| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_002947 | = 1543831 | 72 (1.330) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 5.8% | coding (635/1245 nt) | mdfA | multidrug MFS transporter |
| ? | NC_002947 | = 1543880 | 62 (1.200) | coding (684/1245 nt) | mdfA | multidrug MFS transporter | |||||
AATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGTTGAGTACCCTGGAG > NC_002947/1543684‑1543979 | aaTGGCTGTACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCa < 7:210969/149‑1 (MQ=255) gACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGc < 8:320961/149‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCggg > 6:84061/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGc > 5:234002/1‑148 (MQ=255) ctgTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCa < 3:320171/149‑1 (MQ=255) tCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTg > 6:50255/1‑149 (MQ=255) cGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTg < 3:259938/148‑1 (MQ=255) gTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCg > 2:256615/1‑132 (MQ=255) gTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCg < 1:256615/132‑1 (MQ=255) gCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTgg < 6:172782/148‑1 (MQ=255) gCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTgg < 7:193237/148‑1 (MQ=255) cATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTggg > 5:199585/1‑148 (MQ=255) aTTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATgg < 4:324168/135‑1 (MQ=255) aTTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATgg > 3:324168/1‑135 (MQ=255) 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(MQ=255) c‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAgggg < 7:127870/149‑1 (MQ=255) aTTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGtt < 2:61787/149‑1 (MQ=255) aTTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGtt > 5:77469/1‑149 (MQ=255) gtccTTCTGCGACTGTTGGCGGGCTATTGCCAGTTTCTTGACAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGAt < 8:136954/105‑1 (MQ=255) aaCCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGACAACCGACGCTTCGTTGCAGGAAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGTATTGCCGCTGATTGGCTTGAt > 7:136954/2‑107 (MQ=255) aCCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGTTGAg > 4:260586/1‑148 (MQ=255) ccTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAggcagcaggtgaatcggcgtgaacgccagccgcgagccgtcacggcgctccacgcccagggtttccggcatcaaccggtacagcagcag > 8:309541‑M2/1‑58 (MQ=255) ccTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAggcagcaggtgaatcggcgtgaacgccagccgcgagccgtcacggcgctccacgcccagggtttccggcatcaaccggtacagcagcag < 7:309541‑M2/147‑90 (MQ=255) ccTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGTTGAGTa > 4:271455/1‑149 (MQ=255) ctgctgCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAggcagcaggtgaatcggcgtgaacgccagccgcgagccgtcacggcgctccacgcccagggtttccggcatcaaccggtac < 6:323159‑M2/138‑82 (MQ=255) ctgctgCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAggcagcaggtgaatcggcgtgaacgccagccgcgagccgtcacggcgctccacgcccagggtttccggcatcaaccggtac > 5:323159‑M2/1‑57 (MQ=255) ctgcCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGTTGAGTACCCt < 5:340092/149‑1 (MQ=255) tgcctgcaacgaagcggcggtcgcccagcaactggccatagcccgccaacagtggcagcaggtgaatcggcgtgaacgccagccgcgagccgtcacggcgctccacgcccagggtttccgg < 3:184535‑M1/121‑118 (MQ=255) tgcctgcaacgaagcggcggtagcccagcaactggccatagcccgccaacagtggcagcaggtgaatcggcgtgaacgccagccgcgagccgtcacggcgctccacgcccagggtttccgg > 4:184535‑M1/1‑4 (MQ=255) cctgcaacgaagcggcggttgcccagcaactggccatagcccgccaacagtggcagcaggtgaatcggcgtgaacgccagccgcgagccgtcacggcgctccacgcccagggtttccggcatcaaccggtacagcagcagccaggtcag > 7:307675‑M1/1‑2 (MQ=255) cctgcaacgaagcggcggttgcccagcaactggccatagcccgccaacagtggcagcaggtgaatcggcgtgaacgccagccgcgagccgtcacggcgctccacgcccagggtttccggcatcaaccggtacagcagcagccaggtcag > 5:338663‑M1/1‑2 (MQ=255) cctgcaacgaagcggcggttgcccagcaactggccatagcccgccaacagtggcagcaggtgaatcggcgtgaacgccagccgcgagccgtcacggcgctccacgcccagggtttccggcatcaaccggtacagcagcagccaggtc < 3:103668‑M1/147‑146 (MQ=255) ccACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGTTGAGTACCCTGGa < 6:50778/149‑1 (MQ=255) ccACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGATGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGTTGAGTACCCTg > 4:45640/1‑147 (MQ=255) cACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGTTGAGTACCCTGGAg < 5:50255/149‑1 (MQ=255) | AATGGCTGGACTGGCGCTGGCTGTTCGTGGCATTCGCCATCGGCGCGGTGCTGACCTGGCTGCTGCTGTACCGGTTGATGCCGGAAACCCTGGGCGTGGAGCGCCGTGACGGCTCGCGGCTGGCGTTCACGCC‑GATTCACCTGCTGCCACTGTTGGCGGGCTATGGCCAGTTGCTGGGCAACCGCCGCTTCGTTGCAGGCAGCGCCGCCCTTGGGTTGGTCGGATTGCCGCTGATTGGCTGGATTGGCCTGTCGCCGGTGCTGCTGATTCACGATGAGGGGTTGAGTACCCTGGAG > NC_002947/1543684‑1543979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |