New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1977647 = | 69 (1.280) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 5.5% | coding (1311/2241 nt) | PP_1770 | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
? | NC_002947 | 1977733 = | 39 (0.770) | coding (1397/2241 nt) | PP_1770 | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
GCCTGCATGGCCTCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCT > NC_002947/1977499‑1977790 | gCCTGCATGGCCTCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCgt > 1:78051/1‑149 (MQ=255) ccTGCATGGCCTCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCgtg > 5:182222/1‑149 (MQ=255) ccgcgcagcatgcgctcggtgtggtcacgggtaggcgcaggctcagtgacagtggtcttgccttcggcgtacaggccggccagcagcaggcaggatttgacctgggcgctagccatcggcagcgtgtaggtcagccctttgagcttgtg > 4:201720‑M1/146‑149 (MQ=255) ccgcgcagcatgcgctcggtgtggtcacgggtaggcgcaggcgcagtgacagtggtcttgccttcggcgtacaggccggccagcagcaggcaggatttgacctgggcgctagccatcggcagcgtgtaggtcagccctttgagcttgtg > 8:230271‑M1/146‑149 (MQ=255) cATGGCCTCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGtgtg < 1:194516/147‑1 (MQ=255) cATGGCCTCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGtgtg < 6:182222/147‑1 (MQ=255) gCCTCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAAc > 7:190736/1‑149 (MQ=255) ccTCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAAcc > 2:94115/1‑149 (MQ=255) cTCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAAccc > 7:33604/1‑149 (MQ=255) tCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCg > 3:284616/1‑149 (MQ=255) gccgccACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTgc < 1:94115/149‑1 (MQ=255) cgccACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTgcgc < 8:218680/149‑1 (MQ=255) gccACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTgcgc > 1:323763/1‑148 (MQ=255) ccACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCCGTACTTCGAAGCGCCTACTGTCGCGCCTGTTCGCCGGTCAGCCCTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCAGTCCAAGCGCCCTATGAACCGAGTGGCCAACCCGCAGcgcg > 2:246991/1‑148 (MQ=255) ccTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCTAAGCGCCTACTGTCGCGCCTGTAGGCCGGTCAGCCGATCCATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCCTGACGCCAACCCGc > 5:198217/1‑139 (MQ=255) ccTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGAGCATACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGc < 6:198217/139‑1 (MQ=255) ggCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGt > 2:22518/1‑149 (MQ=255) cGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCt < 4:284616/149‑1 (MQ=255) 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cGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑gg < 2:323763/149‑1 (MQ=255) ttCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCTGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATgg > 6:276050/1‑119 (MQ=255) ttCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCTGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATgg < 5:276050/119‑1 (MQ=255) gATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGt < 5:340954/148‑1 (MQ=255) gATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTc > 3:325809/1‑149 (MQ=255) tGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCTGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTccg < 2:78051/149‑1 (MQ=255) gcCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTgg > 4:252930/1‑90 (MQ=255) gcCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTgg < 3:252930/90‑1 (MQ=255) cgaCTGTCGGGCCTGGTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGGCACCATGACCGGCGACGCCTCGCGGTCCAAGCGCCCGTTGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCt < 6:129218/147‑1 (MQ=255) cTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCt < 8:33604/149‑1 (MQ=255) cTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCt < 4:325809/149‑1 (MQ=255) cTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGa < 4:47718/148‑1 (MQ=255) tCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGCCCAt > 2:322356/1‑149 (MQ=255) tCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCAt > 4:252203/1‑149 (MQ=255) gcGGGCCTGTTGGCCGGGCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACGGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGATTTGGGTGCTGTGGTGGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGag < 1:246991/145‑2 (MQ=255) gggCCTGTTGGCCCGTCAGCCGTACGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGAAGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCAGAGGTCGAGACCGGCCC‑CGA‑CCGCCGTCCGCGGCTGACCATcc > 8:164154/1‑149 (MQ=255) ggCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCcg > 8:21802/1‑149 (MQ=255) gCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCcgc < 3:246520/149‑1 (MQ=255) cTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCgg > 4:322852/1‑149 (MQ=255) cTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCgg > 7:288346/1‑149 (MQ=255) ttGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTgg < 2:288930/149‑1 (MQ=255) ttGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTgg < 7:21802/149‑1 (MQ=255) 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aTGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTg < 3:322852/149‑1 (MQ=255) tCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGa > 7:14758/1‑114 (MQ=255) tCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGa < 8:14758/114‑1 (MQ=255) tCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGTGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGAc < 5:67358/148‑1 (MQ=255) cATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAAt < 6:325923/66‑1 (MQ=255) cATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAAt > 5:325923/1‑66 (MQ=255) gACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGc > 4:201723/1‑78 (MQ=255) 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gcCCGATGAAGCTTGTGGCCAACCCGCTGCGCGATATGGGTTCTGTTGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCTGTgg < 7:170276/94‑1 (MQ=255) cccGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAACCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCaaa > 6:34999/1‑148 (MQ=255) ccGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATc < 1:150081/149‑1 (MQ=255) gATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTg > 4:200332/1‑38 (MQ=255) gATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATcct < 4:122680/149‑1 (MQ=255) gATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGCGTg < 3:200332/38‑1 (MQ=255) aCCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGCCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATcctgcct > 6:192494/1‑148 (MQ=255) | GCCTGCATGGCCTCAAGCCGCCACCTGGGCCGCTGTACGTAGGTAACTCCGGTACTTCGATGCGCCTACTGTCGGGCCTGTTGGCCGGTCAGCCGTTCGATGTCACCATGACCGGCGACGCCTCGCTGTCCAAGCGCCCGATGAACCGTGTGGCCAACCCGCTGCGCGAAATGGGTGCTGTGGTCGAGACCGGCCC‑GGA‑CGGCCGTCCGCCGCTGACCATCCGCGGTGGCCACAAGCTCAAAGGGCTGACCTACACGCTGCCGATGGCTAGCGCCCAGGTCAAATCCTGCCT > NC_002947/1977499‑1977790 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |