=255) cGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATGGAAGAATGTTATGCGTACg > 3:18474/1‑149 (MQ=255) cGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATGGAAGAATGTTATGCGTACg > 6:254699/1‑149 (MQ=255) ggCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATGGAAGAATGTTATGCGTACGc < 4:18474/149‑1 (MQ=255) gCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATGGAAGAATGTTATGCGTACGCt < 5:254699/149‑1 (MQ=255) | ATGCGCGCCAATCTAGACGAGCTGGTGATCGTGAGCTGTTTGTTTCCAGCTATGAGGTGGTCAGCTTCTATTGCGCGATCCGTGCTCATCGCCAGAGAGGGTAACGTCCTTCGCTTGTACCGTATGCCGATGCTGTTGCGGCTCGACGAGTTTCGCGCCGAGCTCTTTGTCGCGCAACTCAACCACATGGAGCCAGA‑TCACCTAGATGGATGATGTTAAAGTGATATCGCTCTGTGACGCATCGCCTTTAGGCGACAATTACTCAATGGAAGAATGTTATGCGTACGCT > NC_002947/747670‑747958 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |